common/clitkDicomRT_StructureSet.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:         vv http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3   Main authors :   XX XX XX
   4
   5   Authors belongs to:
   6   - University of LYON           http://www.universite-lyon.fr/
   7   - Léon Bérard cancer center    http://www.centreleonberard.fr
   8   - CREATIS CNRS laboratory      http://www.creatis.insa-lyon.fr
   9
  10   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  11   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  12   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  13
  14   It is distributed under dual licence
  15   - BSD       http://www.opensource.org/licenses/bsd-license.php
  16   - CeCILL-B  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17
  18   =========================================================================*/
  19
  20 #include "clitkDicomRT_StructureSet.h"
  21 #include <vtksys/SystemTools.hxx>
  22 #include "gdcmFile.h"
  23 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
  24 #include "gdcmReader.h"
  25 #include "gdcmAttribute.h"
  26 #endif
  27
  28 //--------------------------------------------------------------------
  29 clitk::DicomRT_StructureSet::DicomRT_StructureSet()
  30 {
  31   mStudyID = "NoStudyID";
  32   mStudyTime = "NoStudyTime";
  33   mStudyDate = "NoStudyDate";
  34   mLabel = "NoLabel";
  35   mName = "NoName";
  36   mDate = "NoDate";
  37   mTime = "NoTime";
  38 }
  39 //--------------------------------------------------------------------
  40
  41
  42 //--------------------------------------------------------------------
  43 clitk::DicomRT_StructureSet::~DicomRT_StructureSet()
  44 {
  45 }
  46 //--------------------------------------------------------------------
  47
  48
  49 //--------------------------------------------------------------------
  50 const std::string & clitk::DicomRT_StructureSet::GetStudyID() const
  51 {
  52   return mStudyID;
  53 }
  54 //--------------------------------------------------------------------
  55
  56
  57 //--------------------------------------------------------------------
  58 const std::string & clitk::DicomRT_StructureSet::GetStudyTime() const
  59 {
  60   return mStudyTime;
  61 }
  62 //--------------------------------------------------------------------
  63
  64
  65 //--------------------------------------------------------------------
  66 const std::string & clitk::DicomRT_StructureSet::GetStudyDate() const
  67 {
  68   return mStudyDate;
  69 }
  70 //--------------------------------------------------------------------
  71
  72
  73 //--------------------------------------------------------------------
  74 const std::string & clitk::DicomRT_StructureSet::GetLabel() const
  75 {
  76   return mLabel;
  77 }
  78 //--------------------------------------------------------------------
  79
  80
  81 //--------------------------------------------------------------------
  82 const std::string & clitk::DicomRT_StructureSet::GetName() const
  83 {
  84   return mName;
  85 }
  86 //--------------------------------------------------------------------
  87
  88
  89 //--------------------------------------------------------------------
  90 const std::string & clitk::DicomRT_StructureSet::GetDate() const
  91 {
  92   return mDate;
  93 }
  94 //--------------------------------------------------------------------
  95
  96
  97 //--------------------------------------------------------------------
  98 const std::string & clitk::DicomRT_StructureSet::GetTime() const
  99 {
 100   return mTime;
 101 }
