common/clitkDicomRT_ROI.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:         vv http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3   Main authors :   XX XX XX
   4
   5   Authors belongs to:
   6   - University of LYON           http://www.universite-lyon.fr/
   7   - Léon Bérard cancer center    http://www.centreleonberard.fr
   8   - CREATIS CNRS laboratory      http://www.creatis.insa-lyon.fr
   9
  10   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  11   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  12   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  13
  14   It is distributed under dual licence
  15   - BSD       http://www.opensource.org/licenses/bsd-license.php
  16   - CeCILL-B  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17
  18   =========================================================================*/
  19
  20 #include "clitkDicomRT_ROI.h"
  21 #include <vtkSmartPointer.h>
  22 #include <vtkAppendPolyData.h>
  23
  24 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
  25 #include "gdcmAttribute.h"
  26 #include "gdcmItem.h"
  27 #endif
  28
  29 //--------------------------------------------------------------------
  30 clitk::DicomRT_ROI::DicomRT_ROI()
  31 {
  32   mName = "NoName";
  33   mNumber = -1;
  34   mColor.resize(3);
  35   mColor[0] = mColor[1] = mColor[2] = 0;
  36   mMeshIsUpToDate = false;
  37   mBackgroundValue = 0;
  38   mForegroundValue = 1;
  39   SetDicomUptodateFlag(false);
  40 }
  41 //--------------------------------------------------------------------
  42
  43
  44 //--------------------------------------------------------------------
  45 clitk::DicomRT_ROI::~DicomRT_ROI()
  46 {
  47 }
  48 //--------------------------------------------------------------------
  49
  50
  51 //--------------------------------------------------------------------
  52 void clitk::DicomRT_ROI::SetDisplayColor(double r, double v, double b)
  53 {
  54   mColor.resize(3);
  55   mColor[0] = r;
  56   mColor[1] = v;
  57   mColor[2] = b;
  58 }
  59 //--------------------------------------------------------------------
  60
  61
  62 //--------------------------------------------------------------------
  63 int clitk::DicomRT_ROI::GetROINumber() const
  64 {
  65   return mNumber;
  66 }
  67 //--------------------------------------------------------------------
  68
  69
  70 //--------------------------------------------------------------------
  71 const std::string & clitk::DicomRT_ROI::GetName() const
  72 {
  73   return mName;
  74 }
  75 //--------------------------------------------------------------------
  76
  77
  78 //--------------------------------------------------------------------
  79 const std::string & clitk::DicomRT_ROI::GetFilename() const
  80 {
  81   return mFilename;
  82 }
  83 //--------------------------------------------------------------------
  84
  85
  86 //--------------------------------------------------------------------
  87 const std::vector<double> & clitk::DicomRT_ROI::GetDisplayColor() const
  88 {
  89   return mColor;
  90 }
  91 //--------------------------------------------------------------------
  92
  93
  94 //--------------------------------------------------------------------
  95 void clitk::DicomRT_ROI::Print(std::ostream & os) const
  96 {
  97   os << "ROI " << mNumber << "\t" << mName
  98      << "\t(" << mColor[0] << " " << mColor[1] << " " << mColor[2] << ")"
  99      << "\t Contours = " << mListOfContours.size() << std::endl;
 100 }
 101 //--------------------------------------------------------------------
 102
 103
 104 //--------------------------------------------------------------------
 105 void clitk::DicomRT_ROI::SetBackgroundValueLabelImage(double bg)
 106 {
 107   mBackgroundValue = bg;
 108 }
 109 //--------------------------------------------------------------------
 110
 111
 112 //--------------------------------------------------------------------
