common/clitkDicomRT_ROI_ConvertToImageFilter.cxx

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   2   Program:         vv http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3   Main authors :   XX XX XX
   4
   5   Authors belongs to:
   6   - University of LYON           http://www.universite-lyon.fr/
   7   - Léon Bérard cancer center    http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   8   - CREATIS CNRS laboratory      http://www.creatis.insa-lyon.fr
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  10   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  11   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  12   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
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  14   It is distributed under dual licence
  15   - BSD       http://www.opensource.org/licenses/bsd-license.php
  16   - CeCILL-B  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
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  18   =========================================================================*/
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  20 #include "clitkDicomRT_ROI_ConvertToImageFilter.h"
  21 #include <vtkPolyDataToImageStencil.h>
  22 #include <vtkSmartPointer.h>
  23 #include <vtkImageStencil.h>
  24 #include <vtkLinearExtrusionFilter.h>
  25 #include <itkVTKImageToImageFilter.h>
  26 #include "clitkImageCommon.h"
  27
  28 //--------------------------------------------------------------------
  29 clitk::DicomRT_ROI_ConvertToImageFilter::DicomRT_ROI_ConvertToImageFilter() {
  30   mROI = NULL;
  31   mImageInfoIsSet = false;
  32   mWriteOutput = false;
  33   mCropMask = true;
  34 }
  35 //--------------------------------------------------------------------
  36
  37
  38 //--------------------------------------------------------------------
  39 clitk::DicomRT_ROI_ConvertToImageFilter::~DicomRT_ROI_ConvertToImageFilter() {
  40
  41 }
  42 //--------------------------------------------------------------------
  43
  44
  45 //--------------------------------------------------------------------
  46 void clitk::DicomRT_ROI_ConvertToImageFilter::SetROI(clitk::DicomRT_ROI * roi) {
  47   mROI = roi;
  48 }
  49 //--------------------------------------------------------------------
  50
  51
  52 //--------------------------------------------------------------------
  53 void clitk::DicomRT_ROI_ConvertToImageFilter::SetCropMaskEnabled(bool b) {
  54   mCropMask = b;
  55 }
  56 //--------------------------------------------------------------------
  57
  58
  59 //--------------------------------------------------------------------
  60 void clitk::DicomRT_ROI_ConvertToImageFilter::SetOutputImageFilename(std::string s) {
  61   mOutputFilename = s;
  62   mWriteOutput = true;
  63 }
  64 //--------------------------------------------------------------------
  65
  66
  67 //--------------------------------------------------------------------
  68 void clitk::DicomRT_ROI_ConvertToImageFilter::SetImageFilename(std::string f) {
  69   itk::ImageIOBase::Pointer header = clitk::readImageHeader(f);
  70   if (header->GetNumberOfDimensions() < 3) {
  71     std::cerr << "Error. Please provide a 3D image instead of " << f << std::endl;
  72     exit(0);
  73   }
  74   if (header->GetNumberOfDimensions() > 3) {
  75     std::cerr << "Warning dimension > 3 are ignored" << std::endl;
  76   }
  77   mSpacing.resize(3);
  78   mOrigin.resize(3);
  79   mSize.resize(3);
  80   for(unsigned int i=0; i<3; i++) {
  81     mSpacing[i] = header->GetSpacing(i);
  82     mOrigin[i] = header->GetOrigin(i);
  83     mSize[i] = header->GetDimensions(i);
  84   }
  85   mImageInfoIsSet = true;
  86 }
  87 //--------------------------------------------------------------------
  88
  89
  90 //--------------------------------------------------------------------
  91 void clitk::DicomRT_ROI_ConvertToImageFilter::Update() {