 102 //--------------------------------------------------------------------
 103
 104
 105 //--------------------------------------------------------------------
 106 const std::vector<clitk::DicomRT_ROI::Pointer> & clitk::DicomRT_StructureSet::GetListOfROI() const
 107 {
 108   return mListOfROI;
 109 }
 110 //--------------------------------------------------------------------
 111
 112
 113 //--------------------------------------------------------------------
 114 clitk::DicomRT_ROI* clitk::DicomRT_StructureSet::GetROI(int n)
 115 {
 116   if (mMapOfROIIndex.find(n) == mMapOfROIIndex.end()) {
 117     std::cerr << "No ROI number " << n << std::endl;
 118     return NULL;
 119   }
 120   //  DD(mListOfROI[mMapOfROIIndex[n]]->GetName());
 121   //DD(mListOfROI[mMapOfROIIndex[n]]->GetROINumber());
 122   return mListOfROI[mMapOfROIIndex[n]];
 123 }
 124 //--------------------------------------------------------------------
 125
 126
 127 //--------------------------------------------------------------------
 128 void clitk::DicomRT_StructureSet::Print(std::ostream & os) const
 129 {
 130   os << "Study ID      = " << mStudyID << std::endl
 131      << "Study Date    = " << mStudyDate << std::endl
 132      << "Study Time    = " << mStudyTime << std::endl
 133      << "Struct Label  = " << mLabel << std::endl
 134      << "Struct Name   = " << mName << std::endl
 135      << "Struct Time   = " << mTime << std::endl
 136      << "Number of ROI = " << mListOfROI.size() << std::endl;
 137   for(unsigned int i=0; i<mListOfROI.size(); i++) {
 138     mListOfROI[i]->Print(os);
 139   }
 140 }
 141 //--------------------------------------------------------------------
 142
 143
 144 //--------------------------------------------------------------------
 145 void clitk::DicomRT_StructureSet::Write(const std::string & filename)
 146 {
 147 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
 148   DD("WRITE TODO");
 149 #else
 150   FATAL("Sorry not compatible with GDCM1, use GDCM2");
 151 #endif
 152 }
 153 //--------------------------------------------------------------------
 154
 155
 156 //--------------------------------------------------------------------
 157 void clitk::DicomRT_StructureSet::Read(const std::string & filename)
 158 {
 159   // Open DICOM
 160 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
 161   gdcm::Reader reader;
 162   reader.SetFileName(filename.c_str());
 163   reader.Read();
 164
 165   const gdcm::File & file = reader.GetFile();
 166   const gdcm::DataSet & ds = file.GetDataSet();
 167
 168   // Check file type
 169   //Verify if the file is a RT-Structure-Set dicom file
 170   gdcm::MediaStorage ms;
 171   ms.SetFromFile(file);
 172   if( ms != gdcm::MediaStorage::RTStructureSetStorage )
 173     {
 174     std::cerr << "Error. the file " << filename
 175               << " is not a Dicom Struct ? (must have a SOP Class UID [0008|0016] = 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.481.3 ==> [RT Structure Set Storage])"
 176               << std::endl;
 177     exit(0);
 178     }
 179
 180   gdcm::Attribute<0x8,0x60> modality;
 181   modality.SetFromDataSet( ds );
 182   if( modality.GetValue() != "RTSTRUCT" )
 183     {
 184     std::cerr << "Error. the file " << filename
 185               << " is not a Dicom Struct ? (must have 0x0008,0x0060 = RTSTRUCT [RT Structure Set Storage])"
 186               << std::endl;
 187     exit(0);
 188     }
 189
 190   // Read global info
 191   gdcm::Attribute<0x20,0x10> studyid;
 192   studyid.SetFromDataSet( ds );
 193   gdcm::Attribute<0x8,0x20> studytime;
 194   studytime.SetFromDataSet( ds );
 195   gdcm::Attribute<0x8,0x30> studydate;
