common/clitkDicomRT_ROI.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:         vv http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3   Main authors :   XX XX XX
   4
   5   Authors belongs to:
   6   - University of LYON           http://www.universite-lyon.fr/
   7   - Léon Bérard cancer center    http://www.centreleonberard.fr
   8   - CREATIS CNRS laboratory      http://www.creatis.insa-lyon.fr
   9
  10   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  11   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  12   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  13
  14   It is distributed under dual licence
  15   - BSD       http://www.opensource.org/licenses/bsd-license.php
  16   - CeCILL-B  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17
  18   =========================================================================*/
  19
  20 #include "clitkDicomRT_ROI.h"
  21 #include <vtkSmartPointer.h>
  22 #include <vtkAppendPolyData.h>
  23
  24 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
  25 #include "gdcmAttribute.h"
  26 #include "gdcmItem.h"
  27 #endif
  28
  29 //--------------------------------------------------------------------
  30 clitk::DicomRT_ROI::DicomRT_ROI()
  31 {
  32   mName = "NoName";
  33   mNumber = -1;
  34   mColor.resize(3);
  35   mColor[0] = mColor[1] = mColor[2] = 0;
  36   mMeshIsUpToDate = false;
  37   mBackgroundValue = 0;
  38   mForegroundValue = 1;
  39   mZDelta = 0;
  40 }
  41 //--------------------------------------------------------------------
  42
  43
  44 //--------------------------------------------------------------------
  45 clitk::DicomRT_ROI::~DicomRT_ROI()
  46 {
  47 }
  48 //--------------------------------------------------------------------
  49
  50
  51 //--------------------------------------------------------------------
  52 void clitk::DicomRT_ROI::SetDisplayColor(double r, double v, double b)
  53 {
  54   mColor.resize(3);
  55   mColor[0] = r;
  56   mColor[1] = v;
  57   mColor[2] = b;
  58 }
  59 //--------------------------------------------------------------------
  60
  61
  62 //--------------------------------------------------------------------
  63 int clitk::DicomRT_ROI::GetROINumber() const
  64 {
  65   return mNumber;
  66 }
  67 //--------------------------------------------------------------------
  68
  69
  70 //--------------------------------------------------------------------
  71 const std::string & clitk::DicomRT_ROI::GetName() const
  72 {
  73   return mName;
  74 }
  75 //--------------------------------------------------------------------
  76
  77
  78 //--------------------------------------------------------------------
  79 const std::string & clitk::DicomRT_ROI::GetFilename() const
  80 {
  81   return mFilename;
  82 }
  83 //--------------------------------------------------------------------
  84
  85
  86 //--------------------------------------------------------------------
  87 const std::vector<double> & clitk::DicomRT_ROI::GetDisplayColor() const
  88 {
  89   return mColor;
  90 }
  91 //--------------------------------------------------------------------
  92
  93
  94 //--------------------------------------------------------------------
  95 void clitk::DicomRT_ROI::Print(std::ostream & os) const
  96 {
  97   os << "ROI " << mNumber << "\t" << mName
  98      << "\t(" << mColor[0] << " " << mColor[1] << " " << mColor[2] << ")"
  99      << "\t Contours = " << mListOfContours.size() << std::endl;
 100 }
 101 //--------------------------------------------------------------------
 102
 103
 104 //--------------------------------------------------------------------
 105 void clitk::DicomRT_ROI::SetBackgroundValueLabelImage(double bg)
 106 {
 107   mBackgroundValue = bg;
 108 }
 109 //--------------------------------------------------------------------
 110
 111
 112 //--------------------------------------------------------------------
 113 double clitk::DicomRT_ROI::GetBackgroundValueLabelImage() const
 114 {
 115   return mBackgroundValue;
 116 }
 117 //--------------------------------------------------------------------
 118
 119
 120 //--------------------------------------------------------------------
 121 void clitk::DicomRT_ROI::SetForegroundValueLabelImage(double bg)
 122 {
 123   mForegroundValue = bg;
 124 }
 125 //--------------------------------------------------------------------
 126
 127
 128 //--------------------------------------------------------------------
 129 double clitk::DicomRT_ROI::GetForegroundValueLabelImage() const
 130 {
 131   return mForegroundValue;
 132 }
 133 //--------------------------------------------------------------------
 134
 135
 136 //--------------------------------------------------------------------
 137 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
 138 void clitk::DicomRT_ROI::Read(std::map<int, std::string> & rois, gdcm::Item const & item)
 139 {
 140   const gdcm::DataSet& nestedds = item.GetNestedDataSet();
 141
 142   gdcm::Attribute<0x3006,0x0084> referencedroinumber;
 143   referencedroinumber.SetFromDataSet( nestedds );
 144   // Change number if needed
 145
 146   // TODO
 147
 148   // ROI number [Referenced ROI Number]
 149   mNumber = referencedroinumber.GetValue();
 150
 151   // Retrieve ROI Name
 152   mName = rois[mNumber];
 153
 154   // ROI Color [ROI Display Color]
 155   gdcm::Attribute<0x3006,0x002a> color = {};
