common/clitkDicomRT_ROI.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:         vv http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3   Main authors :   XX XX XX
   4
   5   Authors belongs to:
   6   - University of LYON           http://www.universite-lyon.fr/
   7   - Léon Bérard cancer center    http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   8   - CREATIS CNRS laboratory      http://www.creatis.insa-lyon.fr
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  10   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  11   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  12   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
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  14   It is distributed under dual licence
  15   - BSD       http://www.opensource.org/licenses/bsd-license.php
  16   - CeCILL-B  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
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  18   =========================================================================*/
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  20 #include "clitkDicomRT_ROI.h"
  21 #include <vtkSmartPointer.h>
  22 #include <vtkAppendPolyData.h>
  23
  24 //--------------------------------------------------------------------
  25 clitk::DicomRT_ROI::DicomRT_ROI() {
  26   mName = "NoName";
  27   mNumber = -1;
  28   mColor.resize(3);
  29   mColor[0] = mColor[1] = mColor[2] = 0;
  30   mMeshIsUpToDate = false;
  31 }
  32 //--------------------------------------------------------------------
  33
  34
  35 //--------------------------------------------------------------------
  36 clitk::DicomRT_ROI::~DicomRT_ROI() {
  37
  38 }
  39 //--------------------------------------------------------------------
  40
  41
  42 //--------------------------------------------------------------------
  43 int clitk::DicomRT_ROI::GetROINumber() const {
  44   return mNumber;
  45 }
  46 //--------------------------------------------------------------------
  47
  48
  49 //--------------------------------------------------------------------
  50 const std::string & clitk::DicomRT_ROI::GetName() const {
  51   return mName;
  52 }
  53 //--------------------------------------------------------------------
  54
  55
  56 //--------------------------------------------------------------------
  57 const std::vector<double> & clitk::DicomRT_ROI::GetDisplayColor() const {
  58   return mColor;
  59 }
  60 //--------------------------------------------------------------------
  61
  62
  63
  64 //--------------------------------------------------------------------
  65 void clitk::DicomRT_ROI::Print(std::ostream & os) const {
  66   os << "ROI " << mNumber << "\t" << mName
  67      << "\t(" << mColor[0] << " " << mColor[1] << " " << mColor[2] << ")"
  68      << "\t Contours = " << mListOfContours.size() << std::endl;
  69 }
  70 //--------------------------------------------------------------------
  71
  72
  73 //--------------------------------------------------------------------
  74 void clitk::DicomRT_ROI::Read(std::map<int, std::string> & rois, gdcm::SQItem * item) {
  75
  76   // Change number if needed
  77
  78   // TODO
  79
  80   // ROI number [Referenced ROI Number]
  81   mNumber = atoi(item->GetEntryValue(0x3006,0x0084).c_str());
  82
  83   // Retrieve ROI Name
  84   mName = rois[mNumber];
  85
  86   // ROI Color [ROI Display Color]
  87   mColor = clitk::parse_string<double>(item->GetEntryValue(0x3006,0x002a),'\\');
  88
  89   // Read contours [Contour Sequence]
  90   gdcm::SeqEntry * contours=item->GetSeqEntry(0x3006,0x0040);
  91   for(gdcm::SQItem* j=contours->GetFirstSQItem();j!=0;j=contours->GetNextSQItem()) {
  92     DicomRT_Contour * c = new DicomRT_Contour;
  93     bool b = c->Read(j);
  94     if (b) mListOfContours.push_back(c);
  95   }
  96 }
  97 //--------------------------------------------------------------------
  98
  99
 100 //--------------------------------------------------------------------
 101 vtkPolyData * clitk::DicomRT_ROI::GetMesh() {
 102   if (!mMeshIsUpToDate) {
 103     ComputeMesh();
 104   }
 105   return mMesh;
 106 }
 107 //--------------------------------------------------------------------
 108
 109
 110 //--------------------------------------------------------------------
 111 void clitk::DicomRT_ROI::ComputeMesh() {
 112   vtkAppendPolyData * append = vtkAppendPolyData::New();
 113   for(unsigned int i=0; i<mListOfContours.size(); i++) {
 114     append->AddInput(mListOfContours[i]->GetMesh());
 115   }
 116   append->Update();
 117   mMesh = append->GetOutput();
 118   mMeshIsUpToDate = true;
 119 }
 120 //--------------------------------------------------------------------
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 123 //--------------------------------------------------------------------
 124 void clitk::DicomRT_ROI::SetFromBinaryImage(vvImage::Pointer image, int n,
 125                                             std::string name,
 126                                             std::vector<double> color) {
 127
 128   // ROI number [Referenced ROI Number]
 129   mNumber = n;
 130
 131   // ROI Name
 132   mName = name;
 133
 134   // ROI Color [ROI Display Color]
 135   mColor = color;
 136
 137   // No contours [Contour Sequence]
 138   mListOfContours.clear();
 139
 140   // Set image
 141   mImage = image;
 142 }
 143 //--------------------------------------------------------------------
 144
 145
 146 //--------------------------------------------------------------------
 147 const vvImage::Pointer clitk::DicomRT_ROI::GetImage() const {
 148   return mImage;
 149 }
 150 //--------------------------------------------------------------------