common/clitkDicomRT_ROI.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:         vv http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3   Main authors :   XX XX XX
   4
   5   Authors belongs to:
   6   - University of LYON           http://www.universite-lyon.fr/
   7   - Léon Bérard cancer center    http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   8   - CREATIS CNRS laboratory      http://www.creatis.insa-lyon.fr
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  10   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  11   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  12   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
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  14   It is distributed under dual licence
  15   - BSD       http://www.opensource.org/licenses/bsd-license.php
  16   - CeCILL-B  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
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  18   =========================================================================*/
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  20 #include "clitkDicomRT_ROI.h"
  21 #include <vtkSmartPointer.h>
  22 #include <vtkAppendPolyData.h>
  23
  24 //--------------------------------------------------------------------
  25 clitk::DicomRT_ROI::DicomRT_ROI() {
  26   mName = "NoName";
  27   mNumber = -1;
  28   mColor.resize(3);
  29   mColor[0] = mColor[1] = mColor[2] = 0;
  30   mMeshIsUpToDate = false;
  31 }
  32 //--------------------------------------------------------------------
  33
  34
  35 //--------------------------------------------------------------------
  36 clitk::DicomRT_ROI::~DicomRT_ROI() {
  37
  38 }
  39 //--------------------------------------------------------------------
  40
  41
  42 //--------------------------------------------------------------------
  43 void clitk::DicomRT_ROI::SetDisplayColor(double r, double v, double b) {
  44   mColor.resize(3);
  45   mColor[0] = r;
  46   mColor[1] = v;
  47   mColor[2] = b;
  48 }
  49 //--------------------------------------------------------------------
  50
  51
  52 //--------------------------------------------------------------------
  53 int clitk::DicomRT_ROI::GetROINumber() const {
  54   return mNumber;
  55 }
  56 //--------------------------------------------------------------------
  57
  58
  59 //--------------------------------------------------------------------
  60 const std::string & clitk::DicomRT_ROI::GetName() const {
  61   return mName;
  62 }
  63 //--------------------------------------------------------------------
  64
  65
  66 //--------------------------------------------------------------------
  67 const std::vector<double> & clitk::DicomRT_ROI::GetDisplayColor() const {
  68   return mColor;
  69 }
  70 //--------------------------------------------------------------------
  71
  72
  73
  74 //--------------------------------------------------------------------
  75 void clitk::DicomRT_ROI::Print(std::ostream & os) const {
  76   os << "ROI " << mNumber << "\t" << mName
  77      << "\t(" << mColor[0] << " " << mColor[1] << " " << mColor[2] << ")"
  78      << "\t Contours = " << mListOfContours.size() << std::endl;
  79 }
  80 //--------------------------------------------------------------------
  81
  82
  83 //--------------------------------------------------------------------
  84 void clitk::DicomRT_ROI::Read(std::map<int, std::string> & rois, gdcm::SQItem * item) {
  85
  86   // Change number if needed
  87
  88   // TODO
  89
  90   // ROI number [Referenced ROI Number]
  91   mNumber = atoi(item->GetEntryValue(0x3006,0x0084).c_str());
  92
  93   // Retrieve ROI Name
  94   mName = rois[mNumber];
  95
  96   // ROI Color [ROI Display Color]
  97   mColor = clitk::parse_string<double>(item->GetEntryValue(0x3006,0x002a),'\\');
  98
  99   // Read contours [Contour Sequence]
 100   gdcm::SeqEntry * contours=item->GetSeqEntry(0x3006,0x0040);
 101   for(gdcm::SQItem* j=contours->GetFirstSQItem();j!=0;j=contours->GetNextSQItem()) {
 102     DicomRT_Contour * c = new DicomRT_Contour;
 103     bool b = c->Read(j);
 104     if (b) mListOfContours.push_back(c);
 105   }
 106 }
 107 //--------------------------------------------------------------------
 108
 109
 110 //--------------------------------------------------------------------
 111 vtkPolyData * clitk::DicomRT_ROI::GetMesh() {
 112   if (!mMeshIsUpToDate) {
 113     ComputeMesh();
 114   }
 115   return mMesh;
 116 }
 117 //--------------------------------------------------------------------
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 119
 120 //--------------------------------------------------------------------
 121 void clitk::DicomRT_ROI::ComputeMesh() {
 122   vtkAppendPolyData * append = vtkAppendPolyData::New();
 123   for(unsigned int i=0; i<mListOfContours.size(); i++) {
 124     append->AddInput(mListOfContours[i]->GetMesh());
 125   }
 126   append->Update();
 127   mMesh = append->GetOutput();
 128   mMeshIsUpToDate = true;
 129 }
 130 //--------------------------------------------------------------------
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 133 //--------------------------------------------------------------------
 134 void clitk::DicomRT_ROI::SetFromBinaryImage(vvImage::Pointer image, int n,
 135                                             std::string name,
 136                                             std::vector<double> color) {
 137
 138   // ROI number [Referenced ROI Number]
 139   mNumber = n;
 140
 141   // ROI Name
 142   mName = name;
 143
 144   // ROI Color [ROI Display Color]
 145   mColor = color;
 146
 147   // No contours [Contour Sequence]
 148   mListOfContours.clear();
 149
 150   // Set image
 151   mImage = image;
 152 }
 153 //--------------------------------------------------------------------
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 155
 156 //--------------------------------------------------------------------
 157 const vvImage::Pointer clitk::DicomRT_ROI::GetImage() const {
 158   return mImage;
 159 }
 160 //--------------------------------------------------------------------