common/clitkDicomRT_StructureSet.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:         vv http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3   Main authors :   XX XX XX
   4
   5   Authors belongs to:
   6   - University of LYON           http://www.universite-lyon.fr/
   7   - Léon Bérard cancer center    http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   8   - CREATIS CNRS laboratory      http://www.creatis.insa-lyon.fr
   9
  10   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  11   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  12   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  13
  14   It is distributed under dual licence
  15   - BSD       http://www.opensource.org/licenses/bsd-license.php
  16   - CeCILL-B  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
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  18   =========================================================================*/
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  20 #include "clitkDicomRT_StructureSet.h"
  21 #include <vtksys/SystemTools.hxx>
  22
  23 //--------------------------------------------------------------------
  24 clitk::DicomRT_StructureSet::DicomRT_StructureSet()
  25 {
  26   mStudyID = "NoStudyID";
  27   mStudyTime = "NoStudyTime";
  28   mStudyDate = "NoStudyDate";
  29   mLabel = "NoLabel";
  30   mName = "NoName";
  31   mDate = "NoDate";
  32   mTime = "NoTime";
  33 }
  34 //--------------------------------------------------------------------
  35
  36
  37 //--------------------------------------------------------------------
  38 clitk::DicomRT_StructureSet::~DicomRT_StructureSet()
  39 {
  40 }
  41 //--------------------------------------------------------------------
  42
  43
  44 //--------------------------------------------------------------------
  45 const std::string & clitk::DicomRT_StructureSet::GetStudyID() const
  46 {
  47   return mStudyID;
  48 }
  49 //--------------------------------------------------------------------
  50
  51
  52 //--------------------------------------------------------------------
  53 const std::string & clitk::DicomRT_StructureSet::GetStudyTime() const
  54 {
  55   return mStudyTime;
  56 }
  57 //--------------------------------------------------------------------
  58
  59
  60 //--------------------------------------------------------------------
  61 const std::string & clitk::DicomRT_StructureSet::GetStudyDate() const
  62 {
  63   return mStudyDate;
  64 }
  65 //--------------------------------------------------------------------
  66
  67
  68 //--------------------------------------------------------------------
  69 const std::string & clitk::DicomRT_StructureSet::GetLabel() const
  70 {
  71   return mLabel;
  72 }
  73 //--------------------------------------------------------------------
  74
  75
  76 //--------------------------------------------------------------------
  77 const std::string & clitk::DicomRT_StructureSet::GetName() const
  78 {
  79   return mName;
  80 }
  81 //--------------------------------------------------------------------
  82
  83
  84 //--------------------------------------------------------------------
  85 const std::string & clitk::DicomRT_StructureSet::GetDate() const
  86 {
  87   return mDate;
  88 }
  89 //--------------------------------------------------------------------
  90
  91
  92 //--------------------------------------------------------------------
  93 const std::string & clitk::DicomRT_StructureSet::GetTime() const
  94 {
  95   return mTime;
  96 }
  97 //--------------------------------------------------------------------
  98
  99
 100 //--------------------------------------------------------------------
 101 const std::vector<clitk::DicomRT_ROI::Pointer> & clitk::DicomRT_StructureSet::GetListOfROI() const
 102 {
 103   return mListOfROI;
 104 }
 105 //--------------------------------------------------------------------
 106
 107
 108 //--------------------------------------------------------------------
 109 clitk::DicomRT_ROI* clitk::DicomRT_StructureSet::GetROI(int n)
 110 {
 111   if (mMapOfROIIndex.find(n) == mMapOfROIIndex.end()) {
 112     std::cerr << "No ROI number " << n << std::endl;
 113     return NULL;
 114   }
 115   //  DD(mListOfROI[mMapOfROIIndex[n]]->GetName());
 116   //DD(mListOfROI[mMapOfROIIndex[n]]->GetROINumber());
 117   return mListOfROI[mMapOfROIIndex[n]];
 118 }
 119 //--------------------------------------------------------------------
 120
 121
 122 //--------------------------------------------------------------------
 123 void clitk::DicomRT_StructureSet::Print(std::ostream & os) const
 124 {
 125   os << "Study ID      = " << mStudyID << std::endl
 126      << "Study Date    = " << mStudyDate << std::endl
 127      << "Study Time    = " << mStudyTime << std::endl
 128      << "Struct Label  = " << mLabel << std::endl
 129      << "Struct Name   = " << mName << std::endl
 130      << "Struct Time   = " << mTime << std::endl
 131      << "Number of ROI = " << mListOfROI.size() << std::endl;
 132   for(unsigned int i=0; i<mListOfROI.size(); i++) {
 133     mListOfROI[i]->Print(os);
 134   }
 135 }
 136 //--------------------------------------------------------------------
 137
 138
 139 //--------------------------------------------------------------------
 140 void clitk::DicomRT_StructureSet::Read(const std::string & filename)
 141 {
 142   // Open DICOM
 143   gdcm::File reader;
 144   reader.SetFileName(filename.c_str());
 145   reader.SetMaxSizeLoadEntry(16384); // Needed ...
