common/clitkDicomRT_StructureSet.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:         vv http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3   Main authors :   XX XX XX
   4
   5   Authors belongs to:
   6   - University of LYON           http://www.universite-lyon.fr/
   7   - Léon Bérard cancer center    http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   8   - CREATIS CNRS laboratory      http://www.creatis.insa-lyon.fr
   9
  10   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  11   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  12   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  13
  14   It is distributed under dual licence
  15   - BSD       http://www.opensource.org/licenses/bsd-license.php
  16   - CeCILL-B  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
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  18   =========================================================================*/
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  20 #include "clitkDicomRT_StructureSet.h"
  21 #include <vtksys/SystemTools.hxx>
  22
  23 //--------------------------------------------------------------------
  24 clitk::DicomRT_StructureSet::DicomRT_StructureSet()
  25 {
  26   mStudyID = "NoStudyID";
  27   mStudyTime = "NoStudyTime";
  28   mStudyDate = "NoStudyDate";
  29   mLabel = "NoLabel";
  30   mName = "NoName";
  31   mDate = "NoDate";
  32   mTime = "NoTime";
  33 }
  34 //--------------------------------------------------------------------
  35
  36
  37 //--------------------------------------------------------------------
  38 clitk::DicomRT_StructureSet::~DicomRT_StructureSet()
  39 {
  40
  41 }
  42 //--------------------------------------------------------------------
  43
  44
  45 //--------------------------------------------------------------------
  46 const std::string & clitk::DicomRT_StructureSet::GetStudyID() const
  47 {
  48   return mStudyID;
  49 }
  50 //--------------------------------------------------------------------
  51
  52
  53 //--------------------------------------------------------------------
  54 const std::string & clitk::DicomRT_StructureSet::GetStudyTime() const
  55 {
  56   return mStudyTime;
  57 }
  58 //--------------------------------------------------------------------
  59
  60
  61 //--------------------------------------------------------------------
  62 const std::string & clitk::DicomRT_StructureSet::GetStudyDate() const
  63 {
  64   return mStudyDate;
  65 }
  66 //--------------------------------------------------------------------
  67
  68
  69 //--------------------------------------------------------------------
  70 const std::string & clitk::DicomRT_StructureSet::GetLabel() const
  71 {
  72   return mLabel;
  73 }
  74 //--------------------------------------------------------------------
  75
  76
  77 //--------------------------------------------------------------------
  78 const std::string & clitk::DicomRT_StructureSet::GetName() const
  79 {
  80   return mName;
  81 }
  82 //--------------------------------------------------------------------
  83
  84
  85 //--------------------------------------------------------------------
  86 const std::string & clitk::DicomRT_StructureSet::GetDate() const
  87 {
  88   return mDate;
  89 }
  90 //--------------------------------------------------------------------
  91
  92
  93 //--------------------------------------------------------------------
  94 const std::string & clitk::DicomRT_StructureSet::GetTime() const
  95 {
  96   return mTime;
  97 }
  98 //--------------------------------------------------------------------
  99
 100
 101 //--------------------------------------------------------------------
 102 const std::vector<clitk::DicomRT_ROI*> & clitk::DicomRT_StructureSet::GetListOfROI() const
 103 {
 104   return mListOfROI;
 105 }
 106 //--------------------------------------------------------------------
 107
 108
 109 //--------------------------------------------------------------------
 110 clitk::DicomRT_ROI* clitk::DicomRT_StructureSet::GetROI(int n)
 111 {
 112   if (mMapOfROIIndex.find(n) == mMapOfROIIndex.end()) {
 113     std::cerr << "No ROI number " << n << std::endl;
 114     return NULL;
 115   }
 116   DD(mListOfROI[mMapOfROIIndex[n]]->GetName());
 117   DD(mListOfROI[mMapOfROIIndex[n]]->GetROINumber());
 118   return mListOfROI[mMapOfROIIndex[n]];
 119 }
 120 //--------------------------------------------------------------------
 121
 122
 123 //--------------------------------------------------------------------
 124 void clitk::DicomRT_StructureSet::Print(std::ostream & os) const
 125 {
 126   os << "Study ID      = " << mStudyID << std::endl
 127      << "Study Date    = " << mStudyDate << std::endl
 128      << "Study Time    = " << mStudyTime << std::endl
 129      << "Struct Label  = " << mLabel << std::endl
 130      << "Struct Name   = " << mName << std::endl
 131      << "Struct Time   = " << mTime << std::endl
 132      << "Number of ROI = " << mListOfROI.size() << std::endl;
 133   for(unsigned int i=0; i<mListOfROI.size(); i++) {
 134     mListOfROI[i]->Print(os);
 135   }
 136 }
 137 //--------------------------------------------------------------------
 138
 139
 140 //--------------------------------------------------------------------
 141 void clitk::DicomRT_StructureSet::Read(const std::string & filename)
 142 {
 143   // Open DICOM
 144   gdcm::File reader;
 145   reader.SetFileName(filename.c_str());
 146   reader.SetMaxSizeLoadEntry(16384); // Needed ...
