common/clitkDicomRT_StructureSet.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:         vv http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3   Main authors :   XX XX XX
   4
   5   Authors belongs to:
   6   - University of LYON           http://www.universite-lyon.fr/
   7   - Léon Bérard cancer center    http://www.centreleonberard.fr
   8   - CREATIS CNRS laboratory      http://www.creatis.insa-lyon.fr
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  13
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  17
  18   =========================================================================*/
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  20 #ifndef CLITKDICOMRT_STRUCTURESET_H
  21 #define CLITKDICOMRT_STRUCTURESET_H
  22
  23 // clitk
  24 #include "clitkCommon.h"
  25 #include "clitkDicomRT_ROI.h"
  26
  27 // vv
  28 #include "vvImage.h"
  29
  30 // gdcm
  31 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
  32 #include "gdcmReader.h"
  33 #include "gdcmWriter.h"
  34 #include "gdcmAttribute.h"
  35 #endif
  36
  37 namespace clitk {
  38
  39 //--------------------------------------------------------------------
  40 class DicomRT_StructureSet : public itk::LightObject{
  41
  42 public:
  43   typedef DicomRT_StructureSet Self;
  44   typedef itk::SmartPointer<Self> Pointer;
  45   itkNewMacro(Self);
  46
  47   typedef std::map<int, clitk::DicomRT_ROI::Pointer> ROIMapContainer;
  48   typedef ROIMapContainer::iterator ROIIteratorType;
  49   typedef ROIMapContainer::const_iterator ROIConstIteratorType;
  50
  51   void Print(std::ostream & os = std::cout) const;
  52   void Read(const std::string & filename);
  53   bool IsDicomRTStruct(const std::string & filename);
  54   void Write(const std::string & filename);
  55
  56   clitk::DicomRT_ROI * GetROIFromROINumber(int n);
  57   clitk::DicomRT_ROI* GetROIFromROIName(const std::string& name);
  58   //clitk::DicomRT_ROI* GetROIFromROINameRegEx(const std::string& regEx);
  59   clitk::DicomRT_ROI* GetROIFromROINameSubstr(const std::string& s);
  60   ROIMapContainer * GetROIsFromROINameSubstr(const std::string& s);
  61   ROIMapContainer & GetROIs() { return mROIs; }
  62   const std::string & GetStudyID() const;
  63   const std::string & GetStudyTime() const;
  64   const std::string & GetStudyDate() const;
  65   const std::string & GetLabel() const;
  66   const std::string & GetName() const;
  67   const std::string & GetDate() const;
  68   const std::string & GetTime() const;
  69
  70   int AddBinaryImageAsNewROI(vvImage * i, std::string name);
  71
  72 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
  73   // Static
  74   static int ReadROINumber(const gdcm::Item & item);
  75 #endif
  76
  77 protected:
  78   std::string mStudyID;
  79   std::string mStudyTime;
  80   std::string mStudyDate;
  81   std::string mLabel;
  82   std::string mName;
  83   std::string mDate;
  84   std::string mTime;
  85
  86   std::map<int, clitk::DicomRT_ROI::Pointer> mROIs;
  87   std::map<int, std::string> mMapOfROIName;
  88 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
  89   gdcm::Reader * mReader;
  90   gdcm::SmartPointer<gdcm::SequenceOfItems> mROIInfoSequenceOfItems;
  91   gdcm::SmartPointer<gdcm::SequenceOfItems> mROIContoursSequenceOfItems;
  92 #endif
  93   gdcm::File * mFile;
  94
  95 private:
  96   DicomRT_StructureSet();
  97   ~DicomRT_StructureSet();
  98 };
  99 //--------------------------------------------------------------------
 100
 101 } // end namespace clitk
 102 #endif // CLITKDICOMRT_STRUCTURESET_H
 103