 156   color.SetFromDataSet( nestedds );
 157   assert( color.GetNumberOfValues() == 3 );
 158   mColor[0] = color.GetValue(0);
 159   mColor[1] = color.GetValue(1);
 160   mColor[2] = color.GetValue(2);
 161
 162   // Read contours [Contour Sequence]
 163   gdcm::Tag tcsq(0x3006,0x0040);
 164   if( !nestedds.FindDataElement( tcsq ) )
 165     {
 166       std::cerr << "Warning. Could not read contour for structure <" << mName << ">, number" << mNumber << " ? I ignore it" << std::endl;
 167       return;
 168     }
 169   const gdcm::DataElement& csq = nestedds.GetDataElement( tcsq );
 170   gdcm::SmartPointer<gdcm::SequenceOfItems> sqi2 = csq.GetValueAsSQ();
 171   if( !sqi2 || !sqi2->GetNumberOfItems() )
 172     {
 173     }
 174   unsigned int nitems = sqi2->GetNumberOfItems();
 175
 176   bool contour_processed=false;
 177   bool delta_computed=false;
 178   double last_z=0;
 179   for(unsigned int i = 0; i < nitems; ++i)
 180     {
 181       const gdcm::Item & j = sqi2->GetItem(i+1); // Item start at #1
 182       DicomRT_Contour::Pointer c = DicomRT_Contour::New();
 183       bool b = c->Read(j);
 184       if (b) {
 185         mListOfContours.push_back(c);
 186         if (contour_processed) {
 187           double delta=c->GetZ() - last_z;
 188           if (delta_computed)
 189             assert(mZDelta == delta);
 190           else
 191             mZDelta = delta;
 192         } else
 193           contour_processed=true;
 194         last_z=c->GetZ();
 195       }
 196     }
 197
 198 }
 199 #else
 200 void clitk::DicomRT_ROI::Read(std::map<int, std::string> & rois, gdcm::SQItem * item)
 201 {
 202
 203   // Change number if needed
 204
 205   // TODO
 206
 207   // ROI number [Referenced ROI Number]
 208   mNumber = atoi(item->GetEntryValue(0x3006,0x0084).c_str());
 209
 210   // Retrieve ROI Name
 211   mName = rois[mNumber];
 212
 213   // ROI Color [ROI Display Color]
 214   mColor = clitk::parse_string<double>(item->GetEntryValue(0x3006,0x002a),'\\');
 215
 216   // Read contours [Contour Sequence]
 217   gdcm::SeqEntry * contours=item->GetSeqEntry(0x3006,0x0040);
 218   if (contours) {
 219     bool contour_processed=false;
 220     bool delta_computed=false;
 221     double last_z=0;
 222     for(gdcm::SQItem* j=contours->GetFirstSQItem(); j!=0; j=contours->GetNextSQItem()) {
 223       DicomRT_Contour::Pointer c = DicomRT_Contour::New();
 224       bool b = c->Read(j);
 225       if (b) {
 226         mListOfContours.push_back(c);
 227         if (contour_processed) {
 228           double delta=c->GetZ() - last_z;
 229           if (delta_computed)
 230             assert(mZDelta == delta);
 231           else
 232             mZDelta = delta;
 233         } else
 234           contour_processed=true;
 235         last_z=c->GetZ();
 236       }
 237     }
 238   }
 239   else {
 240     std::cerr << "Warning. Could not read contour for structure <" << mName << ">, number" << mNumber << " ? I ignore it" << std::endl;
 241   }
 242 }
 243 #endif
 244 //--------------------------------------------------------------------
 245
 246
 247 //--------------------------------------------------------------------
 248 void clitk::DicomRT_ROI::SetImage(vvImage * image)
 249 {
 250   mImage = image;
 251 }
 252 //--------------------------------------------------------------------
 253
 254
 255 //--------------------------------------------------------------------
 256 vtkPolyData * clitk::DicomRT_ROI::GetMesh()
 257 {
 258   if (!mMeshIsUpToDate) {
 259     ComputeMesh();
 260   }
 261   return mMesh;
 262 }
 263 //--------------------------------------------------------------------
 264 clitk::DicomRT_Contour * clitk::DicomRT_ROI::GetContour(int n)
 265 {
 266   return mListOfContours[n];
 267 }
 268
 269 //--------------------------------------------------------------------
 270 void clitk::DicomRT_ROI::ComputeMesh()
 271 {
 272   vtkSmartPointer<vtkAppendPolyData> append = vtkSmartPointer<vtkAppendPolyData>::New();
 273   for(unsigned int i=0; i<mListOfContours.size(); i++) {
 274     append->AddInput(mListOfContours[i]->GetMesh());
 275   }
 276   append->Update();
 277
 278   mMesh = vtkSmartPointer<vtkPolyData>::New();
 279   mMesh->DeepCopy(append->GetOutput());
 280   mMeshIsUpToDate = true;
 281 }
 282 //--------------------------------------------------------------------
 283
 284
 285 //--------------------------------------------------------------------
 286 void clitk::DicomRT_ROI::SetFromBinaryImage(vvImage * image, int n,
 287                                             std::string name,
 288                                             std::vector<double> color,
 289                                             std::string filename)
 290 {
 291
 292   // ROI number [Referenced ROI Number]
 293   mNumber = n;
 294
 295   // ROI Name
 296   mName = name;
 297   mFilename = filename;
 298
 299   // ROI Color [ROI Display Color]
 300   mColor = color;
 301
 302   // No contours [Contour Sequence]
 303   mListOfContours.clear();
 304
 305   // Set image
 306   mImage = image;
 307 }
 308 //--------------------------------------------------------------------
 309
 310
 311 //--------------------------------------------------------------------
 312 vvImage * clitk::DicomRT_ROI::GetImage() const
 313 {
 314   return mImage;
 315 }
 316 //--------------------------------------------------------------------