 147   reader.SetLoadMode(gdcm::LD_NOSHADOW); // don't load shadow tags (in order to save memory)
 148   reader.Load();
 149
 150   // Check file type
 151   //Verify if the file is a RT-Structure-Set dicom file
 152   if (!gdcm::Util::DicomStringEqual(reader.GetEntryValue(0x0008,0x0016),"1.2.840.10008.5.1.4.1.1.481.3")) {  //SOP clas UID
 153     std::cerr << "Error. the file " << filename
 154               << " is not a Dicom Struct ? (must have a SOP Class UID [0008|0016] = 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.481.3 ==> [RT Structure Set Storage])"
 155               << std::endl;
 156     exit(0);
 157   }
 158   if (!gdcm::Util::DicomStringEqual(reader.GetEntryValue(0x0008,0x0060),"RTSTRUCT")) {  //SOP clas UID
 159     std::cerr << "Error. the file " << filename
 160               << " is not a Dicom Struct ? (must have 0x0008,0x0060 = RTSTRUCT [RT Structure Set Storage])"
 161               << std::endl;
 162     exit(0);
 163   }
 164
 165   // Read global info
 166   mStudyID   = reader.GetValEntry(0x0020,0x0010)->GetValue();
 167   mStudyTime = reader.GetValEntry(0x008,0x0020)->GetValue();
 168   mStudyDate = reader.GetValEntry(0x008,0x0030)->GetValue();
 169   mLabel     = reader.GetValEntry(0x3006,0x002)->GetValue();
 170   mName      = reader.GetValEntry(0x3006,0x004)->GetValue();
 171   mTime      = reader.GetValEntry(0x3006,0x009)->GetValue();
 172
 173   //----------------------------------
 174   // Read all ROI Names and number
 175   // 0x3006,0x0020 = [ Structure Set ROI Sequence ]
 176   gdcm::SeqEntry * roi_seq=reader.GetSeqEntry(0x3006,0x0020);
 177   assert(roi_seq); // TODO error message
 178   for (gdcm::SQItem* r=roi_seq->GetFirstSQItem(); r!=0; r=roi_seq->GetNextSQItem()) {
 179     std::string name = r->GetEntryValue(0x3006,0x0026);      // 0x3006,0x0026 = [ROI Name]
 180     int nb = atoi(r->GetEntryValue(0x3006,0x0022).c_str());  // 0x3006,0x0022 = [ROI Number]
 181     // Change number if needed
 182
 183     //TODO
 184
 185     // Check if such a number already exist
 186     if (mMapOfROIName.find(nb) != mMapOfROIName.end()) {
 187       std::cerr << "WARNING. A Roi already exist with the number "
 188                 << nb << ". I replace." << std::endl;
 189     }
 190     // Add in map
 191     mMapOfROIName[nb] = name;
 192   }
 193   // DD(mMapOfROIName.size());
 194
 195   //----------------------------------
 196   // Read all ROI
 197   // 0x3006,0x0039 = [ ROI Contour Sequence ]
 198   gdcm::SeqEntry * roi_contour_seq=reader.GetSeqEntry(0x3006,0x0039);
 199   assert(roi_contour_seq); // TODO error message
 200   int n=0;
 201   for (gdcm::SQItem* r=roi_contour_seq->GetFirstSQItem(); r!=0; r=roi_contour_seq->GetNextSQItem()) {
 202     DicomRT_ROI * roi = new DicomRT_ROI;
 203     roi->Read(mMapOfROIName, r);
 204     mListOfROI.push_back(roi);
 205     mMapOfROIIndex[roi->GetROINumber()] = n;
 206     n++;
 207   }
 208
 209 }
 210 //--------------------------------------------------------------------
 211
 212
 213 //--------------------------------------------------------------------
 214 int clitk::DicomRT_StructureSet::AddBinaryImageAsNewROI(vvImage::Pointer im, std::string n)
 215 {
 216   DD("AddBinaryImageAsNewROI");
 217   // Search max ROI number
 218   int max = -1;
 219   for(unsigned int i=0; i<mListOfROI.size(); i++) {
 220     if (mListOfROI[i]->GetROINumber() > max)
 221       max = mListOfROI[i]->GetROINumber();
 222   }
 223   DD(max);
 224   ++max;
 225   DD(max);
 226
 227   // Compute name
 228   std::ostringstream oss;
 229   oss << vtksys::SystemTools::GetFilenameName(vtksys::SystemTools::GetFilenameWithoutLastExtension(n))
 230       << "_roi_" << max << vtksys::SystemTools::GetFilenameLastExtension(n);
 231   DD(oss.str());
 232   mMapOfROIName[max] = oss.str();
 233
 234   // Set color
 235   std::vector<double> color;
 236   color.push_back(1);
 237   color.push_back(0);
 238   color.push_back(0);
 239
 240   // Create ROI
 241   DicomRT_ROI * roi = new DicomRT_ROI;
 242   roi->SetFromBinaryImage(im,
 243                           max,
 244                           oss.str(),
 245                           color);
 246   mListOfROI.push_back(roi);
 247   mMapOfROIIndex[mListOfROI.size()-1] = max;
 248   DD(mMapOfROIIndex[mListOfROI.size()-1]);
 249   return max;
 250 }
 251 //--------------------------------------------------------------------
 252
 253