common/clitkDicomRT_ROI.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:         vv http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3   Main authors :   XX XX XX
   4
   5   Authors belongs to:
   6   - University of LYON           http://www.universite-lyon.fr/
   7   - Léon Bérard cancer center    http://www.centreleonberard.fr
   8   - CREATIS CNRS laboratory      http://www.creatis.insa-lyon.fr
   9
  10   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  11   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  12   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  13
  14   It is distributed under dual licence
  15   - BSD       http://www.opensource.org/licenses/bsd-license.php
  16   - CeCILL-B  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17
  18   =========================================================================*/
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  20 #include "clitkDicomRT_ROI.h"
  21 #include <vtkSmartPointer.h>
  22 #include <vtkAppendPolyData.h>
  23
  24 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
  25 #include "gdcmAttribute.h"
  26 #include "gdcmItem.h"
  27 #endif
  28
  29 //--------------------------------------------------------------------
  30 clitk::DicomRT_ROI::DicomRT_ROI()
  31 {
  32   mName = "NoName";
  33   mNumber = -1;
  34   mColor.resize(3);
  35   mColor[0] = mColor[1] = mColor[2] = 0;
  36   mMeshIsUpToDate = false;
  37   mBackgroundValue = 0;
  38   mForegroundValue = 1;
  39 }
  40 //--------------------------------------------------------------------
  41
  42
  43 //--------------------------------------------------------------------
  44 clitk::DicomRT_ROI::~DicomRT_ROI()
  45 {
  46 }
  47 //--------------------------------------------------------------------
  48
  49
  50 //--------------------------------------------------------------------
  51 void clitk::DicomRT_ROI::SetDisplayColor(double r, double v, double b)
  52 {
  53   mColor.resize(3);
  54   mColor[0] = r;
  55   mColor[1] = v;
  56   mColor[2] = b;
  57 }
  58 //--------------------------------------------------------------------
  59
  60
  61 //--------------------------------------------------------------------
  62 int clitk::DicomRT_ROI::GetROINumber() const
  63 {
  64   return mNumber;
  65 }
  66 //--------------------------------------------------------------------
  67
  68
  69 //--------------------------------------------------------------------
  70 const std::string & clitk::DicomRT_ROI::GetName() const
  71 {
  72   return mName;
  73 }
  74 //--------------------------------------------------------------------
  75
  76
  77 //--------------------------------------------------------------------
  78 const std::string & clitk::DicomRT_ROI::GetFilename() const
  79 {
  80   return mFilename;
  81 }
  82 //--------------------------------------------------------------------
  83
  84
  85 //--------------------------------------------------------------------
  86 const std::vector<double> & clitk::DicomRT_ROI::GetDisplayColor() const
  87 {
  88   return mColor;
  89 }
  90 //--------------------------------------------------------------------
  91
  92
  93 //--------------------------------------------------------------------
  94 void clitk::DicomRT_ROI::Print(std::ostream & os) const
  95 {
  96   os << "ROI " << mNumber << "\t" << mName
  97      << "\t(" << mColor[0] << " " << mColor[1] << " " << mColor[2] << ")"
  98      << "\t Contours = " << mListOfContours.size() << std::endl;
  99 }
 100 //--------------------------------------------------------------------
 101
 102
 103 //--------------------------------------------------------------------
 104 void clitk::DicomRT_ROI::SetBackgroundValueLabelImage(double bg)
 105 {
 106   mBackgroundValue = bg;
 107 }
 108 //--------------------------------------------------------------------
 109
 110
 111 //--------------------------------------------------------------------
 112 double clitk::DicomRT_ROI::GetBackgroundValueLabelImage() const
 113 {
 114   return mBackgroundValue;
 115 }
 116 //--------------------------------------------------------------------
 117
 118
 119 //--------------------------------------------------------------------
 120 void clitk::DicomRT_ROI::SetForegroundValueLabelImage(double bg)
 121 {
 122   mForegroundValue = bg;
 123 }
 124 //--------------------------------------------------------------------
 125
 126
 127 //--------------------------------------------------------------------
 128 double clitk::DicomRT_ROI::GetForegroundValueLabelImage() const
 129 {
 130   return mForegroundValue;
 131 }
 132 //--------------------------------------------------------------------
 133
 134
 135 //--------------------------------------------------------------------
 136 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
 137 void clitk::DicomRT_ROI::Read(std::map<int, std::string> & rois, gdcm::Item const & item)
 138 {
 139   const gdcm::DataSet& nestedds = item.GetNestedDataSet();
 140