  92   if (!mROI) {
  93     std::cerr << "Error. No ROI set, please use SetROI." << std::endl;
  94     exit(0);
  95   }
  96   if (!mImageInfoIsSet) {
  97     std::cerr << "Error. Please provide image info (spacing/origin) with SetImageFilename" << std::endl;
  98     exit(0);
  99   }
 100   // DD("Update");
 101
 102   // Get Mesh
 103   vtkPolyData * mesh = mROI->GetMesh();
 104   DD(mesh->GetNumberOfCells());
 105
 106   // Get bounds
 107   double *bounds=mesh->GetBounds();
 108   // for(int i=0; i<6; i++){
 109 //     DD(bounds[i]);
 110 //   }
 111
 112   // Compute origin
 113   std::vector<double> origin;
 114   origin.resize(3);
 115   origin[0] = floor((bounds[0]-mOrigin[0])/mSpacing[0]-2)*mSpacing[0]+mOrigin[0];
 116   origin[1] = floor((bounds[2]-mOrigin[1])/mSpacing[1]-2)*mSpacing[1]+mOrigin[1];
 117   origin[2] = floor((bounds[4]-mOrigin[2])/mSpacing[2]-2)*mSpacing[2]+mOrigin[2];
 118
 119   // Compute extend
 120   std::vector<double> extend;
 121   extend.resize(3);
 122   extend[0] = ceil((bounds[1]-origin[0])/mSpacing[0]+4);
 123   extend[1] = ceil((bounds[3]-origin[1])/mSpacing[1]+4);
 124   extend[2] = ceil((bounds[5]-origin[2])/mSpacing[2]+4);
 125
 126   // If no crop, set initial image size/origin
 127   if (!mCropMask) {
 128     for(int i=0; i<3; i++) {
 129       origin[i] = mOrigin[i];
 130       extend[i] = mSize[i]-1;
 131     }
 132   }
 133
 134   // Create new output image
 135   mBinaryImage = vtkImageData::New();
 136   mBinaryImage->SetScalarTypeToUnsignedChar();
 137   mBinaryImage->SetOrigin(&origin[0]);
 138   mBinaryImage->SetSpacing(&mSpacing[0]);
 139   mBinaryImage->SetExtent(0, extend[0],
 140                           0, extend[1],
 141                           0, extend[2]);
 142   mBinaryImage->AllocateScalars();
 143
 144   // for(int i=0; i<3; i++){
 145   //     DD(origin[i]);
 146   //     DD(extend[i]);
 147   //     DD(mBinaryImage->GetDimensions()[i]);
 148   //   }
 149   memset(mBinaryImage->GetScalarPointer(), 0,
 150          mBinaryImage->GetDimensions()[0]*mBinaryImage->GetDimensions()[1]*mBinaryImage->GetDimensions()[2]*sizeof(unsigned char));
 151
 152   // Extrude
 153   vtkSmartPointer<vtkLinearExtrusionFilter> extrude=vtkSmartPointer<vtkLinearExtrusionFilter>::New();
 154   extrude->SetInput(mesh);
 155   ///We extrude in the -slice_spacing direction to respect the FOCAL convention // ?????????????
 156   extrude->SetVector(0, 0, -mSpacing[2]);
 157
 158   // Binarization
 159   vtkSmartPointer<vtkPolyDataToImageStencil> sts=vtkSmartPointer<vtkPolyDataToImageStencil>::New();
 160   //The following line is extremely important
 161   //http://www.nabble.com/Bug-in-vtkPolyDataToImageStencil--td23368312.html#a23370933
 162   sts->SetTolerance(0);
 163   sts->SetInformationInput(mBinaryImage);
 164   sts->SetInput(extrude->GetOutput());
 165   //sts->SetInput(mesh);
 166
 167   vtkSmartPointer<vtkImageStencil> stencil=vtkSmartPointer<vtkImageStencil>::New();
 168   stencil->SetStencil(sts->GetOutput());
 169   stencil->SetInput(mBinaryImage);
 170   stencil->ReverseStencilOn();
 171   stencil->Update();
 172   mBinaryImage->ShallowCopy(stencil->GetOutput());
 173
 174   if (mWriteOutput) {
 175      typedef itk::Image<unsigned char, 3> ImageType;
 176      typedef itk::VTKImageToImageFilter<ImageType> ConnectorType;
 177      ConnectorType::Pointer connector = ConnectorType::New();
 178      connector->SetInput(GetOutput());
 179      connector->Update();
 180      clitk::writeImage<ImageType>(connector->GetOutput(), mOutputFilename);
 181   }
 182 }
 183 //--------------------------------------------------------------------
 184
 185
 186
 187 //--------------------------------------------------------------------
 188 vtkImageData * clitk::DicomRT_ROI_ConvertToImageFilter::GetOutput() {
 189   return mBinaryImage;
 190 }
 191 //--------------------------------------------------------------------