common/clitkDicomRT_StructureSet.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:         vv http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3   Main authors :   XX XX XX
   4
   5   Authors belongs to:
   6   - University of LYON           http://www.universite-lyon.fr/
   7   - Léon Bérard cancer center    http://www.centreleonberard.fr
   8   - CREATIS CNRS laboratory      http://www.creatis.insa-lyon.fr
   9
  10   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  11   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  12   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  13
  14   It is distributed under dual licence
  15   - BSD       http://www.opensource.org/licenses/bsd-license.php
  16   - CeCILL-B  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17
  18   =========================================================================*/
  19
  20 #include "clitkDicomRT_StructureSet.h"
  21 #include <vtksys/SystemTools.hxx>
  22 #include "gdcmFile.h"
  23
  24 //--------------------------------------------------------------------
  25 clitk::DicomRT_StructureSet::DicomRT_StructureSet()
  26 {
  27   mStudyID = "NoStudyID";
  28   mStudyTime = "NoStudyTime";
  29   mStudyDate = "NoStudyDate";
  30   mLabel = "NoLabel";
  31   mName = "NoName";
  32   mDate = "NoDate";
  33   mTime = "NoTime";
  34   mFile = NULL;
  35 }
  36 //--------------------------------------------------------------------
  37
  38
  39 //--------------------------------------------------------------------
  40 clitk::DicomRT_StructureSet::~DicomRT_StructureSet()
  41 {
  42 }
  43 //--------------------------------------------------------------------
  44
  45
  46 //--------------------------------------------------------------------
  47 const std::string & clitk::DicomRT_StructureSet::GetStudyID() const
  48 {
  49   return mStudyID;
  50 }
  51 //--------------------------------------------------------------------
  52
  53
  54 //--------------------------------------------------------------------
  55 const std::string & clitk::DicomRT_StructureSet::GetStudyTime() const
  56 {
  57   return mStudyTime;
  58 }
  59 //--------------------------------------------------------------------
  60
  61
  62 //--------------------------------------------------------------------
  63 const std::string & clitk::DicomRT_StructureSet::GetStudyDate() const
  64 {
  65   return mStudyDate;
  66 }
  67 //--------------------------------------------------------------------
  68
  69
  70 //--------------------------------------------------------------------
  71 const std::string & clitk::DicomRT_StructureSet::GetLabel() const
  72 {
  73   return mLabel;
  74 }
  75 //--------------------------------------------------------------------
  76
  77
  78 //--------------------------------------------------------------------
  79 const std::string & clitk::DicomRT_StructureSet::GetName() const
  80 {
  81   return mName;
  82 }
  83 //--------------------------------------------------------------------
  84
  85
  86 //--------------------------------------------------------------------
  87 const std::string & clitk::DicomRT_StructureSet::GetDate() const
  88 {
  89   return mDate;
  90 }
  91 //--------------------------------------------------------------------
  92
  93
  94 //--------------------------------------------------------------------
  95 const std::string & clitk::DicomRT_StructureSet::GetTime() const
  96 {
  97   return mTime;
  98 }
  99 //--------------------------------------------------------------------
 100
 101
 102 //--------------------------------------------------------------------
 103 // const std::vector<clitk::DicomRT_ROI::Pointer> & clitk::DicomRT_StructureSet::GetListOfROI() const
 104 // {
 105 //   return mListOfROI;
 106 // }
 107 //--------------------------------------------------------------------
 108
 109
 110 //--------------------------------------------------------------------
