common/clitkDicomRT_ROI.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:         vv http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3   Main authors :   XX XX XX
   4
   5   Authors belongs to:
   6   - University of LYON           http://www.universite-lyon.fr/
   7   - Léon Bérard cancer center    http://www.centreleonberard.fr
   8   - CREATIS CNRS laboratory      http://www.creatis.insa-lyon.fr
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  10   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  11   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
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  13
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  15   - BSD       http://www.opensource.org/licenses/bsd-license.php
  16   - CeCILL-B  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
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  18   =========================================================================*/
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  20 #ifndef CLITKDICOMRT_ROI_H
  21 #define CLITKDICOMRT_ROI_H
  22
  23 #include "clitkDicomRT_Contour.h"
  24 #include "vvImage.h"
  25
  26 namespace clitk {
  27
  28 //--------------------------------------------------------------------
  29 class DicomRT_ROI : public itk::LightObject
  30 {
  31
  32 public:
  33   typedef DicomRT_ROI Self;
  34   typedef itk::SmartPointer<Self> Pointer;
  35   itkNewMacro(Self);
  36
  37   void Print(std::ostream & os = std::cout) const;
  38   void SetFromBinaryImage(vvImage * image, int n,
  39         std::string name,
  40         std::vector<double> color,
  41         std::string filename);
  42
  43   int GetROINumber() const;
  44   const std::string & GetName() const;
  45   const std::string & GetFilename() const;
  46   const std::vector<double> & GetDisplayColor() const;
  47   vtkPolyData * GetMesh();
  48   vvImage * GetImage() const;
  49
  50   void SetDisplayColor(double r, double v, double b);
  51   std::vector<double> & GetDisplayColor() { return mColor; }
  52
  53   double GetBackgroundValueLabelImage() const;
  54   void SetBackgroundValueLabelImage(double bg);
  55
  56   double GetForegroundValueLabelImage() const;
  57   void SetForegroundValueLabelImage(double bg);
  58
  59   void SetImage(vvImage * im);
  60   DicomRT_Contour* GetContour(int n);
  61
  62   // Compute a vtk mesh from the dicom contours
  63   void ComputeMeshFromContour();
  64   void ComputeContoursFromImage();
  65
  66   // Indicate if the mesh is uptodate according to the dicom
  67   void SetDicomUptodateFlag(bool b) { m_DicomUptodateFlag = b; }
  68   bool GetDicomUptoDateFlag() const { return m_DicomUptodateFlag; }
  69   void SetName(std::string n) { mName = n; }
  70
  71   // Read from DICOM RT STRUCT
  72 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
  73   bool Read(gdcm::Item * itemInfo, gdcm::Item * itemContour);
  74   void UpdateDicomItem();
  75 #else
  76   void Read(std::map<int, std::string> & rois, gdcm::SQItem * item);
  77 #endif
  78
  79 protected:
  80   std::string mName;
  81   std::string mFilename;
  82   int mNumber;
  83   std::vector<double> mColor;
  84   std::vector<DicomRT_Contour::Pointer> mListOfContours;
  85   vtkSmartPointer<vtkPolyData> mMesh;
  86   bool mMeshIsUpToDate;
  87   vvImage::Pointer mImage;
  88   double mBackgroundValue;
  89   double mForegroundValue;
  90   bool m_DicomUptodateFlag;
  91
  92 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
  93   gdcm::Item * mItemInfo;
  94   gdcm::Item * mItemContour;
  95   gdcm::SmartPointer<gdcm::SequenceOfItems> mContoursSequenceOfItems;
  96 #endif
  97
  98 private:
  99   DicomRT_ROI();
 100   ~DicomRT_ROI();
 101 };
 102 //--------------------------------------------------------------------
 103
 104 } // end namespace clitk
 105 #endif // CLITKDICOMRT_ROI_H
 106