 146   reader.SetLoadMode(gdcm::LD_NOSHADOW); // don't load shadow tags (in order to save memory)
 147   reader.Load();
 148
 149   // Check file type
 150   //Verify if the file is a RT-Structure-Set dicom file
 151   if (!gdcm::Util::DicomStringEqual(reader.GetEntryValue(0x0008,0x0016),"1.2.840.10008.5.1.4.1.1.481.3")) {  //SOP clas UID
 152     std::cerr << "Error. the file " << filename
 153               << " is not a Dicom Struct ? (must have a SOP Class UID [0008|0016] = 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.481.3 ==> [RT Structure Set Storage])"
 154               << std::endl;
 155     exit(0);
 156   }
 157   if (!gdcm::Util::DicomStringEqual(reader.GetEntryValue(0x0008,0x0060),"RTSTRUCT")) {  //SOP clas UID
 158     std::cerr << "Error. the file " << filename
 159               << " is not a Dicom Struct ? (must have 0x0008,0x0060 = RTSTRUCT [RT Structure Set Storage])"
 160               << std::endl;
 161     exit(0);
 162   }
 163
 164   // Read global info
 165   mStudyID   = reader.GetValEntry(0x0020,0x0010)->GetValue();
 166   mStudyTime = reader.GetValEntry(0x008,0x0020)->GetValue();
 167   mStudyDate = reader.GetValEntry(0x008,0x0030)->GetValue();
 168   mLabel     = reader.GetValEntry(0x3006,0x002)->GetValue();
 169   mName      = reader.GetValEntry(0x3006,0x004)->GetValue();
 170   mTime      = reader.GetValEntry(0x3006,0x009)->GetValue();
 171
 172   //----------------------------------
 173   // Read all ROI Names and number
 174   // 0x3006,0x0020 = [ Structure Set ROI Sequence ]
 175   gdcm::SeqEntry * roi_seq=reader.GetSeqEntry(0x3006,0x0020);
 176   assert(roi_seq); // TODO error message
 177   for (gdcm::SQItem* r=roi_seq->GetFirstSQItem(); r!=0; r=roi_seq->GetNextSQItem()) {
 178     std::string name = r->GetEntryValue(0x3006,0x0026);      // 0x3006,0x0026 = [ROI Name]
 179     int nb = atoi(r->GetEntryValue(0x3006,0x0022).c_str());  // 0x3006,0x0022 = [ROI Number]
 180     // Change number if needed
 181
 182     //TODO
 183
 184     // Check if such a number already exist
 185     if (mMapOfROIName.find(nb) != mMapOfROIName.end()) {
 186       std::cerr << "WARNING. A Roi already exist with the number "
 187                 << nb << ". I replace." << std::endl;
 188     }
 189     // Add in map
 190     mMapOfROIName[nb] = name;
 191   }
 192   // DD(mMapOfROIName.size());
 193
 194   //----------------------------------
 195   // Read all ROI
 196   // 0x3006,0x0039 = [ ROI Contour Sequence ]
 197   gdcm::SeqEntry * roi_contour_seq=reader.GetSeqEntry(0x3006,0x0039);
 198   assert(roi_contour_seq); // TODO error message
 199   int n=0;
 200   for (gdcm::SQItem* r=roi_contour_seq->GetFirstSQItem(); r!=0; r=roi_contour_seq->GetNextSQItem()) {
 201     DicomRT_ROI::Pointer roi = DicomRT_ROI::New();
 202     roi->Read(mMapOfROIName, r);
 203     mListOfROI.push_back(roi);
 204     mMapOfROIIndex[roi->GetROINumber()] = n;
 205     n++;
 206   }
 207
 208 }
 209 //--------------------------------------------------------------------
 210
 211
 212 //--------------------------------------------------------------------
 213 int clitk::DicomRT_StructureSet::AddBinaryImageAsNewROI(vvImage * im, std::string n)
 214 {
 215   //DD("AddBinaryImageAsNewROI");
 216   // Search max ROI number
 217   int max = -1;
 218   for(unsigned int i=0; i<mListOfROI.size(); i++) {
 219     if (mListOfROI[i]->GetROINumber() > max)
 220       max = mListOfROI[i]->GetROINumber();
 221   }
 222   //  DD(max);
 223   ++max;
 224   //DD(max);
 225
 226   // Compute name
 227   std::ostringstream oss;
 228   oss << vtksys::SystemTools::GetFilenameName(vtksys::SystemTools::GetFilenameWithoutLastExtension(n));
 229   //      << "_roi_" << max << vtksys::SystemTools::GetFilenameLastExtension(n);
 230   //DD(oss.str());
 231   mMapOfROIName[max] = oss.str();
 232
 233   // Set color
 234   std::vector<double> color;
 235   color.push_back(1);
 236   color.push_back(0);
 237   color.push_back(0);
 238
 239   // Create ROI
 240   DicomRT_ROI::Pointer roi = DicomRT_ROI::New();
 241   roi->SetFromBinaryImage(im, max, oss.str(), color, n);
 242   mListOfROI.push_back(roi);
 243   mMapOfROIIndex[mListOfROI.size()-1] = max;
 244   //DD(mMapOfROIIndex[mListOfROI.size()-1]);
 245   return max;
 246 }
 247 //--------------------------------------------------------------------
 248
 249