 111 clitk::DicomRT_ROI* clitk::DicomRT_StructureSet::GetROIFromROINumber(int n)
 112 {
 113   DD("GetROIFromROINumber");
 114   DD(n);
 115   if (mROIs.find(n) == mROIs.end()) {
 116     std::cerr << "No ROI number " << n << std::endl;
 117     return NULL;
 118   }
 119   return mROIs[n];
 120 }
 121 //--------------------------------------------------------------------
 122
 123 //--------------------------------------------------------------------
 124 clitk::DicomRT_ROI* clitk::DicomRT_StructureSet::GetROIFromROIName(const std::string& name)
 125 {
 126   std::map<int, std::string>::iterator it = mMapOfROIName.begin();
 127   int number = -1;
 128   while (it != mMapOfROIName.end() && number == -1) {
 129     if (it->second == name)
 130       number = it->first;
 131     else
 132       it++;
 133   }
 134
 135   if (number == -1) {
 136     std::cerr << "No ROI name " << name << std::endl;
 137     return NULL;
 138   }
 139
 140   return mROIs[number];
 141 }
 142 //--------------------------------------------------------------------
 143 /*
 144 // RP: 08/02/2013
 145 // RegEx version shall be available when C++x11 supports it propely
 146 //
 147 //--------------------------------------------------------------------
 148 clitk::DicomRT_ROI* clitk::DicomRT_StructureSet::GetROIFromROINameRegEx(const std::string& regEx)
 149 {
 150   std::map<int, std::string>::iterator it = mMapOfROIName.begin();
 151   int number = -1;
 152
 153   while (it != mMapOfROIName.end() && number == -1) {
 154     if (std::tr1::regex_match (it->second, std::tr1::regex(regEx)))
 155       number = it->first;
 156     else
 157       it++;
 158   }
 159
 160   if (number == -1) {
 161     std::cerr << "No ROI name " << number << std::endl;
 162     return NULL;
 163   }
 164
 165   return mROIs[number];
 166 }
 167 //--------------------------------------------------------------------
 168 */
 169 //--------------------------------------------------------------------
 170 clitk::DicomRT_ROI* clitk::DicomRT_StructureSet::GetROIFromROINameSubstr(const std::string& s)
 171 {
 172   std::map<int, std::string>::iterator it = mMapOfROIName.begin();
 173   int number = -1;
 174
 175   while (it != mMapOfROIName.end() && number == -1) {
 176     if (it->second.find(s) != std::string::npos)
 177       number = it->first;
 178     else
 179       it++;
 180   }
 181
 182   if (number == -1) {
 183     std::cerr << "No ROI name " << s << std::endl;
 184     return NULL;
 185   }
 186
 187   return mROIs[number];
 188 }
 189 //--------------------------------------------------------------------
 190
 191 //--------------------------------------------------------------------
 192 clitk::DicomRT_StructureSet::ROIMapContainer *
 193 clitk::DicomRT_StructureSet::GetROIsFromROINameSubstr(const std::string& s)
 194 {
 195   static ROIMapContainer rois;
 196   rois.clear();
 197
 198   ROIMapContainer::iterator it = mROIs.begin();
 199   int number = -1;
 200
 201   while (it != mROIs.end()) {
 202     if (it->second->GetName().find(s) != std::string::npos) {
 203       number = it->first;
 204       rois[number] = it->second;
 205     }
 206     it++;
 207   }
 208
 209   if (number == -1) {
 210     std::cerr << "No ROI name " << s << std::endl;
 211     return NULL;
 212   }
 213
 214   return &rois;
 215
 216 }
 217 //--------------------------------------------------------------------
 218
 219 //--------------------------------------------------------------------
 220 void clitk::DicomRT_StructureSet::Print(std::ostream & os) const
 221 {
 222   os << "Study ID      = " << mStudyID << std::endl
 223      << "Study Date    = " << mStudyDate << std::endl
 224      << "Study Time    = " << mStudyTime << std::endl
 225      << "Struct Label  = " << mLabel << std::endl
 226      << "Struct Name   = " << mName << std::endl
 227      << "Struct Time   = " << mTime << std::endl
 228      << "Number of ROI = " << mROIs.size() << std::endl;
 229   for(ROIConstIteratorType iter = mROIs.begin(); iter != mROIs.end(); iter++) {
