common/clitkDicomRT_StructureSet.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:         vv http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3   Main authors :   XX XX XX
   4
   5   Authors belongs to:
   6   - University of LYON           http://www.universite-lyon.fr/
   7   - Léon Bérard cancer center    http://www.centreleonberard.fr
   8   - CREATIS CNRS laboratory      http://www.creatis.insa-lyon.fr
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  18   =========================================================================*/
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  20 #ifndef CLITKDICOMRT_STRUCTURESET_H
  21 #define CLITKDICOMRT_STRUCTURESET_H
  22
  23 // clitk
  24 #include "clitkCommon.h"
  25 #include "clitkDicomRT_ROI.h"
  26
  27 // vv
  28 #include "vvImage.h"
  29
  30 // gdcm
  31 #include "clitkConfiguration.h"
  32 #if CLITK_USE_SYSTEM_GDCM == 1
  33 #include <vtkGDCMPolyDataReader.h>
  34 #include <vtkRTStructSetProperties.h>
  35 #endif
  36
  37 // gdcm
  38 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
  39 // This is not use if CLITK_USE_SYSTEM_GDCM==1
  40 #include "gdcmReader.h"
  41 #include "gdcmWriter.h"
  42 #include "gdcmAttribute.h"
  43 #endif
  44
  45 namespace clitk {
  46
  47 //--------------------------------------------------------------------
  48 class DicomRT_StructureSet : public itk::LightObject{
  49
  50 public:
  51   typedef DicomRT_StructureSet Self;
  52   typedef itk::SmartPointer<Self> Pointer;
  53   itkNewMacro(Self);
  54
  55   typedef std::map<int, clitk::DicomRT_ROI::Pointer> ROIMapContainer;
  56   typedef ROIMapContainer::iterator ROIIteratorType;
  57   typedef ROIMapContainer::const_iterator ROIConstIteratorType;
  58
  59   void Print(std::ostream & os = std::cout) const;
  60   void Read(const std::string & filename);
  61   bool IsDicomRTStruct(const std::string & filename);
  62   void Write(const std::string & filename);
  63
  64   clitk::DicomRT_ROI * GetROIFromROINumber(int n);
  65   clitk::DicomRT_ROI* GetROIFromROIName(const std::string& name);
  66   //clitk::DicomRT_ROI* GetROIFromROINameRegEx(const std::string& regEx);
  67   clitk::DicomRT_ROI* GetROIFromROINameSubstr(const std::string& s);
  68   ROIMapContainer * GetROIsFromROINameSubstr(const std::string& s);
  69   ROIMapContainer & GetROIs() { return mROIs; }
  70   const std::string & GetStudyID() const;
  71   const std::string & GetStudyTime() const;
  72   const std::string & GetStudyDate() const;
  73   const std::string & GetLabel() const;
  74   const std::string & GetName() const;
  75   const std::string & GetDate() const;
  76   const std::string & GetTime() const;
  77
  78   int AddBinaryImageAsNewROI(vvImage * i, std::string name);
  79
  80 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
  81   // Static
  82   static int ReadROINumber(const gdcm::Item & item);
  83 #endif
  84
  85 protected:
  86   std::string mStudyID;
  87   std::string mStudyTime;
  88   std::string mStudyDate;
  89   std::string mLabel;
  90   std::string mName;
  91   std::string mDate;
  92   std::string mTime;
  93
  94   std::map<int, clitk::DicomRT_ROI::Pointer> mROIs;
  95   std::map<int, std::string> mMapOfROIName;
  96 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
  97   gdcm::Reader * mReader;
  98   gdcm::SmartPointer<gdcm::SequenceOfItems> mROIInfoSequenceOfItems;
  99   gdcm::SmartPointer<gdcm::SequenceOfItems> mROIContoursSequenceOfItems;
 100 #endif
 101   gdcm::File * mFile;
 102
 103 private:
 104   DicomRT_StructureSet();
 105   ~DicomRT_StructureSet();
 106 };
 107 //--------------------------------------------------------------------
 108
 109 } // end namespace clitk
 110 #endif // CLITKDICOMRT_STRUCTURESET_H
 111