common/clitkImageCommon.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef CLITKIMAGECOMMON_H
  19 #define CLITKIMAGECOMMON_H
  20 /**
  21  -------------------------------------------------------------------
  22  * @file   clitkImageCommon.h
  23  * @author David Sarrut <David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
  24  * @date   07 Sep 2007 11:30:10
  25
  26  * @brief
  27
  28  -------------------------------------------------------------------*/
  29
  30 // clitk
  31 #include "clitkCommon.h"
  32
  33 // itk
  34 #include "itkImage.h"
  35 #include "itkImageFileReader.h"
  36 #include "itkImageSeriesReader.h"
  37 #include "itkImageFileWriter.h"
  38 #include "gdcmFile.h"
  39 #include "gdcmFileHelper.h"
  40
  41
  42 namespace clitk {
  43
  44   //--------------------------------------------------------------------
  45   // New Image creation (no allocation)
  46   template<class PixelType>
  47   typename itk::Image<PixelType,1>::Pointer NewImage1D(int size, double spacing=1.0);
  48   template<class PixelType>
  49   typename itk::Image<PixelType,2>::Pointer NewImage2D(int sx, int sy, double dx=1.0, double dy=1.0);
  50   template<class PixelType>
  51   typename itk::Image<PixelType,3>::Pointer NewImage3D(int sx, int sy, int sz, double dx=1.0, double dy=1.0, double dz=1.0);
  52   template<class PixelType>
  53   typename itk::Image<PixelType,4>::Pointer NewImage4D(int sx, int sy, int sz, int st, double dx=1.0, double dy=1.0, double dz=1.0, double dt=1.0);
  54
  55   template<class ImageType>
  56   typename ImageType::Pointer NewImageLike(const typename ImageType::Pointer input, bool allocate=true);
  57
  58   template<class ImageType>
  59   void CopyValues(const typename ImageType::Pointer input, typename ImageType::Pointer output);
  60   //--------------------------------------------------------------------
  61   // New Image creation (with allocation)
  62
  63   //--------------------------------------------------------------------
  64   // Read an Write image
  65   // template<class ImageType>
  66   //   typename ImageType::Pointer ReadImage(const std::string & filename, const bool verbose=false);
  67   template<typename ImageType>
  68   typename ImageType::Pointer readImage(const std::string & filename, const bool verbose=false);
  69   template<typename ImageType>
  70   typename ImageType::Pointer readImage(const std::vector<std::string> & filenames, const bool verbose=false);
  71   template<class ImageType>
  72   void writeImage(const typename ImageType::Pointer image, const std::string & filename, const bool verbose=false);
  73 //   template<class ImageType>
  74 //   void writeConstImage(const typename ImageType::ConstPointer image, const std::string & filename, const bool verbose=false);
  75   template<class ImageType>
  76   void writeImage(const ImageType* image, const std::string & filename, const bool verbose=false);
  77
  78   //--------------------------------------------------------------------
  79   // Read/print image header
  80   itk::ImageIOBase::Pointer readImageHeader(const std::string & filename,bool exit_on_error=true);
  81   void printImageHeader(itk::ImageIOBase::Pointer header, std::ostream & os, const int level=0);
  82
  83   //--------------------------------------------------------------------
  84   // Determine pixetype and dimension of an image file
  85   void ReadImageDimensionAndPixelType(const std::string & filename, int & dimension, std::string & pixeType);
  86
  87   //--------------------------------------------------------------------
  88   // Determine pixetype, dimension and number of pixel components  of an image file
  89   void ReadImageDimensionAndPixelType(const std::string & filename, int & dimension, std::string & pixeType, int & components);
  90
  91   //--------------------------------------------------------------------
  92   // Read a dicom header
  93   gdcm::File * readDicomHeader(const std::string & filename, const bool verbose=false);
  94
  95   //--------------------------------------------------------------------
  96   template<class ImageType>
  97   int ComputeHowManyDifferentIntensity(const typename ImageType::Pointer & image,
  98                                        std::vector<typename ImageType::PixelType> & listOfIntensities);
  99   template<class InputImageType, class MaskImageType>
 100   void ComputeWeightsOfEachClasses(const typename InputImageType::Pointer & input,
 101                                    const typename MaskImageType::Pointer & mask,
 102                                    const std::vector<typename MaskImageType::PixelType> & listOfIntensities,
 103                                    std::map<typename MaskImageType::PixelType,
 104                                    std::map<typename InputImageType::PixelType, double> > & mapOfLabelsAndWeights);
 105
 106 #include "clitkImageCommon.txx"
 107
 108 } // end namespace
 109
 110 #endif /* end #define CLITKIMAGECOMMON_H */
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