 230     iter->second->Print(os);
 231   }
 232 }
 233 //--------------------------------------------------------------------
 234
 235
 236 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
 237 //--------------------------------------------------------------------
 238 int clitk::DicomRT_StructureSet::ReadROINumber(const gdcm::Item & item)
 239 {
 240   // 0x3006,0x0022 = [ROI Number]
 241   const gdcm::DataSet & nestedds = item.GetNestedDataSet();
 242   gdcm::Attribute<0x3006,0x0022> roinumber;
 243   roinumber.SetFromDataSet( nestedds );
 244   return roinumber.GetValue();
 245 }
 246 //--------------------------------------------------------------------
 247 #endif
 248
 249 //--------------------------------------------------------------------
 250 void clitk::DicomRT_StructureSet::Write(const std::string & filename)
 251 {
 252 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
 253   DD("DCM RT Writer");
 254
 255   // Assert that the gdcm file is still open (we can write only if it was readed)
 256   if (mFile == NULL) {
 257     //assert(mFile != NULL);
 258     FATAL("Sorry, I can write DICOM only if it was read first from a file with 'Read' function");
 259   }
 260
 261   // Loop and update each ROI
 262   int i=0;
 263   for(ROIIteratorType iter = mROIs.begin(); iter != mROIs.end(); iter++) {
 264     iter->second->UpdateDicomItem();
 265     i++;
 266   }
 267
 268   // Write [ Structure Set ROI Sequence ] = 0x3006,0x0020
 269   gdcm::DataSet & ds = mFile->GetDataSet();
 270   gdcm::Tag tssroisq(0x3006,0x0020);
 271   const gdcm::DataElement &ssroisq = ds.GetDataElement( tssroisq );
 272   gdcm::DataElement de(ssroisq);
 273   de.SetValue(*mROIInfoSequenceOfItems);
 274   ds.Replace(de);
 275
 276   // Write [ ROI Contour Sequence ] = 0x3006,0x0039
 277   DD("ici");
 278   gdcm::Tag troicsq(0x3006,0x0039);
 279   const gdcm::DataElement &roicsq = ds.GetDataElement( troicsq );
 280   gdcm::DataElement de2(roicsq);
 281   de2.SetValue(*mROIContoursSequenceOfItems);
 282   ds.Replace(de2);
 283
 284   //DEBUG
 285   gdcm::DataSet & a = mROIContoursSequenceOfItems->GetItem(1).GetNestedDataSet();
 286   gdcm::Tag tcsq(0x3006,0x0040);
 287   const gdcm::DataElement& csq = a.GetDataElement( tcsq );
 288   gdcm::SmartPointer<gdcm::SequenceOfItems> sqi2 = csq.GetValueAsSQ();
 289   gdcm::Item & j = sqi2->GetItem(1);
 290   gdcm::DataSet & b = j.GetNestedDataSet();
 291   gdcm::Attribute<0x3006,0x0050> at;
 292   gdcm::Tag tcontourdata(0x3006,0x0050);
 293   gdcm::DataElement contourdata = b.GetDataElement( tcontourdata );
 294   at.SetFromDataElement( contourdata );
 295   const double* points = at.GetValues();
 296   DD(points[0]);
 297
 298
 299   // Write dicom
 300   gdcm::Writer writer;
 301   //writer.CheckFileMetaInformationOff();
 302   writer.SetFileName(filename.c_str());
 303   writer.SetFile(*mFile);
 304   DD("before write");
 305   writer.Write();
 306   DD("End write");
 307 #else
 308   FATAL("Sorry not compatible with GDCM1, use GDCM2");
 309 #endif
 310 }
 311 //--------------------------------------------------------------------
 312
 313
 314 //--------------------------------------------------------------------
 315 void clitk::DicomRT_StructureSet::Read(const std::string & filename)
 316 {
 317   DD(GDCM_MAJOR_VERSION);
 318   DD(CLITK_USE_SYSTEM_GDCM);
 319
 320 #if CLITK_USE_SYSTEM_GDCM == 1
 321   vtkSmartPointer<vtkGDCMPolyDataReader> reader = vtkGDCMPolyDataReader::New();
 322   reader->SetFileName(filename.c_str());
 323   reader->Update();
 324
 325   // FIXME : check
 326
 327   // Get global information
 328   // FIXME (could be remove with a single access to properties objet.
 329   vtkRTStructSetProperties * p = reader->GetRTStructSetProperties();
 330   mStudyID   = p->GetStudyInstanceUID();
 331   mStudyDate = p->GetStructureSetDate();
 332   mLabel     = p->GetStructureSetLabel();
 333   mName      = p->GetStructureSetName();
 334   mTime      = p->GetStructureSetTime();
 335