 141   gdcm::Attribute<0x3006,0x0084> referencedroinumber;
 142   referencedroinumber.SetFromDataSet( nestedds );
 143   // Change number if needed
 144
 145   // TODO
 146
 147   // ROI number [Referenced ROI Number]
 148   mNumber = referencedroinumber.GetValue();
 149
 150   // Retrieve ROI Name
 151   mName = rois[mNumber];
 152
 153   // ROI Color [ROI Display Color]
 154   gdcm::Attribute<0x3006,0x002a> color = {};
 155   color.SetFromDataSet( nestedds );
 156   assert( color.GetNumberOfValues() == 3 );
 157   mColor[0] = color.GetValue(0);
 158   mColor[1] = color.GetValue(1);
 159   mColor[2] = color.GetValue(2);
 160
 161   // Read contours [Contour Sequence]
 162   gdcm::Tag tcsq(0x3006,0x0040);
 163   if( !nestedds.FindDataElement( tcsq ) )
 164     {
 165       std::cerr << "Warning. Could not read contour for structure <" << mName << ">, number" << mNumber << " ? I ignore it" << std::endl;
 166       return;
 167     }
 168   const gdcm::DataElement& csq = nestedds.GetDataElement( tcsq );
 169   gdcm::SmartPointer<gdcm::SequenceOfItems> sqi2 = csq.GetValueAsSQ();
 170   if( !sqi2 || !sqi2->GetNumberOfItems() )
 171     {
 172     }
 173   unsigned int nitems = sqi2->GetNumberOfItems();
 174
 175   for(unsigned int i = 0; i < nitems; ++i)
 176     {
 177       const gdcm::Item & j = sqi2->GetItem(i+1); // Item start at #1
 178       DicomRT_Contour::Pointer c = DicomRT_Contour::New();
 179       bool b = c->Read(j);
 180       if (b) {
 181         mListOfContours.push_back(c);
 182       }
 183     }
 184 }
 185 #else
 186 void clitk::DicomRT_ROI::Read(std::map<int, std::string> & rois, gdcm::SQItem * item)
 187 {
 188
 189   // Change number if needed
 190
 191   // TODO
 192
 193   // ROI number [Referenced ROI Number]
 194   mNumber = atoi(item->GetEntryValue(0x3006,0x0084).c_str());
 195
 196   // Retrieve ROI Name
 197   mName = rois[mNumber];
 198
 199   // ROI Color [ROI Display Color]
 200   mColor = clitk::parse_string<double>(item->GetEntryValue(0x3006,0x002a),'\\');
 201
 202   // Read contours [Contour Sequence]
 203   gdcm::SeqEntry * contours=item->GetSeqEntry(0x3006,0x0040);
 204   if (contours) {
 205     int i=0;
 206     for(gdcm::SQItem* j=contours->GetFirstSQItem(); j!=0; j=contours->GetNextSQItem()) {
 207       DicomRT_Contour::Pointer c = DicomRT_Contour::New();
 208       bool b = c->Read(j);
 209       if (b) {
 210         mListOfContours.push_back(c);
 211       }
 212       ++i;
 213     }
 214   }
 215   else {
 216     std::cerr << "Warning. Could not read contour for structure <" << mName << ">, number" << mNumber << " ? I ignore it" << std::endl;
 217   }
 218 }
 219 #endif
 220 //--------------------------------------------------------------------
 221
 222
 223 //--------------------------------------------------------------------
 224 void clitk::DicomRT_ROI::SetImage(vvImage * image)
 225 {
 226   mImage = image;
 227 }
 228 //--------------------------------------------------------------------
 229
 230
 231 //--------------------------------------------------------------------
 232 vtkPolyData * clitk::DicomRT_ROI::GetMesh()
 233 {
 234   if (!mMeshIsUpToDate) {
 235     ComputeMesh();
 236   }
 237   return mMesh;
 238 }
 239 //--------------------------------------------------------------------
 240 clitk::DicomRT_Contour * clitk::DicomRT_ROI::GetContour(int n)
 241 {
 242   return mListOfContours[n];
 243 }
 244
 245 //--------------------------------------------------------------------
 246 void clitk::DicomRT_ROI::ComputeMesh()
 247 {
 248   vtkSmartPointer<vtkAppendPolyData> append = vtkSmartPointer<vtkAppendPolyData>::New();
 249   for(unsigned int i=0; i<mListOfContours.size(); i++) {
 250     append->AddInput(mListOfContours[i]->GetMesh());
 251   }
 252   append->Update();
 253
 254   mMesh = vtkSmartPointer<vtkPolyData>::New();
 255   mMesh->DeepCopy(append->GetOutput());
 256   mMeshIsUpToDate = true;
 257 }
 258 //--------------------------------------------------------------------
 259
 260
 261 //--------------------------------------------------------------------
 262 void clitk::DicomRT_ROI::SetFromBinaryImage(vvImage * image, int n,
 263                                             std::string name,
 264                                             std::vector<double> color,
 265                                             std::string filename)
 266 {
 267
 268   // ROI number [Referenced ROI Number]
 269   mNumber = n;
 270
 271   // ROI Name
 272   mName = name;
 273   mFilename = filename;
 274
 275   // ROI Color [ROI Display Color]
 276   mColor = color;
 277
 278   // No contours [Contour Sequence]
 279   mListOfContours.clear();
 280
 281   // Set image
 282   mImage = image;
 283 }
 284 //--------------------------------------------------------------------
 285
 286
 287 //--------------------------------------------------------------------
 288 vvImage * clitk::DicomRT_ROI::GetImage() const
 289 {
 290   return mImage;
 291 }
 292 //--------------------------------------------------------------------