common/clitkImageCommon.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKIMAGECOMMON_CXX
  20 #define CLITKIMAGECOMMON_CXX
  21
  22 #include "clitkImageCommon.h"
  23
  24 //--------------------------------------------------------------------
  25 void clitk::ReadImageDimensionAndPixelType(const std::string & filename,
  26                                            int & dimension,
  27                                            std::string & pixeType)
  28 {
  29   itk::ImageIOBase::Pointer genericReader =
  30     itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(filename.c_str(), itk::ImageIOFactory::ReadMode);
  31   if (!genericReader) {
  32     clitkExceptionMacro("Image file format unknown while reading file <" << filename << ">");
  33   }
  34   genericReader->SetFileName(filename.c_str());
  35   genericReader->ReadImageInformation();
  36   pixeType = genericReader->GetComponentTypeAsString(genericReader->GetComponentType());
  37   dimension = genericReader->GetNumberOfDimensions();
  38 }
  39 //--------------------------------------------------------------------
  40
  41
  42 //--------------------------------------------------------------------
  43 void clitk::ReadImageDimensionAndPixelType(const std::string & filename,
  44                                            int & dimension,
  45                                            std::string & pixeType, int & components)
  46 {
  47   itk::ImageIOBase::Pointer genericReader =
  48     itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(filename.c_str(), itk::ImageIOFactory::ReadMode);
  49   if (!genericReader) {
  50     clitkExceptionMacro("Image file format unknown while reading file <" << filename << ">");
  51   }
  52   genericReader->SetFileName(filename.c_str());
  53   genericReader->ReadImageInformation();
  54   pixeType = genericReader->GetComponentTypeAsString(genericReader->GetComponentType());
  55   dimension = genericReader->GetNumberOfDimensions();
  56   components= genericReader->GetNumberOfComponents();
  57 }
  58 //--------------------------------------------------------------------
  59
  60 //--------------------------------------------------------------------
  61 // Read a dicom header
  62 gdcm::File * clitk::readDicomHeader(const std::string & filename,
  63                                     const bool verbose)
  64 {
  65   if (verbose) {
  66     std::cout << "Reading DICOM <" << filename << ">" << std::endl;
  67   }
  68   gdcm::File *header = new gdcm::File();
  69   header->SetFileName(filename);
  70   header->SetMaxSizeLoadEntry(16384); // required ?
  71   header->Load();
  72   return header;
  73 }
  74 ///--------------------------------------------------------------------
  75
  76 //--------------------------------------------------------------------
  77 itk::ImageIOBase::Pointer clitk::readImageHeader(const std::string & filename, bool exit_on_error)
  78 {
  79   itk::ImageIOBase::Pointer reader =
  80     itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(filename.c_str(), itk::ImageIOFactory::ReadMode);
  81   if (!reader) {
  82     if (exit_on_error) { //default behavior for tools who don't handle the problem
  83       clitkExceptionMacro("Error reading file " << filename << ", exiting immediately");
  84     } else return NULL;
  85   }
  86   reader->SetFileName(filename);
  87   reader->ReadImageInformation();
  88   return reader;
  89 }
  90 //--------------------------------------------------------------------
  91
  92 //--------------------------------------------------------------------
  93 void clitk::printImageHeader(itk::ImageIOBase::Pointer header, std::ostream & os, const int level)
  94 {
  95   unsigned int dim = header->GetNumberOfDimensions();
  96   std::string pixelTypeName = header->GetComponentTypeAsString(header->GetComponentType());
  97   std::vector<int> inputSize;
  98   std::vector<double> inputSpacing;
  99   std::vector<double> inputOrigin;
 100   inputSize.resize(dim);
 101   inputSpacing.resize(dim);
 102   inputOrigin.resize(dim);
 103   for(unsigned int i=0; i<dim; i++) {
 104     inputSpacing[i] = header->GetSpacing(i);
 105     inputSize[i] = header->GetDimensions(i);
 106     inputOrigin[i] = header->GetOrigin(i);
 107   }
 108   int pixelSize =
 109     clitk::GetTypeSizeFromString(header->GetComponentTypeAsString(header->GetComponentType()));
 110   unsigned int nbOfComponents = header->GetNumberOfComponents();
 111   if (level == 0) {
 112     os << dim << "D ";
 113     if (nbOfComponents !=1) os << nbOfComponents << "x" << pixelTypeName;
 114     else os << pixelTypeName;
 115     os << " ";
 116     for(unsigned int i=0; i< dim-1; i++)
 117       os << inputSize[i] << "x";
 118     os << inputSize[dim-1]
 119        << "  ";
 120     for(unsigned int i=0; i< dim-1; i++)
 121       os << inputSpacing[i] << "x";
 122     os << inputSpacing[dim-1]
 123        << "  ";
 124     for(unsigned int i=0; i< dim-1; i++)
 125       os << inputOrigin[i] << "x";
 126     os << inputOrigin[dim-1] << " ";
 127     os << header->GetImageSizeInPixels() << " ";
 128   } else {
 129     os << "Dim       = " << dim << "D" << std::endl;
 130     os << "PixelType = " << pixelTypeName << std::endl;
 131     if (nbOfComponents > 1)
 132       os << "Vector    = " << nbOfComponents << std::endl;
 133     os << "Size      = ";
 134     for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
 135       os << inputSize[i] << " ";
 136     }
 137     os << std::endl;
 138     os << "Spacing   = ";
 139     for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
 140       os << inputSpacing[i] << " ";
 141     }
 142     os << std::endl;
 143     if (level > 1) {
 144       os << "# voxels  = " << header->GetImageSizeInPixels() << std::endl;
 145       os << "Size (mm) = ";
 146       for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
 147         os << inputSize[i]*inputSpacing[i] << " ";
 148       }
 149       os << "mm" << std::endl;
 150       os << "Origin (mm)= ";
 151       for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
 152         os << inputOrigin[i] << " ";
 153       }
 154       os << "mm" << std::endl;
 155
 156       os << "Volume    = ";
 157       double vol=1.0;
 158       for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
 159         vol *= inputSize[i]*inputSpacing[i]/10.0;
 160       }
 161       os << vol << " cc" << std::endl;
 162       int mem = header->GetImageSizeInPixels()*pixelSize*nbOfComponents;
 163       double memKb = (double)mem/1024.0;
 164       double memMb = (double)mem/1024.0/1024.0;
 165       double memGb = (double)mem/1024.0/1024.0/1024.0;
 166       if (lrint(memKb) <= 0)
 167         os << "Memory    = " << mem << " bytes" << std::endl;
 168       else {
 169         if (lrint(memMb) <= 0)
 170           os << "Memory    = " << memKb << " Kb (" << mem << " bytes)" << std::endl;
 171         else {
 172           if (lrint(memGb) <= 0)
 173             os << "Memory    = " << memMb << " Mb (" << mem << " bytes)" << std::endl;
 174           else
 175             os << "Memory     = " << memGb << " Gb (" << mem << " bytes)" << std::endl;
 176         }
 177       }
 178     }
 179   }
 180 }
 181 //--------------------------------------------------------------------
 182
 183 #endif /* end #define CLITKIMAGECOMMON_CXX */
 184