 336   int n = p->GetNumberOfStructureSetROIs();
 337   for(unsigned int i=0; i<n; i++) {
 338     // Get the roi number
 339     int roinumber = p->GetStructureSetROINumber(i);
 340     // Create the roi
 341     DicomRT_ROI::Pointer roi = DicomRT_ROI::New();
 342     roi->Read(reader, i);
 343     // Insert in the map
 344     mROIs[roinumber] = roi;
 345   }
 346 #endif // END version with system gdcm (vtkGDCMPolyDataReader)
 347
 348
 349   // Open DICOM
 350 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
 351
 352   // Read gdcm file
 353   mReader = new gdcm::Reader;
 354   mReader->SetFileName(filename.c_str());
 355   mReader->Read();
 356   mFile = &(mReader->GetFile());
 357   const gdcm::DataSet & ds = mFile->GetDataSet();
 358
 359   // Check file type
 360   //Verify if the file is a RT-Structure-Set dicom file
 361   gdcm::MediaStorage ms;
 362   ms.SetFromFile(*mFile);
 363   if( ms != gdcm::MediaStorage::RTStructureSetStorage )
 364     {
 365     std::cerr << "Error. the file " << filename
 366               << " is not a Dicom Struct ? (must have a SOP Class UID [0008|0016] = 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.481.3 ==> [RT Structure Set Storage])"
 367               << std::endl;
 368     exit(0);
 369     }
 370
 371   gdcm::Attribute<0x8,0x60> modality;
 372   modality.SetFromDataSet( ds );
 373   if( modality.GetValue() != "RTSTRUCT" )
 374     {
 375     std::cerr << "Error. the file " << filename
 376               << " is not a Dicom Struct ? (must have 0x0008,0x0060 = RTSTRUCT [RT Structure Set Storage])"
 377               << std::endl;
 378     exit(0);
 379     }
 380
 381   // Read global info
 382   gdcm::Attribute<0x20,0x10> studyid;
 383   studyid.SetFromDataSet( ds );
 384   gdcm::Attribute<0x8,0x20> studytime;
 385   studytime.SetFromDataSet( ds );
 386   gdcm::Attribute<0x8,0x30> studydate;
 387   studydate.SetFromDataSet( ds );
 388   gdcm::Attribute<0x3006,0x02> label;
 389   label.SetFromDataSet( ds );
 390   gdcm::Attribute<0x3006,0x04> atname;
 391   atname.SetFromDataSet( ds );
 392   gdcm::Attribute<0x3006,0x09> time;
 393   time.SetFromDataSet( ds );
 394
 395   mStudyID   = studyid.GetValue();
 396   mStudyTime = studytime.GetValue();
 397   mStudyDate = studydate.GetValue();
 398   mLabel     = label.GetValue();
 399   mName      = atname.GetValue();
 400   mTime      = time.GetValue();
 401
 402   // Temporary store the list of items
 403   std::map<int, gdcm::Item*> mMapOfROIInfo;
 404   std::map<int, gdcm::Item*> mMapOfROIContours;
 405
 406 std::map<int, clitk::DicomRT_ROI::Pointer> mROIs;
 407   std::map<int, std::string> mMapOfROIName;
 408 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
 409   gdcm::Reader * mReader;
 410   gdcm::SmartPointer<gdcm::SequenceOfItems> mROIInfoSequenceOfItems;
 411   gdcm::SmartPointer<gdcm::SequenceOfItems> mROIContoursSequenceOfItems;
 412 #endif
 413   gdcm::File * mFile;
 414
 415
 416   //----------------------------------
 417   // Read all ROI Names and number
 418   // 0x3006,0x0020 = [ Structure Set ROI Sequence ]
 419   gdcm::Tag tssroisq(0x3006,0x0020);
 420   const gdcm::DataElement &ssroisq = ds.GetDataElement( tssroisq );
 421   mROIInfoSequenceOfItems = ssroisq.GetValueAsSQ();
 422   gdcm::SmartPointer<gdcm::SequenceOfItems> & roi_seq = mROIInfoSequenceOfItems;
 423   assert(roi_seq); // TODO error message
 424   for(unsigned int ridx = 0; ridx < roi_seq->GetNumberOfItems(); ++ridx)
 425     {
 426     gdcm::Item & item = roi_seq->GetItem( ridx + 1); // Item starts at 1
 427     const gdcm::DataSet& nestedds = item.GetNestedDataSet();
 428
 429     gdcm::Attribute<0x3006,0x26> roiname;
 430     roiname.SetFromDataSet( nestedds );
 431     std::string name = roiname.GetValue(); // 0x3006,0x0026 = [ROI Name]
 432
 433     // 0x3006,0x0022 = [ROI Number]
 434     int nb = ReadROINumber(item);
 435
 436     // Store the item
 437     mMapOfROIInfo[nb] = &item;
 438
 439     // Check if such a number already exist
