common/clitkImageCommon.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
  18
  19 #ifndef CLITKIMAGECOMMON_CXX
  20 #define CLITKIMAGECOMMON_CXX
  21
  22 #include "clitkImageCommon.h"
  23 #include "clitkCommon.h"
  24
  25 //--------------------------------------------------------------------
  26 void clitk::ReadImageDimensionAndPixelType(const std::string & filename,
  27                                            int & dimension,
  28                                            std::string & pixeType)
  29 {
  30   itk::ImageIOBase::Pointer genericReader =
  31     itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(filename.c_str(), itk::ImageIOFactory::ReadMode);
  32   if (!genericReader) {
  33     clitkExceptionMacro("Image file format unknown while reading file <" << filename << ">");
  34   }
  35   genericReader->SetFileName(filename.c_str());
  36   genericReader->ReadImageInformation();
  37   pixeType = genericReader->GetComponentTypeAsString(genericReader->GetComponentType());
  38   dimension = genericReader->GetNumberOfDimensions();
  39 }
  40 //--------------------------------------------------------------------
  41
  42
  43 //--------------------------------------------------------------------
  44 void clitk::ReadImageDimensionAndPixelType(const std::string & filename,
  45                                            int & dimension,
  46                                            std::string & pixeType, int & components)
  47 {
  48   itk::ImageIOBase::Pointer genericReader =
  49     itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(filename.c_str(), itk::ImageIOFactory::ReadMode);
  50   if (!genericReader) {
  51     clitkExceptionMacro("Image file format unknown while reading file <" << filename << ">");
  52   }
  53   genericReader->SetFileName(filename.c_str());
  54   genericReader->ReadImageInformation();
  55   pixeType = genericReader->GetComponentTypeAsString(genericReader->GetComponentType());
  56   dimension = genericReader->GetNumberOfDimensions();
  57   components= genericReader->GetNumberOfComponents();
  58 }
  59 //--------------------------------------------------------------------
  60
  61 //--------------------------------------------------------------------
  62 // Read a dicom header
  63 gdcm::File * clitk::readDicomHeader(const std::string & filename,
  64                                     const bool verbose)
  65 {
  66 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
  67   gdcm::Reader hreader;
  68   hreader.SetFileName(filename.c_str());
  69   hreader.Read();
  70   gdcm::SmartPointer<gdcm::File> p = hreader.GetFile();
  71   return p;
  72 #else
  73   if (verbose) {
  74     std::cout << "Reading DICOM <" << filename << ">" << std::endl;
  75   }
  76   gdcm::File *header = new gdcm::File();
  77   header->SetFileName(filename);
  78   header->SetMaxSizeLoadEntry(16384); // required ?
  79   header->Load();
  80   return header;
  81 #endif
  82 }
  83 ///--------------------------------------------------------------------
  84
  85 //--------------------------------------------------------------------
  86 itk::ImageIOBase::Pointer clitk::readImageHeader(const std::string & filename, bool exit_on_error)
  87 {
  88   itk::ImageIOBase::Pointer reader =
  89     itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(filename.c_str(), itk::ImageIOFactory::ReadMode);
  90   if (!reader) {
  91     if (exit_on_error) { //default behavior for tools who don't handle the problem
  92       clitkExceptionMacro("Error reading file " << filename << ", exiting immediately");
  93     } else return NULL;
  94   }
  95   reader->SetFileName(filename);
  96   reader->ReadImageInformation();
  97   return reader;
  98 }
  99 //--------------------------------------------------------------------
 100
 101 //--------------------------------------------------------------------
 102 void clitk::printImageHeader(itk::ImageIOBase::Pointer header, std::ostream & os, const int level)
 103 {
 104   unsigned int dim = header->GetNumberOfDimensions();
 105   std::string pixelTypeName = header->GetComponentTypeAsString(header->GetComponentType());
 106   std::vector<int> inputSize;
 107   std::vector<double> inputSpacing;
 108   std::vector<double> inputOrigin;
 109   inputSize.resize(dim);
 110   inputSpacing.resize(dim);
 111   inputOrigin.resize(dim);
 112   for(unsigned int i=0; i<dim; i++) {
 113     inputSpacing[i] = header->GetSpacing(i);
 114     inputSize[i] = header->GetDimensions(i);
 115     inputOrigin[i] = header->GetOrigin(i);
 116   }
 117   int pixelSize =
 118     clitk::GetTypeSizeFromString(header->GetComponentTypeAsString(header->GetComponentType()));
 119   unsigned int nbOfComponents = header->GetNumberOfComponents();
 120   if (level == 0) {
 121     os << dim << "D ";
 122     if (nbOfComponents !=1) os << nbOfComponents << "x" << pixelTypeName;
 123     else os << pixelTypeName;
 124     os << " ";
 125     for(unsigned int i=0; i< dim-1; i++)
 126       os << inputSize[i] << "x";
 127     os << inputSize[dim-1]
 128        << "  ";
 129     for(unsigned int i=0; i< dim-1; i++)
 130       os << inputSpacing[i] << "x";
 131     os << inputSpacing[dim-1]
 132        << "  ";
 133     for(unsigned int i=0; i< dim-1; i++)
 134       os << inputOrigin[i] << "x";
 135     os << inputOrigin[dim-1] << " ";
 136     os << header->GetImageSizeInPixels() << " ";
 137   } else {
 138     os << "Dim       = " << dim << "D" << std::endl;
 139     os << "PixelType = " << pixelTypeName << std::endl;
 140     if (nbOfComponents > 1)
 141       os << "Vector    = " << nbOfComponents << std::endl;
 142     os << "Size      = ";
 143     for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
 144       os << inputSize[i] << " ";
 145     }
 146     os << std::endl;
 147     os << "Spacing   = ";
 148     for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
 149       os << inputSpacing[i] << " ";
 150     }
 151     os << std::endl;
 152     if (level > 1) {
 153       os << "# voxels  = " << header->GetImageSizeInPixels() << std::endl;
 154       os << "Size (mm) = ";
 155       for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
 156         os << inputSize[i]*inputSpacing[i] << " ";
 157       }
 158       os << "mm" << std::endl;
 159       os << "Origin (mm)= ";
 160       for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
 161         os << inputOrigin[i] << " ";
 162       }
 163       os << "mm" << std::endl;
 164
 165       os << "Volume    = ";
 166       double vol=1.0;
 167       for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
 168         vol *= inputSize[i]*inputSpacing[i]/10.0;
 169       }
 170       os << vol << " cc" << std::endl;
 171       int mem = header->GetImageSizeInPixels()*pixelSize*nbOfComponents;
 172       double memKb = (double)mem/1024.0;
 173       double memMb = (double)mem/1024.0/1024.0;
 174       double memGb = (double)mem/1024.0/1024.0/1024.0;
 175       if (lrint(memKb) <= 0)
 176         os << "Memory    = " << mem << " bytes" << std::endl;
 177       else {
 178         if (lrint(memMb) <= 0)
 179           os << "Memory    = " << memKb << " Kb (" << mem << " bytes)" << std::endl;
 180         else {
 181           if (lrint(memGb) <= 0)
 182             os << "Memory    = " << memMb << " Mb (" << mem << " bytes)" << std::endl;
 183           else
 184             os << "Memory     = " << memGb << " Gb (" << mem << " bytes)" << std::endl;
 185         }
 186       }
 187     }
 188   }
 189 }
 190 //--------------------------------------------------------------------
 191
 192 #endif /* end #define CLITKIMAGECOMMON_CXX */
 193