common/clitkImageCommon.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef CLITKIMAGECOMMON_H
  19 #define CLITKIMAGECOMMON_H
  20
  21 // clitk
  22 //#include "clitkCommon.h"
  23
  24 // itk
  25 #include "itkImage.h"
  26 #include "itkImageFileReader.h"
  27 #include "itkImageSeriesReader.h"
  28 #include "itkImageFileWriter.h"
  29 #include "gdcmFile.h"
  30 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
  31   #include "gdcmReader.h"
  32 #else
  33   #include "gdcmFileHelper.h"
  34 #endif
  35
  36 namespace clitk {
  37
  38   //--------------------------------------------------------------------
  39   // New Image creation (no allocation)
  40   template<class PixelType>
  41   typename itk::Image<PixelType,1>::Pointer NewImage1D(int size, double spacing=1.0);
  42   template<class PixelType>
  43   typename itk::Image<PixelType,2>::Pointer NewImage2D(int sx, int sy, double dx=1.0, double dy=1.0);
  44   template<class PixelType>
  45   typename itk::Image<PixelType,3>::Pointer NewImage3D(int sx, int sy, int sz, double dx=1.0, double dy=1.0, double dz=1.0);
  46   template<class PixelType>
  47   typename itk::Image<PixelType,4>::Pointer NewImage4D(int sx, int sy, int sz, int st, double dx=1.0, double dy=1.0, double dz=1.0, double dt=1.0);
  48
  49   template<class ImageType>
  50   typename ImageType::Pointer NewImageLike(const typename ImageType::Pointer input, bool allocate=true);
  51
  52   template<class ImageType>
  53   void CopyValues(const typename ImageType::Pointer input, typename ImageType::Pointer output);
  54   //--------------------------------------------------------------------
  55   // New Image creation (with allocation)
  56
  57   //--------------------------------------------------------------------
  58   // Read an Write image
  59   // template<class ImageType>
  60   //   typename ImageType::Pointer ReadImage(const std::string & filename, const bool verbose=false);
  61   template<typename ImageType>
  62   typename ImageType::Pointer readImage(const std::string & filename, const bool verbose=false);
  63   template<typename ImageType>
  64   typename ImageType::Pointer readImage(const std::vector<std::string> & filenames, const bool verbose=false);
  65   template<class ImageType>
  66   void writeImage(const typename ImageType::Pointer image, const std::string & filename, const bool verbose=false);
  67 //   template<class ImageType>
  68 //   void writeConstImage(const typename ImageType::ConstPointer image, const std::string & filename, const bool verbose=false);
  69   template<class ImageType>
  70   void writeImage(const ImageType* image, const std::string & filename, const bool verbose=false);
  71
  72   //--------------------------------------------------------------------
  73   // Read/print image header
  74   itk::ImageIOBase::Pointer readImageHeader(const std::string & filename,bool exit_on_error=true);
  75   void printImageHeader(itk::ImageIOBase::Pointer header, std::ostream & os, const int level=0);
  76
  77   //--------------------------------------------------------------------
  78   // Determine pixetype and dimension of an image file
  79   void ReadImageDimensionAndPixelType(const std::string & filename, int & dimension, std::string & pixeType);
  80
  81   //--------------------------------------------------------------------
  82   // Determine pixetype, dimension and number of pixel components  of an image file
  83   void ReadImageDimensionAndPixelType(const std::string & filename, int & dimension, std::string & pixeType, int & components);
  84
  85   //--------------------------------------------------------------------
  86   // Read a dicom header
  87   gdcm::File * readDicomHeader(const std::string & filename, const bool verbose=false);
  88
  89   //--------------------------------------------------------------------
  90   template<class ImageType>
  91   int ComputeHowManyDifferentIntensity(const typename ImageType::Pointer & image,
  92                                        std::vector<typename ImageType::PixelType> & listOfIntensities);
  93   template<class InputImageType, class MaskImageType>
  94   void ComputeWeightsOfEachClasses(const typename InputImageType::Pointer & input,
  95                                    const typename MaskImageType::Pointer & mask,
  96                                    const std::vector<typename MaskImageType::PixelType> & listOfIntensities,
  97                                    std::map<typename MaskImageType::PixelType,
  98                                    std::map<typename InputImageType::PixelType, double> > & mapOfLabelsAndWeights);
  99
 100   //--------------------------------------------------------------------
 101   template<class ImageType1, class ImageType2>
 102   bool HaveSameSizeAndSpacing(typename ImageType1::ConstPointer A,
 103                              typename ImageType2::ConstPointer B);
 104
 105   template<class ImageType1, class ImageType2>
 106   bool HaveSameSizeAndSpacing(typename ImageType1::Pointer A,
 107                              typename ImageType2::Pointer B);
 108
 109   //--------------------------------------------------------------------
 110   template<class ImageType1, class ImageType2>
 111   bool HaveSameSpacing(typename ImageType1::ConstPointer A,
 112                        typename ImageType2::ConstPointer B);
 113
 114   template<class ImageType1, class ImageType2>
 115   bool HaveSameSpacing(typename ImageType1::Pointer A,
 116                        typename ImageType2::Pointer B);
 117
 118 #include "clitkImageCommon.txx"
 119
 120 } // end namespace
 121
 122 #endif /* end #define CLITKIMAGECOMMON_H */
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