common/clitkDicomRT_StructureSet.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:         vv http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3   Main authors :   XX XX XX
   4
   5   Authors belongs to:
   6   - University of LYON           http://www.universite-lyon.fr/
   7   - Léon Bérard cancer center    http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   8   - CREATIS CNRS laboratory      http://www.creatis.insa-lyon.fr
   9
  10   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  11   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  12   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  13
  14   It is distributed under dual licence
  15   - BSD       http://www.opensource.org/licenses/bsd-license.php
  16   - CeCILL-B  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
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  18   =========================================================================*/
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  20 #include "clitkDicomRT_StructureSet.h"
  21 #include <vtksys/SystemTools.hxx>
  22
  23 //--------------------------------------------------------------------
  24 clitk::DicomRT_StructureSet::DicomRT_StructureSet()
  25 {
  26   mStudyID = "NoStudyID";
  27   mStudyTime = "NoStudyTime";
  28   mStudyDate = "NoStudyDate";
  29   mLabel = "NoLabel";
  30   mName = "NoName";
  31   mDate = "NoDate";
  32   mTime = "NoTime";
  33 }
  34 //--------------------------------------------------------------------
  35
  36
  37 //--------------------------------------------------------------------
  38 clitk::DicomRT_StructureSet::~DicomRT_StructureSet()
  39 {
  40   for(uint i=0; i<mListOfROI.size(); i++) {
  41     delete mListOfROI[i];
  42   }
  43 }
  44 //--------------------------------------------------------------------
  45
  46
  47 //--------------------------------------------------------------------
  48 const std::string & clitk::DicomRT_StructureSet::GetStudyID() const
  49 {
  50   return mStudyID;
  51 }
  52 //--------------------------------------------------------------------
  53
  54
  55 //--------------------------------------------------------------------
  56 const std::string & clitk::DicomRT_StructureSet::GetStudyTime() const
  57 {
  58   return mStudyTime;
  59 }
  60 //--------------------------------------------------------------------
  61
  62
  63 //--------------------------------------------------------------------
  64 const std::string & clitk::DicomRT_StructureSet::GetStudyDate() const
  65 {
  66   return mStudyDate;
  67 }
  68 //--------------------------------------------------------------------
  69
  70
  71 //--------------------------------------------------------------------
  72 const std::string & clitk::DicomRT_StructureSet::GetLabel() const
  73 {
  74   return mLabel;
  75 }
  76 //--------------------------------------------------------------------
  77
  78
  79 //--------------------------------------------------------------------
  80 const std::string & clitk::DicomRT_StructureSet::GetName() const
  81 {
  82   return mName;
  83 }
  84 //--------------------------------------------------------------------
  85
  86
  87 //--------------------------------------------------------------------
  88 const std::string & clitk::DicomRT_StructureSet::GetDate() const
  89 {
  90   return mDate;
  91 }
  92 //--------------------------------------------------------------------
  93
  94
  95 //--------------------------------------------------------------------
  96 const std::string & clitk::DicomRT_StructureSet::GetTime() const
  97 {
  98   return mTime;
  99 }
 100 //--------------------------------------------------------------------
 101
 102
 103 //--------------------------------------------------------------------
 104 const std::vector<clitk::DicomRT_ROI*> & clitk::DicomRT_StructureSet::GetListOfROI() const
 105 {
 106   return mListOfROI;
 107 }
 108 //--------------------------------------------------------------------
 109
 110
 111 //--------------------------------------------------------------------
 112 clitk::DicomRT_ROI* clitk::DicomRT_StructureSet::GetROI(int n)
 113 {
 114   if (mMapOfROIIndex.find(n) == mMapOfROIIndex.end()) {
 115     std::cerr << "No ROI number " << n << std::endl;
 116     return NULL;
 117   }
 118   //  DD(mListOfROI[mMapOfROIIndex[n]]->GetName());
 119   //DD(mListOfROI[mMapOfROIIndex[n]]->GetROINumber());
 120   return mListOfROI[mMapOfROIIndex[n]];
 121 }
 122 //--------------------------------------------------------------------
 123
 124
 125 //--------------------------------------------------------------------
 126 void clitk::DicomRT_StructureSet::Print(std::ostream & os) const
 127 {
 128   os << "Study ID      = " << mStudyID << std::endl
 129      << "Study Date    = " << mStudyDate << std::endl
 130      << "Study Time    = " << mStudyTime << std::endl
 131      << "Struct Label  = " << mLabel << std::endl
 132      << "Struct Name   = " << mName << std::endl
 133      << "Struct Time   = " << mTime << std::endl
 134      << "Number of ROI = " << mListOfROI.size() << std::endl;
 135   for(unsigned int i=0; i<mListOfROI.size(); i++) {
 136     mListOfROI[i]->Print(os);
 137   }
 138 }
 139 //--------------------------------------------------------------------
 140
 141
 142 //--------------------------------------------------------------------
 143 void clitk::DicomRT_StructureSet::Read(const std::string & filename)
 144 {
 145   // Open DICOM
 146   gdcm::File reader;
 147   reader.SetFileName(filename.c_str());
 148   reader.SetMaxSizeLoadEntry(16384); // Needed ...
