common/clitkImageCommon.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
  18
  19 #ifndef CLITKIMAGECOMMON_CXX
  20 #define CLITKIMAGECOMMON_CXX
  21
  22 #include "clitkImageCommon.h"
  23 #include "clitkCommon.h"
  24
  25 //--------------------------------------------------------------------
  26 void clitk::ReadImageDimensionAndPixelType(const std::string & filename,
  27                                            int & dimension,
  28                                            std::string & pixeType)
  29 {
  30   itk::ImageIOBase::Pointer genericReader =
  31     itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(filename.c_str(), itk::ImageIOFactory::ReadMode);
  32   if (!genericReader) {
  33     clitkExceptionMacro("Image file format unknown while reading file <" << filename << ">");
  34   }
  35   genericReader->SetFileName(filename.c_str());
  36   genericReader->ReadImageInformation();
  37   pixeType = genericReader->GetComponentTypeAsString(genericReader->GetComponentType());
  38   dimension = genericReader->GetNumberOfDimensions();
  39 }
  40 //--------------------------------------------------------------------
  41
  42
  43 //--------------------------------------------------------------------
  44 void clitk::ReadImageDimensionAndPixelType(const std::string & filename,
  45                                            int & dimension,
  46                                            std::string & pixeType, int & components)
  47 {
  48   itk::ImageIOBase::Pointer genericReader =
  49     itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(filename.c_str(), itk::ImageIOFactory::ReadMode);
  50   if (!genericReader) {
  51     clitkExceptionMacro("Image file format unknown while reading file <" << filename << ">");
  52   }
  53   genericReader->SetFileName(filename.c_str());
  54   genericReader->ReadImageInformation();
  55   pixeType = genericReader->GetComponentTypeAsString(genericReader->GetComponentType());
  56   dimension = genericReader->GetNumberOfDimensions();
  57   components= genericReader->GetNumberOfComponents();
  58 }
  59 //--------------------------------------------------------------------
  60
  61 //--------------------------------------------------------------------
  62 itk::ImageIOBase::Pointer clitk::readImageHeader(const std::string & filename, bool exit_on_error)
  63 {
  64   itk::ImageIOBase::Pointer reader =
  65     itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(filename.c_str(), itk::ImageIOFactory::ReadMode);
  66   if (!reader) {
  67     if (exit_on_error) { //default behavior for tools who don't handle the problem
  68       clitkExceptionMacro("Error reading file " << filename << ", exiting immediately");
  69     } else return NULL;
  70   }
  71   reader->SetFileName(filename);
  72   reader->ReadImageInformation();
  73   return reader;
  74 }
  75 //--------------------------------------------------------------------
  76
  77 //--------------------------------------------------------------------
  78 void clitk::printImageHeader(itk::ImageIOBase::Pointer header, std::ostream & os, const int level)
  79 {
  80   unsigned int dim = header->GetNumberOfDimensions();
  81   std::string pixelTypeName = header->GetComponentTypeAsString(header->GetComponentType());
  82   std::vector<int> inputSize;
  83   std::vector<double> inputSpacing;
  84   std::vector<double> inputOrigin;
  85   inputSize.resize(dim);
  86   inputSpacing.resize(dim);
  87   inputOrigin.resize(dim);
  88   for(unsigned int i=0; i<dim; i++) {
  89     inputSpacing[i] = header->GetSpacing(i);
  90     inputSize[i] = header->GetDimensions(i);
  91     inputOrigin[i] = header->GetOrigin(i);
  92   }
  93   int pixelSize =
  94     clitk::GetTypeSizeFromString(header->GetComponentTypeAsString(header->GetComponentType()));
  95   unsigned int nbOfComponents = header->GetNumberOfComponents();
  96   if (level == 0) {
  97     os << dim << "D ";
  98     if (nbOfComponents !=1) os << nbOfComponents << "x" << pixelTypeName;
  99     else os << pixelTypeName;
 100     os << " ";
 101     for(unsigned int i=0; i< dim-1; i++)
 102       os << inputSize[i] << "x";
 103     os << inputSize[dim-1]
 104        << "  ";
 105     for(unsigned int i=0; i< dim-1; i++)
 106       os << inputSpacing[i] << "x";
 107     os << inputSpacing[dim-1]
 108        << "  ";
 109     for(unsigned int i=0; i< dim-1; i++)
 110       os << inputOrigin[i] << "x";
 111     os << inputOrigin[dim-1] << " ";
 112     os << header->GetImageSizeInPixels() << " ";
 113   } else {
 114     os << "Dim       = " << dim << "D" << std::endl;
 115     os << "PixelType = " << pixelTypeName << std::endl;
 116     if (nbOfComponents > 1)
 117       os << "Vector    = " << nbOfComponents << std::endl;
 118     os << "Size      = ";
 119     for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
 120       os << inputSize[i] << " ";
 121     }
 122     os << std::endl;
 123     os << "Spacing   = ";
 124     for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
 125       os << inputSpacing[i] << " ";
 126     }
 127     os << std::endl;
 128     if (level > 1) {
 129       os << "# voxels  = " << header->GetImageSizeInPixels() << std::endl;
 130       os << "Size (mm) = ";
 131       for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
 132         os << inputSize[i]*inputSpacing[i] << " ";
 133       }
 134       os << "mm" << std::endl;
 135       os << "Origin (mm)= ";
 136       for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
 137         os << inputOrigin[i] << " ";
 138       }
 139       os << "mm" << std::endl;
 140
 141       os << "Volume    = ";
 142       double vol=1.0;
 143       for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
 144         vol *= inputSize[i]*inputSpacing[i]/10.0;
 145       }
 146       os << vol << " cc" << std::endl;
 147       int mem = header->GetImageSizeInPixels()*pixelSize*nbOfComponents;
 148       double memKb = (double)mem/1024.0;
 149       double memMb = (double)mem/1024.0/1024.0;
 150       double memGb = (double)mem/1024.0/1024.0/1024.0;
 151       if (lrint(memKb) <= 0)
 152         os << "Memory    = " << mem << " bytes" << std::endl;
 153       else {
 154         if (lrint(memMb) <= 0)
 155           os << "Memory    = " << memKb << " Kb (" << mem << " bytes)" << std::endl;
 156         else {
 157           if (lrint(memGb) <= 0)
 158             os << "Memory    = " << memMb << " Mb (" << mem << " bytes)" << std::endl;
 159           else
 160             os << "Memory     = " << memGb << " Gb (" << mem << " bytes)" << std::endl;
 161         }
 162       }
 163     }
 164   }
 165 }
 166 //--------------------------------------------------------------------
 167
 168 #endif /* end #define CLITKIMAGECOMMON_CXX */
 169