common/clitkDicomRT_StructureSet.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:         vv http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3   Main authors :   XX XX XX
   4
   5   Authors belongs to:
   6   - University of LYON           http://www.universite-lyon.fr/
   7   - Léon Bérard cancer center    http://www.centreleonberard.fr
   8   - CREATIS CNRS laboratory      http://www.creatis.insa-lyon.fr
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  18   =========================================================================*/
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  20 #ifndef CLITKDICOMRT_STRUCTURESET_H
  21 #define CLITKDICOMRT_STRUCTURESET_H
  22
  23 // clitk
  24 #include "clitkCommon.h"
  25 #include "clitkDicomRT_ROI.h"
  26
  27 //vtk
  28 #include "vtkMatrix4x4.h"
  29
  30 // vv
  31 #include "vvImage.h"
  32
  33 // gdcm
  34 #include "clitkConfiguration.h"
  35 #if CLITK_USE_SYSTEM_GDCM == 1
  36 #include <vtkGDCMPolyDataReader.h>
  37 #include <vtkRTStructSetProperties.h>
  38 #endif
  39
  40 // gdcm
  41 #if GDCM_MAJOR_VERSION >= 2
  42 // This is not use if CLITK_USE_SYSTEM_GDCM==1
  43 #include "gdcmReader.h"
  44 #include "gdcmWriter.h"
  45 #include "gdcmAttribute.h"
  46 #endif
  47
  48 namespace clitk {
  49
  50 //--------------------------------------------------------------------
  51 class DicomRT_StructureSet : public itk::LightObject{
  52
  53 public:
  54   typedef DicomRT_StructureSet Self;
  55   typedef itk::SmartPointer<Self> Pointer;
  56   itkNewMacro(Self);
  57
  58   typedef std::map<int, clitk::DicomRT_ROI::Pointer> ROIMapContainer;
  59   typedef ROIMapContainer::iterator ROIIteratorType;
  60   typedef ROIMapContainer::const_iterator ROIConstIteratorType;
  61
  62   void Print(std::ostream & os = std::cout) const;
  63   void Read(const std::string & filename);
  64   void SetTransformMatrix(vtkMatrix4x4* matrix);
  65   bool IsDicomRTStruct(const std::string & filename);
  66   void Write(const std::string & filename);
  67
  68   clitk::DicomRT_ROI * GetROIFromROINumber(int n);
  69   clitk::DicomRT_ROI* GetROIFromROIName(const std::string& name);
  70   //clitk::DicomRT_ROI* GetROIFromROINameRegEx(const std::string& regEx);
  71   clitk::DicomRT_ROI* GetROIFromROINameSubstr(const std::string& s);
  72   ROIMapContainer * GetROIsFromROINameSubstr(const std::string& s);
  73   ROIMapContainer & GetROIs() { return mROIs; }
  74   const std::string & GetStudyID() const;
  75   const std::string & GetStudyTime() const;
  76   const std::string & GetStudyDate() const;
  77   const std::string & GetLabel() const;
  78   const std::string & GetName() const;
  79   const std::string & GetDate() const;
  80   const std::string & GetTime() const;
  81
  82   int AddBinaryImageAsNewROI(vvImage * i, std::string name);
  83
  84 #if GDCM_MAJOR_VERSION >= 2
  85   // Static
  86   static int ReadROINumber(const gdcm::Item & item);
  87 #endif
  88
  89 protected:
  90   std::string mStudyID;
  91   std::string mStudyTime;
  92   std::string mStudyDate;
  93   std::string mLabel;
  94   std::string mName;
  95   std::string mDate;
  96   std::string mTime;
  97   vtkSmartPointer<vtkMatrix4x4> mTransformMatrix;
  98
  99   std::map<int, clitk::DicomRT_ROI::Pointer> mROIs;
 100   std::map<int, std::string> mMapOfROIName;
 101 #if GDCM_MAJOR_VERSION >= 2
 102   gdcm::Reader * mReader;
 103   gdcm::SmartPointer<gdcm::SequenceOfItems> mROIInfoSequenceOfItems;
 104   gdcm::SmartPointer<gdcm::SequenceOfItems> mROIContoursSequenceOfItems;
 105 #endif
 106   gdcm::File * mFile;
 107
 108 private:
 109   DicomRT_StructureSet();
 110   ~DicomRT_StructureSet();
 111 };
 112 //--------------------------------------------------------------------
 113
 114 } // end namespace clitk
 115 #endif // CLITKDICOMRT_STRUCTURESET_H
 116