common/clitkDicomRT_ROI.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:         vv http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3   Main authors :   XX XX XX
   4
   5   Authors belongs to:
   6   - University of LYON           http://www.universite-lyon.fr/
   7   - Léon Bérard cancer center    http://www.centreleonberard.fr
   8   - CREATIS CNRS laboratory      http://www.creatis.insa-lyon.fr
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  10   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  11   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
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  15   - BSD       http://www.opensource.org/licenses/bsd-license.php
  16   - CeCILL-B  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
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  18   =========================================================================*/
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  20 #ifndef CLITKDICOMRT_ROI_H
  21 #define CLITKDICOMRT_ROI_H
  22
  23 #include "clitkDicomRT_Contour.h"
  24 #include "vvImage.h"
  25
  26 #include "clitkConfiguration.h"
  27 #if CLITK_USE_SYSTEM_GDCM == 1
  28 #include <vtkGDCMPolyDataReader.h>
  29 #include <vtkRTStructSetProperties.h>
  30 #endif
  31
  32 namespace clitk {
  33
  34 //--------------------------------------------------------------------
  35 class DicomRT_ROI : public itk::LightObject
  36 {
  37
  38 public:
  39   typedef DicomRT_ROI Self;
  40   typedef itk::SmartPointer<Self> Pointer;
  41   itkNewMacro(Self);
  42
  43   void Print(std::ostream & os = std::cout) const;
  44   void SetFromBinaryImage(vvImage::Pointer image, int n,
  45         std::string name,
  46         std::vector<double> color,
  47         std::string filename);
  48
  49   int GetROINumber() const;
  50   void SetROINumber(int);
  51   const std::string & GetName() const;
  52   const std::string & GetFilename() const;
  53   const std::vector<double> & GetDisplayColor() const;
  54   vtkPolyData * GetMesh();
  55   vvImage * GetImage() const;
  56
  57   void SetDisplayColor(double r, double v, double b);
  58   std::vector<double> & GetDisplayColor() { return mColor; }
  59
  60   double GetBackgroundValueLabelImage() const;
  61   void SetBackgroundValueLabelImage(double bg);
  62
  63   double GetForegroundValueLabelImage() const;
  64   void SetForegroundValueLabelImage(double bg);
  65
  66   void SetImage(vvImage::Pointer im);
  67   DicomRT_Contour* GetContour(int n);
  68
  69   // Compute a vtk mesh from the dicom contours
  70   void ComputeMeshFromContour();
  71   void ComputeContoursFromImage();
  72
  73   // Indicate if the mesh is uptodate according to the dicom
  74   void SetDicomUptodateFlag(bool b) { m_DicomUptodateFlag = b; }
  75   bool GetDicomUptoDateFlag() const { return m_DicomUptodateFlag; }
  76   void SetName(std::string n) { mName = n; }
  77
  78   // Read from DICOM RT STRUCT
  79 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
  80   bool Read(gdcm::Item * itemInfo, gdcm::Item * itemContour);
  81   void UpdateDicomItem();
  82 #else
  83   void Read(std::map<int, std::string> & rois, gdcm::SQItem * item);
  84 #endif
  85
  86 #if CLITK_USE_SYSTEM_GDCM == 1
  87   void Read(vtkSmartPointer<vtkGDCMPolyDataReader> & reader, int roiindex);
  88 #endif
  89
  90 protected:
  91   std::string mName;
  92   std::string mFilename;
  93   int mNumber;
  94   std::vector<double> mColor;
  95   std::vector<DicomRT_Contour::Pointer> mListOfContours;
  96   vtkSmartPointer<vtkPolyData> mMesh;
  97   bool mMeshIsUpToDate;
  98   vvImage::Pointer mImage;
  99   double mBackgroundValue;
 100   double mForegroundValue;
 101   bool m_DicomUptodateFlag;
 102
 103 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
 104   gdcm::Item * mItemInfo;
 105   gdcm::Item * mItemContour;
 106   gdcm::SmartPointer<gdcm::SequenceOfItems> mContoursSequenceOfItems;
 107 #endif
 108
 109 private:
 110   DicomRT_ROI();
 111   ~DicomRT_ROI();
 112 };
 113 //--------------------------------------------------------------------
 114
 115 } // end namespace clitk
 116 #endif // CLITKDICOMRT_ROI_H
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