common/clitkImageCommon.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef CLITKIMAGECOMMON_H
  19 #define CLITKIMAGECOMMON_H
  20
  21 // clitk
  22 //#include "clitkCommon.h"
  23
  24 // itk
  25 #include "itkImage.h"
  26 #include "itkImageFileReader.h"
  27 #include "itkImageSeriesReader.h"
  28 #include "itkImageFileWriter.h"
  29
  30 namespace clitk
  31 {
  32
  33 //--------------------------------------------------------------------
  34 // New Image creation (no allocation)
  35 template<class PixelType>
  36 typename itk::Image<PixelType,1>::Pointer NewImage1D(int size, double spacing=1.0);
  37 template<class PixelType>
  38 typename itk::Image<PixelType,2>::Pointer NewImage2D(int sx, int sy, double dx=1.0, double dy=1.0);
  39 template<class PixelType>
  40 typename itk::Image<PixelType,3>::Pointer NewImage3D(int sx, int sy, int sz, double dx=1.0, double dy=1.0, double dz=1.0);
  41 template<class PixelType>
  42 typename itk::Image<PixelType,4>::Pointer NewImage4D(int sx, int sy, int sz, int st, double dx=1.0, double dy=1.0, double dz=1.0, double dt=1.0);
  43
  44 template<class ImageType>
  45 typename ImageType::Pointer NewImageLike(const typename ImageType::Pointer input, bool allocate=true);
  46
  47 template<class ImageType>
  48 void CopyValues(const typename ImageType::Pointer input, typename ImageType::Pointer output);
  49 //--------------------------------------------------------------------
  50 // New Image creation (with allocation)
  51
  52 //--------------------------------------------------------------------
  53 // Read an Write image
  54 // template<class ImageType>
  55 //   typename ImageType::Pointer ReadImage(const std::string & filename, const bool verbose=false);
  56 template<typename ImageType>
  57 typename ImageType::Pointer readImage(const std::string & filename, const bool verbose=false);
  58 template<typename ImageType>
  59 typename ImageType::Pointer readImage(const std::vector<std::string> & filenames, const bool verbose=false);
  60 template<class ImageType>
  61 void writeImage(const typename ImageType::Pointer image, const std::string & filename, const bool verbose=false, const bool compression=false);
  62 //   template<class ImageType>
  63 //   void writeConstImage(const typename ImageType::ConstPointer image, const std::string & filename, const bool verbose=false);
  64 template<class ImageType>
  65 void writeImage(const ImageType* image, const std::string & filename, const bool verbose=false, const bool compression=false);
  66
  67 //--------------------------------------------------------------------
  68 // Read/print image header
  69 itk::ImageIOBase::Pointer readImageHeader(const std::string & filename,bool exit_on_error=true);
  70 void printImageHeader(itk::ImageIOBase::Pointer header, std::ostream & os, const int level=0);
  71
  72 //--------------------------------------------------------------------
  73 // Determine pixetype and dimension of an image file
  74 void ReadImageDimensionAndPixelType(const std::string & filename, int & dimension, std::string & pixeType);
  75
  76 //--------------------------------------------------------------------
  77 // Determine pixetype, dimension and number of pixel components  of an image file
  78 void ReadImageDimensionAndPixelType(const std::string & filename, int & dimension, std::string & pixeType, int & components);
  79
  80 //--------------------------------------------------------------------
  81 template<class ImageType>
  82 int ComputeHowManyDifferentIntensity(const typename ImageType::Pointer & image,
  83                                      std::vector<typename ImageType::PixelType> & listOfIntensities);
  84 template<class InputImageType, class MaskImageType>
  85 void ComputeWeightsOfEachClasses(const typename InputImageType::Pointer & input,
  86                                  const typename MaskImageType::Pointer & mask,
  87                                  const std::vector<typename MaskImageType::PixelType> & listOfIntensities,
  88                                  std::map<typename MaskImageType::PixelType,
  89                                  std::map<typename InputImageType::PixelType, double> > & mapOfLabelsAndWeights);
  90
  91 //--------------------------------------------------------------------
  92 template<class ImageType1, class ImageType2>
  93 bool HaveSameSpacing(typename ImageType1::ConstPointer A,
  94                      typename ImageType2::ConstPointer B);
  95
  96 template<class ImageType1, class ImageType2>
  97 bool HaveSameSpacing(typename ImageType1::Pointer A,
  98                      typename ImageType2::Pointer B);
  99
 100 //--------------------------------------------------------------------
 101 template<class ImageType1, class ImageType2>
 102 bool HaveSameSize(typename ImageType1::ConstPointer A,
 103                   typename ImageType2::ConstPointer B);
 104
 105 template<class ImageType1, class ImageType2>
 106 bool HaveSameSize(typename ImageType1::Pointer A,
 107                   typename ImageType2::Pointer B);
 108
 109 //--------------------------------------------------------------------
 110 template<class ImageType1, class ImageType2>
 111 bool HaveSameSizeAndSpacing(typename ImageType1::ConstPointer A,
 112                             typename ImageType2::ConstPointer B);
 113
 114 template<class ImageType1, class ImageType2>
 115 bool HaveSameSizeAndSpacing(typename ImageType1::Pointer A,
 116                             typename ImageType2::Pointer B);
 117
 118 #include "clitkImageCommon.txx"
 119
 120 } // end namespace
 121
 122 #endif /* end #define CLITKIMAGECOMMON_H */
 123