 440     if (mMapOfROIName.find(nb) != mMapOfROIName.end()) {
 441       std::cerr << "WARNING. A Roi already exist with the number "
 442         << nb << ". I replace." << std::endl;
 443     }
 444     // Add in map
 445     mMapOfROIName[nb] = name;
 446     }
 447
 448   //----------------------------------
 449   // Read all ROI item
 450   // 0x3006,0x0039 = [ ROI Contour Sequence ]
 451   gdcm::Tag troicsq(0x3006,0x0039);
 452   const gdcm::DataElement &roicsq = ds.GetDataElement( troicsq );
 453   gdcm::SmartPointer<gdcm::SequenceOfItems> roi_contour_seq = roicsq.GetValueAsSQ();
 454   mROIContoursSequenceOfItems = roi_contour_seq;
 455   assert(roi_contour_seq); // TODO error message
 456   for(unsigned int ridx = 0; ridx < roi_contour_seq->GetNumberOfItems(); ++ridx) {
 457     gdcm::Item & item = roi_contour_seq->GetItem( ridx + 1); // Item starts at 1
 458     // ROI number [Referenced ROI Number]
 459     const gdcm::DataSet& nestedds = item.GetNestedDataSet();
 460     gdcm::Attribute<0x3006,0x0084> referencedroinumber;
 461     referencedroinumber.SetFromDataSet( nestedds );
 462     int nb = referencedroinumber.GetValue();
 463     // Store the item
 464     mMapOfROIContours[nb] = &item;
 465   }
 466
 467   //----------------------------------
 468   // Create the ROIs
 469   for(std::map<int, gdcm::Item*>::iterator i = mMapOfROIInfo.begin(); i != mMapOfROIInfo.end(); i++) {
 470     int nb = i->first;//ReadROINumber(i);//mROIIndex[i];
 471     // Create the roi
 472     DicomRT_ROI::Pointer roi = DicomRT_ROI::New();
 473     roi->Read(mMapOfROIInfo[nb], mMapOfROIContours[nb]);
 474     //    mListOfROI.push_back(roi);
 475     //    mMapOfROIIndex[nb] = i;
 476     mROIs[nb] = roi;
 477   }
 478
 479   //----------------------------------------------------------------------------------------
 480   //----------------------------------------------------------------------------------------
 481   //----------------------------------------------------------------------------------------
 482 #else
 483   mFile = new gdcm::File;
 484   mFile->SetFileName(filename.c_str());
 485   mFile->SetMaxSizeLoadEntry(16384); // Needed ...
 486   mFile->SetLoadMode(gdcm::LD_NOSHADOW); // don't load shadow tags (in order to save memory)
 487   mFile->Load();
 488
 489   // Check file type
 490   //Verify if the file is a RT-Structure-Set dicom file
 491   if (!gdcm::Util::DicomStringEqual(mFile->GetEntryValue(0x0008,0x0016),"1.2.840.10008.5.1.4.1.1.481.3")) {  //SOP clas UID
 492     std::cerr << "Error. the file " << filename
 493               << " is not a Dicom Struct ? (must have a SOP Class UID [0008|0016] = 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.481.3 ==> [RT Structure Set Storage])"
 494               << std::endl;
 495     exit(0);
 496   }
 497   if (!gdcm::Util::DicomStringEqual(mFile->GetEntryValue(0x0008,0x0060),"RTSTRUCT")) {  //SOP clas UID
 498     std::cerr << "Error. the file " << filename
 499               << " is not a Dicom Struct ? (must have 0x0008,0x0060 = RTSTRUCT [RT Structure Set Storage])"
 500               << std::endl;
 501     exit(0);
 502   }
 503
 504   // Read global info
 505   mStudyID   = mFile->GetValEntry(0x0020,0x0010)->GetValue();
 506   mStudyTime = mFile->GetValEntry(0x008,0x0020)->GetValue();
 507   mStudyDate = mFile->GetValEntry(0x008,0x0030)->GetValue();
 508   mLabel     = mFile->GetValEntry(0x3006,0x002)->GetValue();
 509   if (!mFile->GetValEntry(0x3006,0x004)) {
 510     mName = "Anonymous";
 511   }
 512   else {
 513     mName = mFile->GetValEntry(0x3006,0x004)->GetValue();
 514   }
 515   mTime      = mFile->GetValEntry(0x3006,0x009)->GetValue();
 516
 517   //----------------------------------
 518   // Read all ROI Names and number
 519   // 0x3006,0x0020 = [ Structure Set ROI Sequence ]
 520   gdcm::SeqEntry * roi_seq=mFile->GetSeqEntry(0x3006,0x0020);
 521   assert(roi_seq); // TODO error message
 522   for (gdcm::SQItem* r=roi_seq->GetFirstSQItem(); r!=0; r=roi_seq->GetNextSQItem()) {
