common/clitkDicomRT_ROI.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:         vv http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3   Main authors :   XX XX XX
   4
   5   Authors belongs to:
   6   - University of LYON           http://www.universite-lyon.fr/
   7   - Léon Bérard cancer center    http://www.centreleonberard.fr
   8   - CREATIS CNRS laboratory      http://www.creatis.insa-lyon.fr
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  11   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
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  15   - BSD       http://www.opensource.org/licenses/bsd-license.php
  16   - CeCILL-B  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
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  18   =========================================================================*/
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  20 #ifndef CLITKDICOMRT_ROI_H
  21 #define CLITKDICOMRT_ROI_H
  22
  23 #include "clitkDicomRT_Contour.h"
  24 #include "vvImage.h"
  25
  26 #include <vtkMatrix4x4.h>
  27 #include "clitkConfiguration.h"
  28 #if CLITK_USE_SYSTEM_GDCM == 1
  29 #include <vtkGDCMPolyDataReader.h>
  30 #include <vtkRTStructSetProperties.h>
  31 #endif
  32
  33 namespace clitk {
  34
  35 //--------------------------------------------------------------------
  36 class DicomRT_ROI : public itk::LightObject
  37 {
  38
  39 public:
  40   typedef DicomRT_ROI Self;
  41   typedef itk::SmartPointer<Self> Pointer;
  42   itkNewMacro(Self);
  43
  44   void Print(std::ostream & os = std::cout) const;
  45   void SetFromBinaryImage(vvImage::Pointer image, int n,
  46         std::string name,
  47         std::vector<double> color,
  48         std::string filename);
  49
  50   int GetROINumber() const;
  51   void SetROINumber(int);
  52   const std::string & GetName() const;
  53   const std::string & GetFilename() const;
  54   const std::vector<double> & GetDisplayColor() const;
  55   vtkPolyData * GetMesh();
  56   vvImage * GetImage() const;
  57
  58   void SetDisplayColor(double r, double v, double b);
  59   std::vector<double> & GetDisplayColor() { return mColor; }
  60
  61   double GetBackgroundValueLabelImage() const;
  62   void SetBackgroundValueLabelImage(double bg);
  63
  64   double GetForegroundValueLabelImage() const;
  65   void SetForegroundValueLabelImage(double bg);
  66
  67   void SetImage(vvImage::Pointer im);
  68   DicomRT_Contour* GetContour(int n);
  69
  70   void SetTransformMatrix(vtkMatrix4x4* matrix);
  71
  72   // Compute a vtk mesh from the dicom contours
  73   void ComputeMeshFromContour();
  74   void ComputeContoursFromImage();
  75
  76   // Indicate if the mesh is uptodate according to the dicom
  77   void SetDicomUptodateFlag(bool b) { m_DicomUptodateFlag = b; }
  78   bool GetDicomUptoDateFlag() const { return m_DicomUptodateFlag; }
  79   void SetName(std::string n) { mName = n; }
  80
  81   // Read from DICOM RT STRUCT
  82 #if GDCM_MAJOR_VERSION >= 2
  83   bool Read(gdcm::Item * itemInfo, gdcm::Item * itemContour);
  84   void UpdateDicomItem();
  85 #else
  86   void Read(std::map<int, std::string> & rois, gdcm::SQItem * item);
  87 #endif
  88
  89 #if CLITK_USE_SYSTEM_GDCM == 1
  90   void Read(vtkSmartPointer<vtkGDCMPolyDataReader> & reader, int roiindex);
  91 #endif
  92
  93 protected:
  94   std::string mName;
  95   std::string mFilename;
  96   int mNumber;
  97   std::vector<double> mColor;
  98   std::vector<DicomRT_Contour::Pointer> mListOfContours;
  99   vtkSmartPointer<vtkPolyData> mMesh;
 100   vtkSmartPointer<vtkMatrix4x4> mTransformMatrix;
 101   bool mMeshIsUpToDate;
 102   vvImage::Pointer mImage;
 103   double mBackgroundValue;
 104   double mForegroundValue;
 105   bool m_DicomUptodateFlag;
 106
 107 #if GDCM_MAJOR_VERSION >= 2
 108   gdcm::Item * mItemInfo;
 109   gdcm::Item * mItemContour;
 110   gdcm::SmartPointer<gdcm::SequenceOfItems> mContoursSequenceOfItems;
 111 #endif
 112
 113 private:
 114   DicomRT_ROI();
 115   ~DicomRT_ROI();
 116 };
 117 //--------------------------------------------------------------------
 118
 119 } // end namespace clitk
 120 #endif // CLITKDICOMRT_ROI_H
 121