common/clitkHisImageIO.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef CLITKHISIMAGEIO_CXX
  19 #define CLITKHISIMAGEIO_CXX
  20 #define HEADER_INFO_SIZE 68
  21 /**
  22    -------------------------------------------------
  23    * @file   clitkHisImageIO.cxx
  24    * @author Simon Rit <simon.rit@gmail.com>
  25    * @date   16 Feb 2010
  26    *
  27    * @brief
  28    *
  29    *
  30    -------------------------------------------------*/
  31
  32 // Based on a true story by the Nederlands Kanker Instituut (AVS_HEIMANN.CPP from the 20090608)
  33
  34 // std include
  35 #include <fstream>
  36
  37 // clitk include
  38 #include "clitkHisImageIO.h"
  39 #include "clitkCommon.h"
  40
  41 //--------------------------------------------------------------------
  42 // Read Image Information
  43 void clitk::HisImageIO::ReadImageInformation()
  44 {
  45   // open file
  46   std::ifstream file(m_FileName.c_str(), std::ios::in | std::ios::binary);
  47   if ( file.fail() )
  48     itkGenericExceptionMacro(<< "Could not open file (for reading): " << m_FileName);
  49
  50   // read header
  51   char header[HEADER_INFO_SIZE];
  52   file.read(header, HEADER_INFO_SIZE);
  53
  54   if (header[0]!=0 || header[1]!=112 || header[2]!=68 || header[3]!=0) {
  55     itkExceptionMacro(<< "clitk::HisImageIO::ReadImageInformation: file " << m_FileName << " not in Heimann HIS format version 100");
  56     return;
  57   }
  58
  59   int nrframes, type, ulx, uly, brx, bry;
  60   m_HeaderSize  = header[10] + (header[11]<<8);
  61   ulx      = header[12] + (header[13]<<8);
  62   uly      = header[14] + (header[15]<<8);
  63   brx      = header[16] + (header[17]<<8);
  64   bry      = header[18] + (header[19]<<8);
  65   nrframes = header[20] + (header[21]<<8);
  66   type     = header[32] + (header[34]<<8);
  67
  68   switch(type) {
  69   case  4:
  70     SetComponentType(itk::ImageIOBase::USHORT);
  71     break;
  72 //    case  8: SetComponentType(itk::ImageIOBase::INT);   break;
  73 //    case 16: SetComponentType(itk::ImageIOBase::FLOAT); break;
  74 //    case 32: SetComponentType(itk::ImageIOBase::INT);   break;
  75   default:
  76     SetComponentType(itk::ImageIOBase::USHORT);
  77     break;
  78   }
  79
  80   switch(nrframes) {
  81   case 1:
  82     SetNumberOfDimensions(2);
  83     break;
  84   default:
  85     SetNumberOfDimensions(3);
  86     break;
  87   }
  88
  89   SetDimensions(0, bry-uly+1);
  90   SetDimensions(1, brx-ulx+1);
  91   if (nrframes>1)
  92     SetDimensions(2, nrframes);
  93
  94   SetSpacing(0, 409.6/GetDimensions(0));
  95   SetSpacing(1, 409.6/GetDimensions(1));
  96
  97   SetOrigin(0, -0.5*(GetDimensions(0)-1)*GetSpacing(0));
  98   SetOrigin(1, -0.5*(GetDimensions(1)-1)*GetSpacing(1));
  99 } ////
 100
 101 //--------------------------------------------------------------------
 102 // Read Image Information
 103 bool clitk::HisImageIO::CanReadFile(const char* FileNameToRead)
 104 {
 105   std::string filename(FileNameToRead);
 106   std::string filenameext = GetExtension(filename);
 107   if (filenameext != std::string("his")) return false;
 108   return true;
 109 } ////
 110
 111 //--------------------------------------------------------------------
 112 // Read Image Content
 113 void clitk::HisImageIO::Read(void * buffer)
 114 {
 115   // open file
 116   std::ifstream file(m_FileName.c_str(), std::ios::in | std::ios::binary);
 117   if ( file.fail() )
 118     itkGenericExceptionMacro(<< "Could not open file (for reading): " << m_FileName);
