common/clitkImageCommon.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKIMAGECOMMON_CXX
  20 #define CLITKIMAGECOMMON_CXX
  21
  22 #include "clitkImageCommon.h"
  23 #include "clitkCommon.h"
  24
  25 //--------------------------------------------------------------------
  26 void clitk::ReadImageDimensionAndPixelType(const std::string & filename,
  27                                            int & dimension,
  28                                            std::string & pixeType)
  29 {
  30   itk::ImageIOBase::Pointer genericReader =
  31     itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(filename.c_str(), itk::ImageIOFactory::ReadMode);
  32   if (!genericReader) {
  33     clitkExceptionMacro("Image file format unknown while reading file <" << filename << ">");
  34   }
  35   genericReader->SetFileName(filename.c_str());
  36   genericReader->ReadImageInformation();
  37   pixeType = genericReader->GetComponentTypeAsString(genericReader->GetComponentType());
  38   dimension = genericReader->GetNumberOfDimensions();
  39 }
  40 //--------------------------------------------------------------------
  41
  42
  43 //--------------------------------------------------------------------
  44 void clitk::ReadImageDimensionAndPixelType(const std::string & filename,
  45                                            int & dimension,
  46                                            std::string & pixeType, int & components)
  47 {
  48   itk::ImageIOBase::Pointer genericReader =
  49     itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(filename.c_str(), itk::ImageIOFactory::ReadMode);
  50   if (!genericReader) {
  51     clitkExceptionMacro("Image file format unknown while reading file <" << filename << ">");
  52   }
  53   genericReader->SetFileName(filename.c_str());
  54   genericReader->ReadImageInformation();
  55   pixeType = genericReader->GetComponentTypeAsString(genericReader->GetComponentType());
  56   dimension = genericReader->GetNumberOfDimensions();
  57   components= genericReader->GetNumberOfComponents();
  58 }
  59 //--------------------------------------------------------------------
  60
  61 //--------------------------------------------------------------------
  62 // Read a dicom header
  63 gdcm::File * clitk::readDicomHeader(const std::string & filename,
  64                                     const bool verbose)
  65 {
  66   if (verbose) {
  67     std::cout << "Reading DICOM <" << filename << ">" << std::endl;
  68   }
  69   gdcm::File *header = new gdcm::File();
  70   header->SetFileName(filename);
  71   header->SetMaxSizeLoadEntry(16384); // required ?
  72   header->Load();
  73   return header;
  74 }
  75 ///--------------------------------------------------------------------
  76
  77 //--------------------------------------------------------------------
  78 itk::ImageIOBase::Pointer clitk::readImageHeader(const std::string & filename, bool exit_on_error)
  79 {
  80   itk::ImageIOBase::Pointer reader =
  81     itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(filename.c_str(), itk::ImageIOFactory::ReadMode);
  82   if (!reader) {
  83     if (exit_on_error) { //default behavior for tools who don't handle the problem
  84       clitkExceptionMacro("Error reading file " << filename << ", exiting immediately");
  85     } else return NULL;
  86   }
  87   reader->SetFileName(filename);
  88   reader->ReadImageInformation();
  89   return reader;
  90 }
  91 //--------------------------------------------------------------------
  92
  93 //--------------------------------------------------------------------
  94 void clitk::printImageHeader(itk::ImageIOBase::Pointer header, std::ostream & os, const int level)
  95 {
  96   unsigned int dim = header->GetNumberOfDimensions();
  97   std::string pixelTypeName = header->GetComponentTypeAsString(header->GetComponentType());
  98   std::vector<int> inputSize;
  99   std::vector<double> inputSpacing;
 100   std::vector<double> inputOrigin;
 101   inputSize.resize(dim);
 102   inputSpacing.resize(dim);
 103   inputOrigin.resize(dim);
 104   for(unsigned int i=0; i<dim; i++) {
 105     inputSpacing[i] = header->GetSpacing(i);
 106     inputSize[i] = header->GetDimensions(i);
 107     inputOrigin[i] = header->GetOrigin(i);
 108   }
 109   int pixelSize =
 110     clitk::GetTypeSizeFromString(header->GetComponentTypeAsString(header->GetComponentType()));
 111   unsigned int nbOfComponents = header->GetNumberOfComponents();
 112   if (level == 0) {
 113     os << dim << "D ";
 114     if (nbOfComponents !=1) os << nbOfComponents << "x" << pixelTypeName;
 115     else os << pixelTypeName;
 116     os << " ";
 117     for(unsigned int i=0; i< dim-1; i++)
 118       os << inputSize[i] << "x";
 119     os << inputSize[dim-1]
 120        << "  ";
 121     for(unsigned int i=0; i< dim-1; i++)
 122       os << inputSpacing[i] << "x";
 123     os << inputSpacing[dim-1]
 124        << "  ";
 125     for(unsigned int i=0; i< dim-1; i++)
 126       os << inputOrigin[i] << "x";
 127     os << inputOrigin[dim-1] << " ";
 128     os << header->GetImageSizeInPixels() << " ";
 129   } else {
 130     os << "Dim       = " << dim << "D" << std::endl;
 131     os << "PixelType = " << pixelTypeName << std::endl;
 132     if (nbOfComponents > 1)
 133       os << "Vector    = " << nbOfComponents << std::endl;
 134     os << "Size      = ";
 135     for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
 136       os << inputSize[i] << " ";
 137     }
 138     os << std::endl;
 139     os << "Spacing   = ";
 140     for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
 141       os << inputSpacing[i] << " ";
 142     }
 143     os << std::endl;
 144     if (level > 1) {
 145       os << "# voxels  = " << header->GetImageSizeInPixels() << std::endl;
 146       os << "Size (mm) = ";
 147       for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
 148         os << inputSize[i]*inputSpacing[i] << " ";
 149       }
 150       os << "mm" << std::endl;
 151       os << "Origin (mm)= ";
 152       for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
 153         os << inputOrigin[i] << " ";
 154       }
 155       os << "mm" << std::endl;
 156
 157       os << "Volume    = ";
 158       double vol=1.0;
 159       for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
 160         vol *= inputSize[i]*inputSpacing[i]/10.0;
 161       }
 162       os << vol << " cc" << std::endl;
 163       int mem = header->GetImageSizeInPixels()*pixelSize*nbOfComponents;
 164       double memKb = (double)mem/1024.0;
 165       double memMb = (double)mem/1024.0/1024.0;
 166       double memGb = (double)mem/1024.0/1024.0/1024.0;
 167       if (lrint(memKb) <= 0)
 168         os << "Memory    = " << mem << " bytes" << std::endl;
 169       else {
 170         if (lrint(memMb) <= 0)
 171           os << "Memory    = " << memKb << " Kb (" << mem << " bytes)" << std::endl;
 172         else {
 173           if (lrint(memGb) <= 0)
 174             os << "Memory    = " << memMb << " Mb (" << mem << " bytes)" << std::endl;
 175           else
 176             os << "Memory     = " << memGb << " Gb (" << mem << " bytes)" << std::endl;
 177         }
 178       }
 179     }
 180   }
 181 }
 182 //--------------------------------------------------------------------
 183
 184 #endif /* end #define CLITKIMAGECOMMON_CXX */
 185