]> Creatis software - clitk.git/blob - common/clitkImageCommon.cxx
obsolete since the user manually update his repo
[clitk.git] / common / clitkImageCommon.cxx
1 /*=========================================================================
2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
3
4   Authors belong to:
5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
8
9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
12
13   It is distributed under dual licence
14
15   - BSD        See included LICENSE.txt file
16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
17   ===========================================================================**/
18
19 #ifndef CLITKIMAGECOMMON_CXX
20 #define CLITKIMAGECOMMON_CXX
21
22 #include "clitkImageCommon.h"
23 #include "clitkCommon.h"
24
25 //--------------------------------------------------------------------
26 void clitk::ReadImageDimensionAndPixelType(const std::string & filename,
27                                            int & dimension,
28                                            std::string & pixeType)
29 {
30   itk::ImageIOBase::Pointer genericReader =
31     itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(filename.c_str(), itk::ImageIOFactory::ReadMode);
32   if (!genericReader) {
33     clitkExceptionMacro("Image file format unknown while reading file <" << filename << ">");
34   }
35   genericReader->SetFileName(filename.c_str());
36   genericReader->ReadImageInformation();
37   pixeType = genericReader->GetComponentTypeAsString(genericReader->GetComponentType());
38   dimension = genericReader->GetNumberOfDimensions();
39 }
40 //--------------------------------------------------------------------
41
42
43 //--------------------------------------------------------------------
44 void clitk::ReadImageDimensionAndPixelType(const std::string & filename,
45                                            int & dimension,
46                                            std::string & pixeType, int & components)
47 {
48   itk::ImageIOBase::Pointer genericReader =
49     itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(filename.c_str(), itk::ImageIOFactory::ReadMode);
50   if (!genericReader) {
51     clitkExceptionMacro("Image file format unknown while reading file <" << filename << ">");
52   }
53   genericReader->SetFileName(filename.c_str());
54   genericReader->ReadImageInformation();
55   pixeType = genericReader->GetComponentTypeAsString(genericReader->GetComponentType());
56   dimension = genericReader->GetNumberOfDimensions();
57   components= genericReader->GetNumberOfComponents();
58 }
59 //--------------------------------------------------------------------
60
61 //--------------------------------------------------------------------
62 itk::ImageIOBase::Pointer clitk::readImageHeader(const std::string & filename, bool exit_on_error)
63 {
64   itk::ImageIOBase::Pointer reader =
65     itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(filename.c_str(), itk::ImageIOFactory::ReadMode);
66   if (!reader) {
67     if (exit_on_error) { //default behavior for tools who don't handle the problem
68       clitkExceptionMacro("Error reading file " << filename << ", exiting immediately");
69     } else return NULL;
70   }
71   reader->SetFileName(filename);
72   reader->ReadImageInformation();
73   return reader;
74 }
75 //--------------------------------------------------------------------
76
77 //--------------------------------------------------------------------
78 void clitk::printImageHeader(itk::ImageIOBase::Pointer header, std::ostream & os, const int level)
79 {
80   unsigned int dim = header->GetNumberOfDimensions();
81   std::string pixelTypeName = header->GetComponentTypeAsString(header->GetComponentType());
82   std::vector<int> inputSize;
83   std::vector<double> inputSpacing;
84   std::vector<double> inputOrigin;
85   inputSize.resize(dim);
86   inputSpacing.resize(dim);
87   inputOrigin.resize(dim);
88   for(unsigned int i=0; i<dim; i++) {
89     inputSpacing[i] = header->GetSpacing(i);
90     inputSize[i] = header->GetDimensions(i);
91     inputOrigin[i] = header->GetOrigin(i);
92   }
93   int pixelSize =
94     clitk::GetTypeSizeFromString(header->GetComponentTypeAsString(header->GetComponentType()));
95   unsigned int nbOfComponents = header->GetNumberOfComponents();
96   if (level == 0) {
97     os << dim << "D ";
98     if (nbOfComponents !=1) os << nbOfComponents << "x" << pixelTypeName;
99     else os << pixelTypeName;
100     os << " ";
101     for(unsigned int i=0; i< dim-1; i++)
102       os << inputSize[i] << "x";
103     os << inputSize[dim-1]
104        << "  ";
105     for(unsigned int i=0; i< dim-1; i++)
106       os << inputSpacing[i] << "x";
107     os << inputSpacing[dim-1]
108        << "  ";
109     for(unsigned int i=0; i< dim-1; i++)
110       os << inputOrigin[i] << "x";
111     os << inputOrigin[dim-1] << " ";
112     os << header->GetImageSizeInPixels() << " ";
113   } else {
114     os << "Dim       = " << dim << "D" << std::endl;
115     os << "PixelType = " << pixelTypeName << std::endl;
116     if (nbOfComponents > 1)
117       os << "Vector    = " << nbOfComponents << std::endl;
118     os << "Size      = ";
119     for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
120       os << inputSize[i] << " ";
121     }
122     os << std::endl;
123     os << "Spacing   = ";
124     for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
125       os << inputSpacing[i] << " ";
126     }
127     os << std::endl;
128     if (level > 1) {
129       os << "# voxels  = " << header->GetImageSizeInPixels() << std::endl;
130       os << "Size (mm) = ";
131       for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
132         os << inputSize[i]*inputSpacing[i] << " ";
133       }
134       os << "mm" << std::endl;
135       os << "Origin (mm)= ";
136       for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
137         os << inputOrigin[i] << " ";
138       }
139       os << "mm" << std::endl;
140
141       os << "Volume    = ";
142       double vol=1.0;
143       for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
144         vol *= inputSize[i]*inputSpacing[i]/10.0;
145       }
146       os << vol << " cc" << std::endl;
147       int mem = header->GetImageSizeInPixels()*pixelSize*nbOfComponents;
148       double memKb = (double)mem/1024.0;
149       double memMb = (double)mem/1024.0/1024.0;
150       double memGb = (double)mem/1024.0/1024.0/1024.0;
151       if (lrint(memKb) <= 0)
152         os << "Memory    = " << mem << " bytes" << std::endl;
153       else {
154         if (lrint(memMb) <= 0)
155           os << "Memory    = " << memKb << " Kb (" << mem << " bytes)" << std::endl;
156         else {
157           if (lrint(memGb) <= 0)
158             os << "Memory    = " << memMb << " Mb (" << mem << " bytes)" << std::endl;
159           else
160             os << "Memory     = " << memGb << " Gb (" << mem << " bytes)" << std::endl;
161         }
162       }
163     }
164   }
165 }
166 //--------------------------------------------------------------------
167
168 #endif /* end #define CLITKIMAGECOMMON_CXX */
169