 119
 120
 121   file.seekg(m_HeaderSize+HEADER_INFO_SIZE, std::ios::beg);
 122   if ( file.fail() )
 123     itkExceptionMacro(<<"File seek failed (His Read)");
 124
 125
 126   file.read((char*)buffer, GetImageSizeInBytes());
 127   if ( file.fail() )
 128     itkExceptionMacro(<<"Read failed: Wanted "
 129                       << GetImageSizeInBytes()
 130                       << " bytes, but read "
 131                       << file.gcount() << " bytes. The current state is: "
 132                       << file.rdstate());
 133 }
 134
 135 //--------------------------------------------------------------------
 136 bool clitk::HisImageIO::CanWriteFile(const char* FileNameToWrite)
 137 {
 138   std::string filename(FileNameToWrite);
 139   std::string filenameext = GetExtension(filename);
 140   if (filenameext != std::string("his")) return false;
 141   return true;
 142 }
 143
 144 //--------------------------------------------------------------------
 145 // Write Image
 146 void clitk::HisImageIO::Write(const void* buffer)
 147 {
 148   std::ofstream file(m_FileName.c_str(), std::ios::out | std::ios::binary);
 149   if ( file.fail() )
 150     itkGenericExceptionMacro(<< "Could not open file (for writing): " << m_FileName);
 151
 152   m_HeaderSize = HEADER_INFO_SIZE + 32;
 153   char szHeader[HEADER_INFO_SIZE + 32] = {
 154     0x00, 0x70, 0x44, 0x00, 0x64, 0x00, 0x64, 0x00, 0x20, 0x00, 0x20, 0x00, 0x01, 0x00, 0x01, 0x00,
 155     0x00, 0x04, 0x00, 0x04, 0x01, 0x00, 0x03, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x6A, 0x18, 0x41,
 156     0x04, 0x00, 0x40, 0x5F, 0x48, 0x01, 0x40, 0x00, 0x86, 0x00, 0x00, 0x00, 0x01, 0x00, 0x00, 0x00,
 157     0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x08, 0x63, 0x13, 0x00, 0xE8, 0x51, 0x13, 0x00, 0x5C, 0xE7, 0x12, 0x00,
 158     0xFE, 0x2A, 0x49, 0x5F, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00,
 159     0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00,
 160     0x00, 0x00, 0x00, 0x00
 161   };
 162
 163   /* Fill into the header the essentials
 164      The 'iheader' in previous module is fixed to 0x20, and is included in szHeader.
 165      The 'ulx' and 'uly' are fixed to 0x01, so that 'brx' and 'bry' reflect the dimensions of
 166      the image.
 167   */
 168   const unsigned int ndim = GetNumberOfDimensions();
 169   if ((ndim < 2) || (ndim > 3))
 170     itkExceptionMacro( <<"Only 2D or 3D support");
 171
 172   szHeader[16] = (char)(GetDimensions(0) % 256);        // X-size       lsb
 173   szHeader[17] = (char)(GetDimensions(0) / 256);        // X-size       msb
 174   szHeader[18] = (char)(GetDimensions(1) % 256);        // Y-size       lsb
 175   szHeader[19] = (char)(GetDimensions(1) / 256);        // Y-size       msb
 176   if (ndim == 3) {
 177     szHeader[20] = (char)(GetDimensions(0) % 256);      // NbFrames     lsb
 178     szHeader[21] = (char)(GetDimensions(0) / 256);      // NbFrames     msb
 179   }
 180
 181   switch (GetComponentType()) {
 182   case itk::ImageIOBase::USHORT:
 183     szHeader[32] = 4;
 184     break;
 185     //case AVS_TYPE_INTEGER:
 186     //  szHeader[32] = 8;
 187     //  break;
 188     //case AVS_TYPE_REAL:
 189     //  szHeader[32] = 16;
 190     //  break;
 191   default:
 192     itkExceptionMacro(<< "Unsupported field type");
 193     break;
 194   }
 195
 196   file.write(szHeader, m_HeaderSize);
 197   file.write((const char *)buffer, GetImageSizeInBytes());
 198   file.close();
 199 } ////
 200
 201 #endif /* end #define CLITKHISIMAGEIO_CXX */
 202