 196   studydate.SetFromDataSet( ds );
 197   gdcm::Attribute<0x3006,0x02> label;
 198   label.SetFromDataSet( ds );
 199   gdcm::Attribute<0x3006,0x04> atname;
 200   atname.SetFromDataSet( ds );
 201   gdcm::Attribute<0x3006,0x09> time;
 202   time.SetFromDataSet( ds );
 203
 204   mStudyID   = studyid.GetValue();
 205   mStudyTime = studytime.GetValue();
 206   mStudyDate = studydate.GetValue();
 207   mLabel     = label.GetValue();
 208   mName      = atname.GetValue();
 209   mTime      = time.GetValue();
 210
 211   //----------------------------------
 212   // Read all ROI Names and number
 213   // 0x3006,0x0020 = [ Structure Set ROI Sequence ]
 214   gdcm::Tag tssroisq(0x3006,0x0020);
 215   const gdcm::DataElement &ssroisq = ds.GetDataElement( tssroisq );
 216   gdcm::SmartPointer<gdcm::SequenceOfItems> roi_seq = ssroisq.GetValueAsSQ();
 217   assert(roi_seq); // TODO error message
 218   for(unsigned int ridx = 0; ridx < roi_seq->GetNumberOfItems(); ++ridx)
 219     {
 220     gdcm::Item & item = roi_seq->GetItem( ridx + 1); // Item starts at 1
 221     const gdcm::DataSet& nestedds = item.GetNestedDataSet();
 222
 223     gdcm::Attribute<0x3006,0x26> roiname;
 224     roiname.SetFromDataSet( nestedds );
 225     std::string name = roiname.GetValue();      // 0x3006,0x0026 = [ROI Name]
 226     gdcm::Attribute<0x3006,0x0022> roinumber;
 227     roinumber.SetFromDataSet( nestedds );
 228     int nb = roinumber.GetValue();  // 0x3006,0x0022 = [ROI Number]
 229     // Change number if needed
 230
 231     //TODO
 232
 233     // Check if such a number already exist
 234     if (mMapOfROIName.find(nb) != mMapOfROIName.end()) {
 235       std::cerr << "WARNING. A Roi already exist with the number "
 236         << nb << ". I replace." << std::endl;
 237     }
 238     // Add in map
 239     mMapOfROIName[nb] = name;
 240     }
 241   // DD(mMapOfROIName.size());
 242
 243   //----------------------------------
 244   // Read all ROI
 245   // 0x3006,0x0039 = [ ROI Contour Sequence ]
 246   gdcm::Tag troicsq(0x3006,0x0039);
 247   const gdcm::DataElement &roicsq = ds.GetDataElement( troicsq );
 248   gdcm::SmartPointer<gdcm::SequenceOfItems> roi_contour_seq = roicsq.GetValueAsSQ();
 249   assert(roi_contour_seq); // TODO error message
 250   int n=0;
 251   for(unsigned int ridx = 0; ridx < roi_contour_seq->GetNumberOfItems(); ++ridx)
 252     {
 253     gdcm::Item & item = roi_contour_seq->GetItem( ridx + 1); // Item starts at 1
 254
 255     DicomRT_ROI::Pointer roi = DicomRT_ROI::New();
 256     roi->Read(mMapOfROIName, item);
 257     mListOfROI.push_back(roi);
 258     mMapOfROIIndex[roi->GetROINumber()] = n;
 259     n++;
 260     }
 261
 262 #else
 263   gdcm::File reader;
 264   reader.SetFileName(filename.c_str());
 265   reader.SetMaxSizeLoadEntry(16384); // Needed ...
 266   reader.SetLoadMode(gdcm::LD_NOSHADOW); // don't load shadow tags (in order to save memory)
 267   reader.Load();
 268
 269   // Check file type
 270   //Verify if the file is a RT-Structure-Set dicom file
 271   if (!gdcm::Util::DicomStringEqual(reader.GetEntryValue(0x0008,0x0016),"1.2.840.10008.5.1.4.1.1.481.3")) {  //SOP clas UID
 272     std::cerr << "Error. the file " << filename
 273               << " is not a Dicom Struct ? (must have a SOP Class UID [0008|0016] = 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.481.3 ==> [RT Structure Set Storage])"
 274               << std::endl;
 275     exit(0);
 276   }
 277   if (!gdcm::Util::DicomStringEqual(reader.GetEntryValue(0x0008,0x0060),"RTSTRUCT")) {  //SOP clas UID
 278     std::cerr << "Error. the file " << filename
