common/clitkIOCommon.cxx

   1 /*=========================================================================
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   3 Program:   clitk
   4 Language:  C++
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   6 Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
   7 l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
   8 http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
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  10 This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  11 the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  12 PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
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  14 =========================================================================*/
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  16 #ifndef CLITKIOCOMMON_CXX
  17 #define CLITKIOCOMMON_CXX
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  19 /**
  20    =================================================
  21    * @file   clitkIOCommon.cxx
  22    * @author David Sarrut <david.sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
  23    * @date   18 May 2006 11:42:37
  24    *
  25    * @brief
  26    *
  27    *
  28    =================================================*/
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  30 // clitk include
  31 #include "clitkIOCommon.h"
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  33 //====================================================================
  34 // Open a file for reading
  35 void clitk::openFileForReading(std::ifstream & is, const std::string & filename) {
  36   is.open(filename.c_str(), std::ios::in);
  37   if ( is.fail() ) {
  38     itkGenericExceptionMacro(<< "Could not open file (for reading): " << filename);
  39   }
  40 }
  41 //====================================================================
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  43 //====================================================================
  44 // Open a file for writing
  45 void clitk::openFileForWriting(std::ofstream & os, const std::string & filename)  {
  46   os.open(filename.c_str(), std::ios::out);
  47   if ( os.fail() ) {
  48     itkGenericExceptionMacro(<< "Could not open file (for writing): " << filename);
  49   }
  50 }
  51 //====================================================================
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  53 //====================================================================
  54 // Read a dicom header
  55 gdcm::File * clitk::readDicomHeader(const std::string & filename,
  56                                     const bool verbose) {
  57   if (verbose) {
  58     std::cout << "Reading DICOM <" << filename << ">" << std::endl;
  59   }
  60   gdcm::File *header = new gdcm::File();
  61   header->SetFileName(filename);
  62   header->SetMaxSizeLoadEntry(16384); // required ?
  63   header->Load();
  64   return header;
  65 }
  66 //====================================================================
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  68 //====================================================================
  69 itk::ImageIOBase::Pointer clitk::readImageHeader(const std::string & filename) {
  70   itk::ImageIOBase::Pointer reader =
  71     itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(filename.c_str(), itk::ImageIOFactory::ReadMode);
  72   if (!reader) return NULL;
  73   reader->SetFileName(filename);
  74   reader->ReadImageInformation();
  75   return reader;
  76 }
  77 //====================================================================
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  79 //====================================================================
  80 void clitk::printImageHeader(itk::ImageIOBase::Pointer header, std::ostream & os, const int level) {
  81   unsigned int dim = header->GetNumberOfDimensions();
  82   std::string pixelTypeName = header->GetComponentTypeAsString(header->GetComponentType());
  83   std::vector<int> inputSize;
  84   std::vector<double> inputSpacing;
  85   inputSize.resize(dim);
  86   inputSpacing.resize(dim);
  87   for(unsigned int i=0; i<dim; i++) {
  88     inputSpacing[i] = header->GetSpacing(i);
  89     inputSize[i] = header->GetDimensions(i);
  90   }
  91   int pixelSize =
  92     clitk::GetTypeSizeFromString(header->GetComponentTypeAsString(header->GetComponentType()));
  93   unsigned int nbOfComponents = header->GetNumberOfComponents();
  94   if (level == 0) {
  95     os << dim << "D ";
  96     if (nbOfComponents !=1) os << nbOfComponents << "x" << pixelTypeName;
  97     else os << pixelTypeName;
  98     os << " ";
  99     for(unsigned int i=0; i< dim-1; i++)
 100       os << inputSize[i] << "x";
 101     os << inputSize[dim-1]
 102        << "  ";
 103     for(unsigned int i=0; i< dim-1; i++)
 104       os << inputSpacing[i] << "x";
 105     os << inputSpacing[dim-1];
 106   }
 107   else {
 108     os << "Dim       = " << dim << "D" << std::endl;
 109     os << "PixelType = " << pixelTypeName << std::endl;
 110     if (nbOfComponents > 1)
 111       os << "Vector    = " << nbOfComponents << std::endl;
 112     os << "Size      = ";
 113     for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
 114       os << inputSize[i] << " ";
 115     }
 116     os << std::endl;
 117     os << "Spacing   = ";
 118     for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
 119       os << inputSpacing[i] << " ";
 120     }
 121     os << std::endl;
 122     if (level > 1) {
 123       os << "# voxels  = " << header->GetImageSizeInPixels() << std::endl;
 124       os << "Size (mm) = ";
 125       for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
 126         os << inputSize[i]*inputSpacing[i] << " ";
 127       }
 128       os << "mm" << std::endl;
 129       os << "Volume    = ";
 130       double vol=1.0;
 131       for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
 132         vol *= inputSize[i]*inputSpacing[i]/10.0;
 133       }
 134       os << vol << " cc" << std::endl;
 135       int mem = header->GetImageSizeInPixels()*pixelSize*nbOfComponents;
 136       double memKb = (double)mem/1024.0;
 137       double memMb = (double)mem/1024.0/1024.0;
 138       double memGb = (double)mem/1024.0/1024.0/1024.0;
 139       if (lrint(memKb) <= 0)
 140         os << "Memory    = " << mem << " bytes" << std::endl;
 141       else {
 142         if (lrint(memMb) <= 0)
 143           os << "Memory    = " << memKb << " Kb (" << mem << " bytes)" << std::endl;
 144         else {
 145           if (lrint(memGb) <= 0)
 146             os << "Memory    = " << memMb << " Mb (" << mem << " bytes)" << std::endl;
 147           else
 148             os << "Memory     = " << memGb << " Gb (" << mem << " bytes)" << std::endl;
 149         }
 150       }
 151     }
 152   }
 153 }
 154 //====================================================================
 155
 156 #endif /* end #define CLITKIO_CXX */
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