common/clitkDicomRT_ROI.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:         vv http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3   Main authors :   XX XX XX
   4
   5   Authors belongs to:
   6   - University of LYON           http://www.universite-lyon.fr/
   7   - Léon Bérard cancer center    http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   8   - CREATIS CNRS laboratory      http://www.creatis.insa-lyon.fr
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  10   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  11   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  12   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  13
  14   It is distributed under dual licence
  15   - BSD       http://www.opensource.org/licenses/bsd-license.php
  16   - CeCILL-B  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
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  18   =========================================================================*/
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  20 #include "clitkDicomRT_ROI.h"
  21 #include <vtkSmartPointer.h>
  22 #include <vtkAppendPolyData.h>
  23
  24 //--------------------------------------------------------------------
  25 clitk::DicomRT_ROI::DicomRT_ROI()
  26 {
  27   mName = "NoName";
  28   mNumber = -1;
  29   mColor.resize(3);
  30   mColor[0] = mColor[1] = mColor[2] = 0;
  31   mMeshIsUpToDate = false;
  32   mBackgroundValue = 0;
  33   mForegroundValue = 1;
  34   mZDelta = 0;
  35 }
  36 //--------------------------------------------------------------------
  37
  38
  39 //--------------------------------------------------------------------
  40 clitk::DicomRT_ROI::~DicomRT_ROI()
  41 {
  42 }
  43 //--------------------------------------------------------------------
  44
  45
  46 //--------------------------------------------------------------------
  47 void clitk::DicomRT_ROI::SetDisplayColor(double r, double v, double b)
  48 {
  49   mColor.resize(3);
  50   mColor[0] = r;
  51   mColor[1] = v;
  52   mColor[2] = b;
  53 }
  54 //--------------------------------------------------------------------
  55
  56
  57 //--------------------------------------------------------------------
  58 int clitk::DicomRT_ROI::GetROINumber() const
  59 {
  60   return mNumber;
  61 }
  62 //--------------------------------------------------------------------
  63
  64
  65 //--------------------------------------------------------------------
  66 const std::string & clitk::DicomRT_ROI::GetName() const
  67 {
  68   return mName;
  69 }
  70 //--------------------------------------------------------------------
  71
  72
  73 //--------------------------------------------------------------------
  74 const std::string & clitk::DicomRT_ROI::GetFilename() const
  75 {
  76   return mFilename;
  77 }
  78 //--------------------------------------------------------------------
  79
  80
  81 //--------------------------------------------------------------------
  82 const std::vector<double> & clitk::DicomRT_ROI::GetDisplayColor() const
  83 {
  84   return mColor;
  85 }
  86 //--------------------------------------------------------------------
  87
  88
  89 //--------------------------------------------------------------------
  90 void clitk::DicomRT_ROI::Print(std::ostream & os) const
  91 {
  92   os << "ROI " << mNumber << "\t" << mName
  93      << "\t(" << mColor[0] << " " << mColor[1] << " " << mColor[2] << ")"
  94      << "\t Contours = " << mListOfContours.size() << std::endl;
  95 }
  96 //--------------------------------------------------------------------
  97
  98
  99 //--------------------------------------------------------------------
 100 void clitk::DicomRT_ROI::SetBackgroundValueLabelImage(double bg)
 101 {
 102   mBackgroundValue = bg;
 103 }
 104 //--------------------------------------------------------------------
 105
 106
 107 //--------------------------------------------------------------------
 108 double clitk::DicomRT_ROI::GetBackgroundValueLabelImage() const
 109 {
 110   return mBackgroundValue;
 111 }
 112 //--------------------------------------------------------------------
 113
 114
