common/clitkDicomRT_ROI.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:         vv http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3   Main authors :   XX XX XX
   4
   5   Authors belongs to:
   6   - University of LYON           http://www.universite-lyon.fr/
   7   - Léon Bérard cancer center    http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   8   - CREATIS CNRS laboratory      http://www.creatis.insa-lyon.fr
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  10   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  11   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  12   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  13
  14   It is distributed under dual licence
  15   - BSD       http://www.opensource.org/licenses/bsd-license.php
  16   - CeCILL-B  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
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  18   =========================================================================*/
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  20 #include "clitkDicomRT_ROI.h"
  21 #include <vtkSmartPointer.h>
  22 #include <vtkAppendPolyData.h>
  23
  24 //--------------------------------------------------------------------
  25 clitk::DicomRT_ROI::DicomRT_ROI()
  26 {
  27   mName = "NoName";
  28   mNumber = -1;
  29   mColor.resize(3);
  30   mColor[0] = mColor[1] = mColor[2] = 0;
  31   mMeshIsUpToDate = false;
  32   mBackgroundValue = 0;
  33   mForegroundValue = 1;
  34   mZDelta = 0;
  35 }
  36 //--------------------------------------------------------------------
  37
  38
  39 //--------------------------------------------------------------------
  40 clitk::DicomRT_ROI::~DicomRT_ROI()
  41 {
  42
  43 }
  44 //--------------------------------------------------------------------
  45
  46
  47 //--------------------------------------------------------------------
  48 void clitk::DicomRT_ROI::SetDisplayColor(double r, double v, double b)
  49 {
  50   mColor.resize(3);
  51   mColor[0] = r;
  52   mColor[1] = v;
  53   mColor[2] = b;
  54 }
  55 //--------------------------------------------------------------------
  56
  57
  58 //--------------------------------------------------------------------
  59 int clitk::DicomRT_ROI::GetROINumber() const
  60 {
  61   return mNumber;
  62 }
  63 //--------------------------------------------------------------------
  64
  65
  66 //--------------------------------------------------------------------
  67 const std::string & clitk::DicomRT_ROI::GetName() const
  68 {
  69   return mName;
  70 }
  71 //--------------------------------------------------------------------
  72
  73
  74 //--------------------------------------------------------------------
  75 const std::string & clitk::DicomRT_ROI::GetFilename() const
  76 {
  77   return mFilename;
  78 }
  79 //--------------------------------------------------------------------
  80
  81
  82 //--------------------------------------------------------------------
  83 const std::vector<double> & clitk::DicomRT_ROI::GetDisplayColor() const
  84 {
  85   return mColor;
  86 }
  87 //--------------------------------------------------------------------
  88
  89
  90 //--------------------------------------------------------------------
  91 void clitk::DicomRT_ROI::Print(std::ostream & os) const
  92 {
  93   os << "ROI " << mNumber << "\t" << mName
  94      << "\t(" << mColor[0] << " " << mColor[1] << " " << mColor[2] << ")"
  95      << "\t Contours = " << mListOfContours.size() << std::endl;
  96 }
  97 //--------------------------------------------------------------------
  98
  99
 100 //--------------------------------------------------------------------
 101 void clitk::DicomRT_ROI::SetBackgroundValueLabelImage(double bg)
 102 {
 103   mBackgroundValue = bg;
 104 }
 105 //--------------------------------------------------------------------
 106
 107
 108 //--------------------------------------------------------------------
 109 double clitk::DicomRT_ROI::GetBackgroundValueLabelImage() const
 110 {
 111   return mBackgroundValue;
 112 }
 113 //--------------------------------------------------------------------