 149   reader.SetLoadMode(gdcm::LD_NOSHADOW); // don't load shadow tags (in order to save memory)
 150   reader.Load();
 151
 152   // Check file type
 153   //Verify if the file is a RT-Structure-Set dicom file
 154   if (!gdcm::Util::DicomStringEqual(reader.GetEntryValue(0x0008,0x0016),"1.2.840.10008.5.1.4.1.1.481.3")) {  //SOP clas UID
 155     std::cerr << "Error. the file " << filename
 156               << " is not a Dicom Struct ? (must have a SOP Class UID [0008|0016] = 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.481.3 ==> [RT Structure Set Storage])"
 157               << std::endl;
 158     exit(0);
 159   }
 160   if (!gdcm::Util::DicomStringEqual(reader.GetEntryValue(0x0008,0x0060),"RTSTRUCT")) {  //SOP clas UID
 161     std::cerr << "Error. the file " << filename
 162               << " is not a Dicom Struct ? (must have 0x0008,0x0060 = RTSTRUCT [RT Structure Set Storage])"
 163               << std::endl;
 164     exit(0);
 165   }
 166
 167   // Read global info
 168   mStudyID   = reader.GetValEntry(0x0020,0x0010)->GetValue();
 169   mStudyTime = reader.GetValEntry(0x008,0x0020)->GetValue();
 170   mStudyDate = reader.GetValEntry(0x008,0x0030)->GetValue();
 171   mLabel     = reader.GetValEntry(0x3006,0x002)->GetValue();
 172   mName      = reader.GetValEntry(0x3006,0x004)->GetValue();
 173   mTime      = reader.GetValEntry(0x3006,0x009)->GetValue();
 174
 175   //----------------------------------
 176   // Read all ROI Names and number
 177   // 0x3006,0x0020 = [ Structure Set ROI Sequence ]
 178   gdcm::SeqEntry * roi_seq=reader.GetSeqEntry(0x3006,0x0020);
 179   assert(roi_seq); // TODO error message
 180   for (gdcm::SQItem* r=roi_seq->GetFirstSQItem(); r!=0; r=roi_seq->GetNextSQItem()) {
 181     std::string name = r->GetEntryValue(0x3006,0x0026);      // 0x3006,0x0026 = [ROI Name]
 182     int nb = atoi(r->GetEntryValue(0x3006,0x0022).c_str());  // 0x3006,0x0022 = [ROI Number]
 183     // Change number if needed
 184
 185     //TODO
 186
 187     // Check if such a number already exist
 188     if (mMapOfROIName.find(nb) != mMapOfROIName.end()) {
 189       std::cerr << "WARNING. A Roi already exist with the number "
 190                 << nb << ". I replace." << std::endl;
 191     }
 192     // Add in map
 193     mMapOfROIName[nb] = name;
 194   }
 195   // DD(mMapOfROIName.size());
 196
 197   //----------------------------------
 198   // Read all ROI
 199   // 0x3006,0x0039 = [ ROI Contour Sequence ]
 200   gdcm::SeqEntry * roi_contour_seq=reader.GetSeqEntry(0x3006,0x0039);
 201   assert(roi_contour_seq); // TODO error message
 202   int n=0;
 203   for (gdcm::SQItem* r=roi_contour_seq->GetFirstSQItem(); r!=0; r=roi_contour_seq->GetNextSQItem()) {
 204     DicomRT_ROI * roi = new DicomRT_ROI;
 205     roi->Read(mMapOfROIName, r);
 206     mListOfROI.push_back(roi);
 207     mMapOfROIIndex[roi->GetROINumber()] = n;
 208     n++;
 209   }
 210
 211 }
 212 //--------------------------------------------------------------------
 213
 214
 215 //--------------------------------------------------------------------
 216 int clitk::DicomRT_StructureSet::AddBinaryImageAsNewROI(vvImage * im, std::string n)
 217 {
 218   //DD("AddBinaryImageAsNewROI");
 219   // Search max ROI number
 220   int max = -1;
 221   for(unsigned int i=0; i<mListOfROI.size(); i++) {
 222     if (mListOfROI[i]->GetROINumber() > max)
 223       max = mListOfROI[i]->GetROINumber();
 224   }
 225   //  DD(max);
 226   ++max;
 227   //DD(max);
 228
 229   // Compute name
 230   std::ostringstream oss;
 231   oss << vtksys::SystemTools::GetFilenameName(vtksys::SystemTools::GetFilenameWithoutLastExtension(n));
 232   //      << "_roi_" << max << vtksys::SystemTools::GetFilenameLastExtension(n);
 233   //DD(oss.str());
 234   mMapOfROIName[max] = oss.str();
 235
 236   // Set color
 237   std::vector<double> color;
 238   color.push_back(1);
 239   color.push_back(0);
 240   color.push_back(0);
 241
 242   // Create ROI
 243   DicomRT_ROI * roi = new DicomRT_ROI;
 244   roi->SetFromBinaryImage(im, max, oss.str(), color, n);
 245   mListOfROI.push_back(roi);
 246   mMapOfROIIndex[mListOfROI.size()-1] = max;
 247   //DD(mMapOfROIIndex[mListOfROI.size()-1]);
 248   return max;
 249 }
 250 //--------------------------------------------------------------------
 251
 252