common/clitkGateAsciiImageIO.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef CLITKGATEASCIIIMAGEIO_H
  19 #define CLITKGATEASCIIIMAGEIO_H
  20
  21 // itk include
  22 #include <itkImageIOBase.h>
  23 #include <itksys/RegularExpression.hxx>
  24
  25 #if defined (_MSC_VER) && (_MSC_VER < 1600)
  26 //SR: taken from
  27 //#include "msinttypes/stdint.h"
  28 typedef unsigned int uint32_t;
  29 #else
  30 #include <stdint.h>
  31 #endif
  32
  33 #include "clitkCommon.h"
  34
  35 namespace clitk
  36 {
  37
  38 //====================================================================
  39 // Class for reading gate ascii Image file format
  40 class GateAsciiImageIO: public itk::ImageIOBase
  41 {
  42 public:
  43   /** Standard class typedefs. */
  44   typedef GateAsciiImageIO        Self;
  45   typedef itk::ImageIOBase        Superclass;
  46   typedef itk::SmartPointer<Self> Pointer;
  47
  48   struct GateAsciiHeader {
  49     double matrix_size[3];
  50     int resolution[3];
  51     double voxel_size[3];
  52     int nb_value;
  53   };
  54
  55   GateAsciiImageIO():Superclass() {}
  56
  57   /** Method for creation through the object factory. */
  58   itkNewMacro(Self);
  59
  60   /** Run-time type information (and related methods). */
  61   itkTypeMacro(GateAsciiImageIO, ImageIOBase);
  62
  63   /*-------- This part of the interface deals with reading data. ------ */
  64   virtual void ReadImageInformation() ITK_OVERRIDE;
  65   virtual bool CanReadFile( const char* FileNameToRead ) ITK_OVERRIDE;
  66   virtual void Read(void * buffer) ITK_OVERRIDE;
  67
  68   /*-------- This part of the interfaces deals with writing data. ----- */
  69   virtual void WriteImageInformation() ITK_OVERRIDE;
  70   virtual bool CanWriteFile(const char* filename) ITK_OVERRIDE;
  71   virtual void Write(const void* buffer) ITK_OVERRIDE;
  72
  73   virtual bool SupportsDimension(unsigned long dim) ITK_OVERRIDE;
  74
  75 protected:
  76   static bool ReadHeader(FILE* handle, GateAsciiHeader& header);
  77   static bool ReadLine(FILE* handle, std::string& line);
  78   static bool FindRegularExpressionNextLine(itksys::RegularExpression &reg, std::string &s, FILE* handle);
  79
  80 }; // end class GateAsciiImageIO
  81 } // end namespace
  82
  83 // explicit template instantiation
  84 //template class itk::CreateObjectFunction<clitk::GateAsciiImageIO>;
  85
  86 #endif /* end #define CLITKGATEASCIIIMAGEIO_H */
  87