common/clitkImageCommon.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef CLITKIMAGECOMMON_H
  19 #define CLITKIMAGECOMMON_H
  20
  21 // clitk
  22 #include "clitkCommon.h"
  23
  24 // itk
  25 #include "itkImage.h"
  26 #include "itkImageFileReader.h"
  27 #include "itkImageSeriesReader.h"
  28 #include "itkImageFileWriter.h"
  29 #include "gdcmFile.h"
  30 #include "gdcmFileHelper.h"
  31
  32
  33 namespace clitk {
  34
  35   //--------------------------------------------------------------------
  36   // New Image creation (no allocation)
  37   template<class PixelType>
  38   typename itk::Image<PixelType,1>::Pointer NewImage1D(int size, double spacing=1.0);
  39   template<class PixelType>
  40   typename itk::Image<PixelType,2>::Pointer NewImage2D(int sx, int sy, double dx=1.0, double dy=1.0);
  41   template<class PixelType>
  42   typename itk::Image<PixelType,3>::Pointer NewImage3D(int sx, int sy, int sz, double dx=1.0, double dy=1.0, double dz=1.0);
  43   template<class PixelType>
  44   typename itk::Image<PixelType,4>::Pointer NewImage4D(int sx, int sy, int sz, int st, double dx=1.0, double dy=1.0, double dz=1.0, double dt=1.0);
  45
  46   template<class ImageType>
  47   typename ImageType::Pointer NewImageLike(const typename ImageType::Pointer input, bool allocate=true);
  48
  49   template<class ImageType>
  50   void CopyValues(const typename ImageType::Pointer input, typename ImageType::Pointer output);
  51   //--------------------------------------------------------------------
  52   // New Image creation (with allocation)
  53
  54   //--------------------------------------------------------------------
  55   // Read an Write image
  56   // template<class ImageType>
  57   //   typename ImageType::Pointer ReadImage(const std::string & filename, const bool verbose=false);
  58   template<typename ImageType>
  59   typename ImageType::Pointer readImage(const std::string & filename, const bool verbose=false);
  60   template<typename ImageType>
  61   typename ImageType::Pointer readImage(const std::vector<std::string> & filenames, const bool verbose=false);
  62   template<class ImageType>
  63   void writeImage(const typename ImageType::Pointer image, const std::string & filename, const bool verbose=false);
  64 //   template<class ImageType>
  65 //   void writeConstImage(const typename ImageType::ConstPointer image, const std::string & filename, const bool verbose=false);
  66   template<class ImageType>
  67   void writeImage(const ImageType* image, const std::string & filename, const bool verbose=false);
  68
  69   //--------------------------------------------------------------------
  70   // Read/print image header
  71   itk::ImageIOBase::Pointer readImageHeader(const std::string & filename,bool exit_on_error=true);
  72   void printImageHeader(itk::ImageIOBase::Pointer header, std::ostream & os, const int level=0);
  73
  74   //--------------------------------------------------------------------
  75   // Determine pixetype and dimension of an image file
  76   void ReadImageDimensionAndPixelType(const std::string & filename, int & dimension, std::string & pixeType);
  77
  78   //--------------------------------------------------------------------
  79   // Determine pixetype, dimension and number of pixel components  of an image file
  80   void ReadImageDimensionAndPixelType(const std::string & filename, int & dimension, std::string & pixeType, int & components);
  81
  82   //--------------------------------------------------------------------
  83   // Read a dicom header
  84   gdcm::File * readDicomHeader(const std::string & filename, const bool verbose=false);
  85
  86   //--------------------------------------------------------------------
  87   template<class ImageType>
  88   int ComputeHowManyDifferentIntensity(const typename ImageType::Pointer & image,
  89                                        std::vector<typename ImageType::PixelType> & listOfIntensities);
  90   template<class InputImageType, class MaskImageType>
  91   void ComputeWeightsOfEachClasses(const typename InputImageType::Pointer & input,
  92                                    const typename MaskImageType::Pointer & mask,
  93                                    const std::vector<typename MaskImageType::PixelType> & listOfIntensities,
  94                                    std::map<typename MaskImageType::PixelType,
  95                                    std::map<typename InputImageType::PixelType, double> > & mapOfLabelsAndWeights);
  96
  97   //--------------------------------------------------------------------
  98   template<class ImageType1, class ImageType2>
  99   bool HaveSameSizeAndSpacing(typename ImageType1::ConstPointer A,
 100                              typename ImageType2::ConstPointer B);
 101
 102   template<class ImageType1, class ImageType2>
 103   bool HaveSameSizeAndSpacing(typename ImageType1::Pointer A,
 104                              typename ImageType2::Pointer B);
 105
 106   //--------------------------------------------------------------------
 107   template<class ImageType1, class ImageType2>
 108   bool HaveSameSpacing(typename ImageType1::ConstPointer A,
 109                        typename ImageType2::ConstPointer B);
 110
 111   template<class ImageType1, class ImageType2>
 112   bool HaveSameSpacing(typename ImageType1::Pointer A,
 113                        typename ImageType2::Pointer B);
 114
 115 #include "clitkImageCommon.txx"
 116
 117 } // end namespace
 118
 119 #endif /* end #define CLITKIMAGECOMMON_H */
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