 114
 115
 116 //--------------------------------------------------------------------
 117 void clitk::DicomRT_ROI::SetForegroundValueLabelImage(double bg)
 118 {
 119   mForegroundValue = bg;
 120 }
 121 //--------------------------------------------------------------------
 122
 123
 124 //--------------------------------------------------------------------
 125 double clitk::DicomRT_ROI::GetForegroundValueLabelImage() const
 126 {
 127   return mForegroundValue;
 128 }
 129 //--------------------------------------------------------------------
 130
 131
 132 //--------------------------------------------------------------------
 133 void clitk::DicomRT_ROI::Read(std::map<int, std::string> & rois, gdcm::SQItem * item)
 134 {
 135
 136   // Change number if needed
 137
 138   // TODO
 139
 140   // ROI number [Referenced ROI Number]
 141   mNumber = atoi(item->GetEntryValue(0x3006,0x0084).c_str());
 142
 143   // Retrieve ROI Name
 144   mName = rois[mNumber];
 145
 146   // ROI Color [ROI Display Color]
 147   mColor = clitk::parse_string<double>(item->GetEntryValue(0x3006,0x002a),'\\');
 148
 149   // Read contours [Contour Sequence]
 150   gdcm::SeqEntry * contours=item->GetSeqEntry(0x3006,0x0040);
 151   bool contour_processed=false;
 152   bool delta_computed=false;
 153   double last_z=0;
 154   for(gdcm::SQItem* j=contours->GetFirstSQItem(); j!=0; j=contours->GetNextSQItem()) {
 155     DicomRT_Contour * c = new DicomRT_Contour;
 156     bool b = c->Read(j);
 157     if (b) {
 158       mListOfContours.push_back(c);
 159       if (contour_processed) {
 160         double delta=c->GetZ() - last_z;
 161         if (delta_computed)
 162           assert(mZDelta == delta);
 163         else
 164           mZDelta = delta;
 165       } else
 166         contour_processed=true;
 167       last_z=c->GetZ();
 168     }
 169   }
 170 }
 171 //--------------------------------------------------------------------
 172
 173
 174 //--------------------------------------------------------------------
 175 void clitk::DicomRT_ROI::SetImage(vvImage * image)
 176 {
 177   mImage = image;
 178 }
 179 //--------------------------------------------------------------------
 180
 181
 182 //--------------------------------------------------------------------
 183 vtkPolyData * clitk::DicomRT_ROI::GetMesh()
 184 {
 185   if (!mMeshIsUpToDate) {
 186     ComputeMesh();
 187   }
 188   return mMesh;
 189 }
 190 //--------------------------------------------------------------------
 191 clitk::DicomRT_Contour * clitk::DicomRT_ROI::GetContour(int n)
 192 {
 193   return mListOfContours[n];
 194 }
 195
 196 //--------------------------------------------------------------------
 197 void clitk::DicomRT_ROI::ComputeMesh()
 198 {
 199   vtkAppendPolyData * append = vtkAppendPolyData::New();
 200   for(unsigned int i=0; i<mListOfContours.size(); i++) {
 201     append->AddInput(mListOfContours[i]->GetMesh());
 202   }
 203   append->Update();
 204   mMesh = append->GetOutput();
 205   mMeshIsUpToDate = true;
 206 }
 207 //--------------------------------------------------------------------
 208
 209
 210 //--------------------------------------------------------------------
 211 void clitk::DicomRT_ROI::SetFromBinaryImage(vvImage::Pointer image, int n,
 212                                             std::string name,
 213                                             std::vector<double> color,
 214                                             std::string filename)
 215 {
 216
 217   // ROI number [Referenced ROI Number]
 218   mNumber = n;
 219
 220   // ROI Name
 221   mName = name;
 222   mFilename = filename;
 223
 224   // ROI Color [ROI Display Color]
 225   mColor = color;
 226
 227   // No contours [Contour Sequence]
 228   mListOfContours.clear();
 229
 230   // Set image
 231   mImage = image;
 232 }
 233 //--------------------------------------------------------------------
 234
 235
 236 //--------------------------------------------------------------------
 237 const vvImage::Pointer clitk::DicomRT_ROI::GetImage() const
 238 {
 239   return mImage;
 240 }
 241 //--------------------------------------------------------------------