 113 double clitk::DicomRT_ROI::GetBackgroundValueLabelImage() const
 114 {
 115   return mBackgroundValue;
 116 }
 117 //--------------------------------------------------------------------
 118
 119
 120 //--------------------------------------------------------------------
 121 void clitk::DicomRT_ROI::SetForegroundValueLabelImage(double bg)
 122 {
 123   mForegroundValue = bg;
 124 }
 125 //--------------------------------------------------------------------
 126
 127
 128 //--------------------------------------------------------------------
 129 double clitk::DicomRT_ROI::GetForegroundValueLabelImage() const
 130 {
 131   return mForegroundValue;
 132 }
 133 //--------------------------------------------------------------------
 134
 135
 136 //--------------------------------------------------------------------
 137 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
 138 bool clitk::DicomRT_ROI::Read(gdcm::Item * itemInfo, gdcm::Item * itemContour)
 139 {
 140   // Keep dicom item
 141   mItemInfo = itemInfo;
 142   mItemContour = itemContour;
 143   // DD(mItemInfo);
 144
 145   // ROI number [Referenced ROI Number]
 146   const gdcm::DataSet & nesteddsInfo = mItemInfo->GetNestedDataSet();
 147   gdcm::Attribute<0x3006,0x0022> roinumber;
 148   roinumber.SetFromDataSet( nesteddsInfo );
 149   int nb1 = roinumber.GetValue();
 150
 151   // Check this is the same with the other item
 152   const gdcm::DataSet & nestedds = mItemContour->GetNestedDataSet();
 153   gdcm::Attribute<0x3006,0x0084> referencedroinumber;
 154   referencedroinumber.SetFromDataSet( nestedds );
 155   int nb2 = referencedroinumber.GetValue();
 156
 157   // Must never be different
 158   if (nb1 != nb2) {
 159     DD(nb2);
 160     DD(nb1);
 161     FATAL("nb1 must equal nb2" << std::endl);
 162   }
 163   mNumber = nb1;
 164
 165   // Retrieve ROI Name (in the info item)
 166   gdcm::Attribute<0x3006,0x26> roiname;
 167   roiname.SetFromDataSet( nesteddsInfo );
 168   mName = roiname.GetValue();
 169   // DD(mName);
 170
 171   // ROI Color [ROI Display Color]
 172   gdcm::Attribute<0x3006,0x002a> color = {};
 173   color.SetFromDataSet( nestedds );
 174   assert( color.GetNumberOfValues() == 3 );
 175   mColor[0] = color.GetValue(0);
 176   mColor[1] = color.GetValue(1);
 177   mColor[2] = color.GetValue(2);
 178
 179   // Read contours [Contour Sequence]
 180   gdcm::Tag tcsq(0x3006,0x0040);
 181   if( !nestedds.FindDataElement( tcsq ) )
 182     {
 183       std::cerr << "Warning. Could not read contour for structure <" << mName << ">, number" << mNumber << " ? I ignore it" << std::endl;
 184       SetDicomUptodateFlag(true);
 185       return false;
 186     }
 187   const gdcm::DataElement& csq = nestedds.GetDataElement( tcsq );
 188   gdcm::SmartPointer<gdcm::SequenceOfItems> sqi2 = csq.GetValueAsSQ();
 189   if( !sqi2 || !sqi2->GetNumberOfItems() )
 190     {
 191     }
 192   unsigned int nitems = sqi2->GetNumberOfItems();
 193
 194   for(unsigned int i = 0; i < nitems; ++i)
 195     {
 196       const gdcm::Item & j = sqi2->GetItem(i+1); // Item start at #1
 197       DicomRT_Contour::Pointer c = DicomRT_Contour::New();
 198       bool b = c->Read(j);
 199       if (b) {
 200         mListOfContours.push_back(c);
 201       }
 202     }
 203   SetDicomUptodateFlag(true);
 204   return true;
 205 }
 206 #else
 207 void clitk::DicomRT_ROI::Read(std::map<int, std::string> & rois, gdcm::SQItem * item)
 208 {
 209   // ROI number [Referenced ROI Number]
 210   mNumber = atoi(item->GetEntryValue(0x3006,0x0084).c_str());
 211
 212   // Retrieve ROI Name
 213   mName = rois[mNumber];
 214
 215   // ROI Color [ROI Display Color]
 216   mColor = clitk::parse_string<double>(item->GetEntryValue(0x3006,0x002a),'\\');
 217
 218   // Read contours [Contour Sequence]
 219   gdcm::SeqEntry * contours=item->GetSeqEntry(0x3006,0x0040);
 220   if (contours) {
 221     int i=0;
