common/clitkImageUtilities.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef CLITKIMAGEUTILITIES_TXX
  19 #define CLITKIMAGEUTILITIES_TXX
  20 /**
  21  =================================================
  22  * @file   clitkImageUtilities.txx
  23  * @author David Sarrut <david.sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
  24  * @date   22 Sep 2006 10:39:48
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  *
  29  =================================================*/
  30
  31 //====================================================================
  32 // Compute the number of different intensities in an image
  33 template<class ImageType>
  34 int ComputeHowManyDifferentIntensity(const typename ImageType::Pointer & image,
  35                                      std::vector<typename ImageType::PixelType> & l)
  36 {
  37   //std::set<typename ImageType::PixelType> listOfIntensities;
  38   std::map<typename ImageType::PixelType, bool> listOfIntensities;
  39   //  listOfIntensities.resize(0);
  40   typedef itk::ImageRegionConstIterator<ImageType> ConstIteratorType;
  41   ConstIteratorType pi(image, image->GetLargestPossibleRegion());
  42   pi.Begin();
  43   while (!pi.IsAtEnd()) {
  44     if (!listOfIntensities[pi.Get()]) listOfIntensities[pi.Get()] = true;
  45     // if (std::find(listOfIntensities.begin(),
  46 //                                listOfIntensities.end(),
  47 //                                pi.Get()) == listOfIntensities.end()) {
  48 //        listOfIntensities.insert(pi.Get());
  49 //      }
  50     ++pi;
  51   }
  52
  53   //typename std::set<typename ImageType::PixelType>::const_iterator ppi = listOfIntensities.begin();
  54   typename std::map<typename ImageType::PixelType, bool>::const_iterator ppi = listOfIntensities.begin();
  55   while (ppi != listOfIntensities.end()) {
  56     l.push_back(ppi->first);
  57     ++ppi;
  58   }
  59
  60   return listOfIntensities.size();
  61 }
  62 //====================================================================
  63
  64 //====================================================================
  65 template<class InputImageType, class MaskImageType>
  66 void ComputeWeightsOfEachClasses(const typename InputImageType::Pointer & input,
  67                                  const typename MaskImageType::Pointer & mask,
  68                                  const std::vector<typename MaskImageType::PixelType> & listOfIntensities,
  69                                  std::map<typename MaskImageType::PixelType,
  70                                  std::map<typename InputImageType::PixelType, double> > & mapOfLabelsAndWeights)
  71 {
  72   // Check size
  73   if (input->GetLargestPossibleRegion() != mask->GetLargestPossibleRegion()) {
  74     itkGenericExceptionMacro(<< "Input and mask images have not the same size"
  75                              << std::endl
  76                              << "Input = " << input->GetLargestPossibleRegion()
  77                              << std::endl
  78                              << "Mask = " << mask->GetLargestPossibleRegion());
  79   }
  80
  81   // reset weights list
  82   mapOfLabelsAndWeights.clear();
  83
  84   // loop
  85   typedef itk::ImageRegionConstIterator<InputImageType> ConstInputIteratorType;
  86   ConstInputIteratorType pi(input, input->GetLargestPossibleRegion());
  87   typedef itk::ImageRegionConstIterator<MaskImageType> ConstMaskIteratorType;
  88   ConstMaskIteratorType pm(mask, mask->GetLargestPossibleRegion());
  89   pi.Begin();
  90   pm.Begin();
  91   while (!pi.IsAtEnd()) {
  92     mapOfLabelsAndWeights[pm.Get()][pi.Get()]++;
  93     ++pi;
  94     ++pm;
  95   }
  96 }
  97 //====================================================================
  98
  99 // //====================================================================
 100 // template<class ImageType>
 101 // typename ImageType::Pointer NewImage3D(int x, int y, int z, float dx, float dy, float dz) {
 102 //   typename ImageType::Pointer output = ImageType::New();
 103 //   typename ImageType::RegionType region;
 104 //   typename ImageType::SizeType size;
 105 //   size[0] = x;
 106 //   size[1] = y;
 107 //   size[2] = z;
 108 //   region.SetSize(size);
 109 //   output->SetRegions(region);
 110 //   output->Allocate();
 111 //   typename ImageType::SpacingType spacing;
 112 //   spacing[0] = dx;
 113 //   spacing[1] = dy;
 114 //   spacing[2] = dz;
 115 //   output->SetSpacing(spacing);
 116 //   return output;
 117 // }
 118 // //====================================================================
 119
 120
 121 #endif /* end #define CLITKIMAGEUTILITIES_TXX */
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