common/clitkDicomRT_ROI.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:         vv http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3   Main authors :   XX XX XX
   4
   5   Authors belongs to:
   6   - University of LYON           http://www.universite-lyon.fr/
   7   - Léon Bérard cancer center    http://www.centreleonberard.fr
   8   - CREATIS CNRS laboratory      http://www.creatis.insa-lyon.fr
   9
  10   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  11   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  12   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  13
  14   It is distributed under dual licence
  15   - BSD       http://www.opensource.org/licenses/bsd-license.php
  16   - CeCILL-B  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17
  18   =========================================================================*/
  19
  20 #ifndef CLITKDICOMRT_ROI_H
  21 #define CLITKDICOMRT_ROI_H
  22
  23 #include "clitkDicomRT_Contour.h"
  24 #include "vvImage.h"
  25
  26 #include "clitkConfiguration.h"
  27 #if CLITK_USE_SYSTEM_GDCM == 1
  28 #include <vtkGDCMPolyDataReader.h>
  29 #include <vtkRTStructSetProperties.h>
  30 #endif
  31
  32 namespace clitk {
  33
  34 //--------------------------------------------------------------------
  35 class DicomRT_ROI : public itk::LightObject
  36 {
  37
  38 public:
  39   typedef DicomRT_ROI Self;
  40   typedef itk::SmartPointer<Self> Pointer;
  41   itkNewMacro(Self);
  42
  43   void Print(std::ostream & os = std::cout) const;
  44   void SetFromBinaryImage(vvImage::Pointer image, int n,
  45         std::string name,
  46         std::vector<double> color,
  47         std::string filename);
  48
  49   int GetROINumber() const;
  50   const std::string & GetName() const;
  51   const std::string & GetFilename() const;
  52   const std::vector<double> & GetDisplayColor() const;
  53   vtkPolyData * GetMesh();
  54   vvImage * GetImage() const;
  55
  56   void SetDisplayColor(double r, double v, double b);
  57   std::vector<double> & GetDisplayColor() { return mColor; }
  58
  59   double GetBackgroundValueLabelImage() const;
  60   void SetBackgroundValueLabelImage(double bg);
  61
  62   double GetForegroundValueLabelImage() const;
  63   void SetForegroundValueLabelImage(double bg);
  64
  65   void SetImage(vvImage::Pointer im);
  66   DicomRT_Contour* GetContour(int n);
  67
  68   // Compute a vtk mesh from the dicom contours
  69   void ComputeMeshFromContour();
  70   void ComputeContoursFromImage();
  71
  72   // Indicate if the mesh is uptodate according to the dicom
  73   void SetDicomUptodateFlag(bool b) { m_DicomUptodateFlag = b; }
  74   bool GetDicomUptoDateFlag() const { return m_DicomUptodateFlag; }
  75   void SetName(std::string n) { mName = n; }
  76
  77   // Read from DICOM RT STRUCT
  78 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
  79   bool Read(gdcm::Item * itemInfo, gdcm::Item * itemContour);
  80   void UpdateDicomItem();
  81 #else
  82   void Read(std::map<int, std::string> & rois, gdcm::SQItem * item);
  83 #endif
  84
  85 #if CLITK_USE_SYSTEM_GDCM == 1
  86   void Read(vtkSmartPointer<vtkGDCMPolyDataReader> & reader, int roiindex);
  87 #endif
  88
  89 protected:
  90   std::string mName;
  91   std::string mFilename;
  92   int mNumber;
  93   std::vector<double> mColor;
  94   std::vector<DicomRT_Contour::Pointer> mListOfContours;
  95   vtkSmartPointer<vtkPolyData> mMesh;
  96   bool mMeshIsUpToDate;
  97   vvImage::Pointer mImage;
  98   double mBackgroundValue;
  99   double mForegroundValue;
 100   bool m_DicomUptodateFlag;
 101
 102 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
 103   gdcm::Item * mItemInfo;
 104   gdcm::Item * mItemContour;
 105   gdcm::SmartPointer<gdcm::SequenceOfItems> mContoursSequenceOfItems;
 106 #endif
 107
 108 private:
 109   DicomRT_ROI();
 110   ~DicomRT_ROI();
 111 };
 112 //--------------------------------------------------------------------
 113
 114 } // end namespace clitk
 115 #endif // CLITKDICOMRT_ROI_H
 116