 523     std::string name = r->GetEntryValue(0x3006,0x0026);      // 0x3006,0x0026 = [ROI Name]
 524     int nb = atoi(r->GetEntryValue(0x3006,0x0022).c_str());  // 0x3006,0x0022 = [ROI Number]
 525     // Check if such a number already exist
 526     if (mMapOfROIName.find(nb) != mMapOfROIName.end()) {
 527       std::cerr << "WARNING. A Roi already exist with the number "
 528                 << nb << ". I replace." << std::endl;
 529     }
 530     // Add in map
 531     mMapOfROIName[nb] = name;
 532   }
 533
 534   //----------------------------------
 535   // Read all ROI
 536   // 0x3006,0x0039 = [ ROI Contour Sequence ]
 537   gdcm::SeqEntry * roi_contour_seq=mFile->GetSeqEntry(0x3006,0x0039);
 538   assert(roi_contour_seq); // TODO error message
 539   int n=0;
 540   for (gdcm::SQItem* r=roi_contour_seq->GetFirstSQItem(); r!=0; r=roi_contour_seq->GetNextSQItem()) {
 541     DicomRT_ROI::Pointer roi = DicomRT_ROI::New();
 542     roi->Read(mMapOfROIName, r);
 543     mROIs[roi->GetROINumber()] = roi;
 544     n++;
 545   }
 546
 547 #endif
 548 }
 549 //--------------------------------------------------------------------
 550
 551
 552 //--------------------------------------------------------------------
 553 bool clitk::DicomRT_StructureSet::IsDicomRTStruct(const std::string & filename)
 554 {
 555   // Open DICOM
 556 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
 557   // Read gdcm file
 558   mReader = new gdcm::Reader;
 559   mReader->SetFileName(filename.c_str());
 560   mReader->Read();
 561   mFile = &(mReader->GetFile());
 562   const gdcm::DataSet & ds = mFile->GetDataSet();
 563
 564   // Check file type
 565   //Verify if the file is a RT-Structure-Set dicom file
 566   gdcm::MediaStorage ms;
 567   ms.SetFromFile(*mFile);
 568   if( ms != gdcm::MediaStorage::RTStructureSetStorage ) return false;
 569
 570   gdcm::Attribute<0x8,0x60> modality;
 571   modality.SetFromDataSet( ds );
 572   if( modality.GetValue() != "RTSTRUCT" ) return false;
 573
 574   return true;
 575
 576   //----------------------------------------------------------------------------------------
 577 #else
 578   mFile = new gdcm::File;
 579   mFile->SetFileName(filename.c_str());
 580   mFile->SetMaxSizeLoadEntry(16384); // Needed ...
 581   mFile->SetLoadMode(gdcm::LD_NOSHADOW); // don't load shadow tags (in order to save memory)
 582   mFile->Load();
 583
 584   // Check file type
 585   //Verify if the file is a RT-Structure-Set dicom file
 586   if (!gdcm::Util::DicomStringEqual(mFile->GetEntryValue(0x0008,0x0016),"1.2.840.10008.5.1.4.1.1.481.3"))
 587     return false;
 588   if (!gdcm::Util::DicomStringEqual(mFile->GetEntryValue(0x0008,0x0060),"RTSTRUCT"))
 589     return false;
 590
 591   return true;
 592
 593 #endif
 594 }
 595 //--------------------------------------------------------------------
 596
 597
 598 //--------------------------------------------------------------------
 599 int clitk::DicomRT_StructureSet::AddBinaryImageAsNewROI(vvImage * im, std::string n)
 600 {
 601   // Search max ROI number
 602   int max = -1;
 603   for(ROIConstIteratorType iter = mROIs.begin(); iter != mROIs.end(); iter++) {
 604     //  for(unsigned int i=0; i<mListOfROI.size(); i++) {
 605     clitk::DicomRT_ROI::Pointer roi = iter->second;
 606     if (roi->GetROINumber() > max)
 607       max = roi->GetROINumber();
 608   }
 609   ++max;
 610
 611   // Compute name
 612   std::ostringstream oss;
 613   oss << vtksys::SystemTools::GetFilenameName(vtksys::SystemTools::GetFilenameWithoutLastExtension(n));
 614   mMapOfROIName[max] = oss.str();
 615
 616   // Set color
 617   std::vector<double> color;
 618   color.push_back(1);
 619   color.push_back(0);
 620   color.push_back(0);
 621
 622   // Create ROI
 623   DicomRT_ROI::Pointer roi = DicomRT_ROI::New();
 624   roi->SetFromBinaryImage(im, max, oss.str(), color, n);
 625   mROIs[max] = roi;
 626   return max;
 627 }
 628 //--------------------------------------------------------------------
 629
 630