 222     for(gdcm::SQItem* j=contours->GetFirstSQItem(); j!=0; j=contours->GetNextSQItem()) {
 223       DicomRT_Contour::Pointer c = DicomRT_Contour::New();
 224       bool b = c->Read(j);
 225       if (b) {
 226         mListOfContours.push_back(c);
 227       }
 228       ++i;
 229     }
 230   }
 231   else {
 232     std::cerr << "Warning. Could not read contour for structure <" << mName << ">, number" << mNumber << " ? I ignore it" << std::endl;
 233   }
 234   SetDicomUptodateFlag(true);
 235 }
 236 #endif
 237 //--------------------------------------------------------------------
 238
 239
 240 //--------------------------------------------------------------------
 241 void clitk::DicomRT_ROI::SetImage(vvImage * image)
 242 {
 243   mImage = image;
 244 }
 245 //--------------------------------------------------------------------
 246
 247
 248 //--------------------------------------------------------------------
 249 vtkPolyData * clitk::DicomRT_ROI::GetMesh()
 250 {
 251   if (!mMeshIsUpToDate) {
 252     ComputeMesh();
 253   }
 254   return mMesh;
 255 }
 256 //--------------------------------------------------------------------
 257
 258
 259 //--------------------------------------------------------------------
 260 clitk::DicomRT_Contour * clitk::DicomRT_ROI::GetContour(int n)
 261 {
 262   return mListOfContours[n];
 263 }
 264 //--------------------------------------------------------------------
 265
 266
 267 //--------------------------------------------------------------------
 268 void clitk::DicomRT_ROI::ComputeMesh()
 269 {
 270   vtkSmartPointer<vtkAppendPolyData> append = vtkSmartPointer<vtkAppendPolyData>::New();
 271   for(unsigned int i=0; i<mListOfContours.size(); i++) {
 272     append->AddInput(mListOfContours[i]->GetMesh());
 273   }
 274   append->Update();
 275
 276   mMesh = vtkSmartPointer<vtkPolyData>::New();
 277   mMesh->DeepCopy(append->GetOutput());
 278   mMeshIsUpToDate = true;
 279 }
 280 //--------------------------------------------------------------------
 281
 282
 283 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
 284
 285 //--------------------------------------------------------------------
 286 void clitk::DicomRT_ROI::UpdateDicomItem()
 287 {
 288   if (GetDicomUptoDateFlag()) return;
 289   DD("ROI::UpdateDicomItem");
 290   DD(GetName());
 291
 292   // From now, only some item can be modified
 293
 294   // Set ROI Name 0x3006,0x26>
 295   gdcm::Attribute<0x3006,0x26> roiname;
 296   roiname.SetValue(GetName());
 297   gdcm::DataElement de = roiname.GetAsDataElement();
 298   gdcm::DataSet & ds = mItemInfo->GetNestedDataSet();
 299   ds.Replace(de);
 300
 301   // Update contours
 302   for(uint i=0; i<mListOfContours.size(); i++) {
 303     DD(i);
 304     DicomRT_Contour::Pointer roi = mListOfContours[i];
 305     roi->UpdateDicomItem(mItemContour);
 306   }
 307 }
 308 //--------------------------------------------------------------------
 309 #endif
 310
 311 //--------------------------------------------------------------------
 312 void clitk::DicomRT_ROI::SetFromBinaryImage(vvImage * image, int n,
 313                                             std::string name,
 314                                             std::vector<double> color,
 315                                             std::string filename)
 316 {
 317
 318   // ROI number [Referenced ROI Number]
 319   mNumber = n;
 320
 321   // ROI Name
 322   mName = name;
 323   mFilename = filename;
 324
 325   // ROI Color [ROI Display Color]
 326   mColor = color;
 327
 328   // No contours [Contour Sequence]
 329   mListOfContours.clear();
 330
 331   // Set image
 332   mImage = image;
 333 }
 334 //--------------------------------------------------------------------
 335
 336
 337 //--------------------------------------------------------------------
 338 vvImage * clitk::DicomRT_ROI::GetImage() const
 339 {
 340   return mImage;
 341 }
 342 //--------------------------------------------------------------------