 115 //--------------------------------------------------------------------
 116 void clitk::DicomRT_ROI::SetForegroundValueLabelImage(double bg)
 117 {
 118   mForegroundValue = bg;
 119 }
 120 //--------------------------------------------------------------------
 121
 122
 123 //--------------------------------------------------------------------
 124 double clitk::DicomRT_ROI::GetForegroundValueLabelImage() const
 125 {
 126   return mForegroundValue;
 127 }
 128 //--------------------------------------------------------------------
 129
 130
 131 //--------------------------------------------------------------------
 132 void clitk::DicomRT_ROI::Read(std::map<int, std::string> & rois, gdcm::SQItem * item)
 133 {
 134
 135   // Change number if needed
 136
 137   // TODO
 138
 139   // ROI number [Referenced ROI Number]
 140   mNumber = atoi(item->GetEntryValue(0x3006,0x0084).c_str());
 141
 142   // Retrieve ROI Name
 143   mName = rois[mNumber];
 144
 145   // ROI Color [ROI Display Color]
 146   mColor = clitk::parse_string<double>(item->GetEntryValue(0x3006,0x002a),'\\');
 147
 148   // Read contours [Contour Sequence]
 149   gdcm::SeqEntry * contours=item->GetSeqEntry(0x3006,0x0040);
 150   bool contour_processed=false;
 151   bool delta_computed=false;
 152   double last_z=0;
 153   for(gdcm::SQItem* j=contours->GetFirstSQItem(); j!=0; j=contours->GetNextSQItem()) {
 154     DicomRT_Contour::Pointer c = DicomRT_Contour::New();
 155     bool b = c->Read(j);
 156     if (b) {
 157       mListOfContours.push_back(c);
 158       if (contour_processed) {
 159         double delta=c->GetZ() - last_z;
 160         if (delta_computed)
 161           assert(mZDelta == delta);
 162         else
 163           mZDelta = delta;
 164       } else
 165         contour_processed=true;
 166       last_z=c->GetZ();
 167     }
 168   }
 169 }
 170 //--------------------------------------------------------------------
 171
 172
 173 //--------------------------------------------------------------------
 174 void clitk::DicomRT_ROI::SetImage(vvImage * image)
 175 {
 176   mImage = image;
 177 }
 178 //--------------------------------------------------------------------
 179
 180
 181 //--------------------------------------------------------------------
 182 vtkPolyData * clitk::DicomRT_ROI::GetMesh()
 183 {
 184   if (!mMeshIsUpToDate) {
 185     ComputeMesh();
 186   }
 187   return mMesh;
 188 }
 189 //--------------------------------------------------------------------
 190 clitk::DicomRT_Contour * clitk::DicomRT_ROI::GetContour(int n)
 191 {
 192   return mListOfContours[n];
 193 }
 194
 195 //--------------------------------------------------------------------
 196 void clitk::DicomRT_ROI::ComputeMesh()
 197 {
 198   vtkSmartPointer<vtkAppendPolyData> append = vtkSmartPointer<vtkAppendPolyData>::New();
 199   for(unsigned int i=0; i<mListOfContours.size(); i++) {
 200     append->AddInput(mListOfContours[i]->GetMesh());
 201   }
 202   append->Update();
 203
 204   mMesh = vtkSmartPointer<vtkPolyData>::New();
 205   mMesh->DeepCopy(append->GetOutput());
 206   mMeshIsUpToDate = true;
 207 }
 208 //--------------------------------------------------------------------
 209
 210
 211 //--------------------------------------------------------------------
 212 void clitk::DicomRT_ROI::SetFromBinaryImage(vvImage * image, int n,
 213                                             std::string name,
 214                                             std::vector<double> color,
 215                                             std::string filename)
 216 {
 217
 218   // ROI number [Referenced ROI Number]
 219   mNumber = n;
 220
 221   // ROI Name
 222   mName = name;
 223   mFilename = filename;
 224
 225   // ROI Color [ROI Display Color]
 226   mColor = color;
 227
 228   // No contours [Contour Sequence]
 229   mListOfContours.clear();
 230
 231   // Set image
 232   mImage = image;
 233 }
 234 //--------------------------------------------------------------------
 235
 236
 237 //--------------------------------------------------------------------
 238 vvImage * clitk::DicomRT_ROI::GetImage() const
 239 {
 240   return mImage;
 241 }
 242 //--------------------------------------------------------------------