 279               << " is not a Dicom Struct ? (must have 0x0008,0x0060 = RTSTRUCT [RT Structure Set Storage])"
 280               << std::endl;
 281     exit(0);
 282   }
 283
 284   // Read global info
 285   mStudyID   = reader.GetValEntry(0x0020,0x0010)->GetValue();
 286   mStudyTime = reader.GetValEntry(0x008,0x0020)->GetValue();
 287   mStudyDate = reader.GetValEntry(0x008,0x0030)->GetValue();
 288   mLabel     = reader.GetValEntry(0x3006,0x002)->GetValue();
 289   if (!reader.GetValEntry(0x3006,0x004)) {
 290     mName = "Anonymous";
 291   }
 292   else {
 293     mName = reader.GetValEntry(0x3006,0x004)->GetValue();
 294   }
 295   mTime      = reader.GetValEntry(0x3006,0x009)->GetValue();
 296
 297   //----------------------------------
 298   // Read all ROI Names and number
 299   // 0x3006,0x0020 = [ Structure Set ROI Sequence ]
 300   gdcm::SeqEntry * roi_seq=reader.GetSeqEntry(0x3006,0x0020);
 301   assert(roi_seq); // TODO error message
 302   for (gdcm::SQItem* r=roi_seq->GetFirstSQItem(); r!=0; r=roi_seq->GetNextSQItem()) {
 303     std::string name = r->GetEntryValue(0x3006,0x0026);      // 0x3006,0x0026 = [ROI Name]
 304     int nb = atoi(r->GetEntryValue(0x3006,0x0022).c_str());  // 0x3006,0x0022 = [ROI Number]
 305     // Change number if needed
 306
 307     //TODO
 308
 309     // Check if such a number already exist
 310     if (mMapOfROIName.find(nb) != mMapOfROIName.end()) {
 311       std::cerr << "WARNING. A Roi already exist with the number "
 312                 << nb << ". I replace." << std::endl;
 313     }
 314     // Add in map
 315     mMapOfROIName[nb] = name;
 316   }
 317   // DD(mMapOfROIName.size());
 318
 319   //----------------------------------
 320   // Read all ROI
 321   // 0x3006,0x0039 = [ ROI Contour Sequence ]
 322   gdcm::SeqEntry * roi_contour_seq=reader.GetSeqEntry(0x3006,0x0039);
 323   assert(roi_contour_seq); // TODO error message
 324   int n=0;
 325   for (gdcm::SQItem* r=roi_contour_seq->GetFirstSQItem(); r!=0; r=roi_contour_seq->GetNextSQItem()) {
 326     DicomRT_ROI::Pointer roi = DicomRT_ROI::New();
 327     roi->Read(mMapOfROIName, r);
 328     mListOfROI.push_back(roi);
 329     mMapOfROIIndex[roi->GetROINumber()] = n;
 330     n++;
 331   }
 332
 333 #endif
 334 }
 335 //--------------------------------------------------------------------
 336
 337
 338 //--------------------------------------------------------------------
 339 int clitk::DicomRT_StructureSet::AddBinaryImageAsNewROI(vvImage * im, std::string n)
 340 {
 341   //DD("AddBinaryImageAsNewROI");
 342   // Search max ROI number
 343   int max = -1;
 344   for(unsigned int i=0; i<mListOfROI.size(); i++) {
 345     if (mListOfROI[i]->GetROINumber() > max)
 346       max = mListOfROI[i]->GetROINumber();
 347   }
 348   //  DD(max);
 349   ++max;
 350   //DD(max);
 351
 352   // Compute name
 353   std::ostringstream oss;
 354   oss << vtksys::SystemTools::GetFilenameName(vtksys::SystemTools::GetFilenameWithoutLastExtension(n));
 355   //      << "_roi_" << max << vtksys::SystemTools::GetFilenameLastExtension(n);
 356   //DD(oss.str());
 357   mMapOfROIName[max] = oss.str();
 358
 359   // Set color
 360   std::vector<double> color;
 361   color.push_back(1);
 362   color.push_back(0);
 363   color.push_back(0);
 364
 365   // Create ROI
 366   DicomRT_ROI::Pointer roi = DicomRT_ROI::New();
 367   roi->SetFromBinaryImage(im, max, oss.str(), color, n);
 368   mListOfROI.push_back(roi);
 369   mMapOfROIIndex[mListOfROI.size()-1] = max;
 370   //DD(mMapOfROIIndex[mListOfROI.size()-1]);
 371   return max;
 372 }
 373 //--------------------------------------------------------------------
 374
 375