common/clitkOrientation.cxx

   1 #ifndef CLITKORIENTATION_CXX
   2 #define CLITKORIENTATION_CXX
   3 /**
   4    =================================================
   5    * @file   clitkOrientation.cxx
   6    * @author David Sarrut <david.sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
   7    * @date   01 Nov 2006 18:02:49
   8    *
   9    * @brief
  10    *
  11    *
  12    =================================================*/
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  14 #include "clitkOrientation.h"
  15
  16 //====================================================================
  17 itk::SpatialOrientation::CoordinateTerms clitk::GetOrientation(char c)
  18 {
  19   if ((c == 'R') || (c == 'r')) return itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Right;
  20   if ((c == 'L') || (c == 'l')) return itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Left;
  21   if ((c == 'P') || (c == 'p')) return itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Posterior;
  22   if ((c == 'A') || (c == 'a')) return itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Anterior;
  23   if ((c == 'I') || (c == 'i')) return itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Inferior;
  24   if ((c == 'S') || (c == 's')) return itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Superior;
  25   std::cerr <<"I don't know the orientation '" << c
  26             << "'. Valid letters are LR/AP/IS (or in lowercase)" << std::endl;
  27   exit(0);
  28 }
  29 //====================================================================
  30
  31 //====================================================================
  32 bool clitk::CheckOrientation(itk::SpatialOrientation::CoordinateTerms a,
  33                              itk::SpatialOrientation::CoordinateTerms b)
  34 {
  35   if ((a==itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Right) ||
  36       (a==itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Left)) {
  37     if ((b==itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Right) ||
  38         (b==itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Left)) {
  39       return false;
  40     }
  41   }
  42   if ((a==itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Posterior) ||
  43       (a==itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Anterior)) {
  44     if ((b==itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Posterior) ||
  45         (b==itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Anterior)) {
  46       return false;
  47     }
  48   }
  49   if ((a==itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Inferior) ||
  50       (a==itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Superior)) {
  51     if ((b==itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Inferior) ||
  52         (b==itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Superior)) {
  53       return false;
  54     }
  55   }
  56   return true;
  57 }
  58 //====================================================================
  59
  60 //====================================================================
  61 itk::SpatialOrientation::ValidCoordinateOrientationFlags clitk::GetOrientation(char a, char b, char c)
  62 {
  63   itk::SpatialOrientation::CoordinateTerms f1 = clitk::GetOrientation(a);
  64   itk::SpatialOrientation::CoordinateTerms f2 = clitk::GetOrientation(b);
  65   itk::SpatialOrientation::CoordinateTerms f3 = clitk::GetOrientation(c);
  66
  67   if (CheckOrientation(f1, f2) && CheckOrientation(f2,f3) && CheckOrientation(f1,f3)) {
  68     return static_cast<itk::SpatialOrientation::ValidCoordinateOrientationFlags>(
  69                                                                                  (f1     << itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_PrimaryMinor)
  70                                                                                  + (f2  << itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_SecondaryMinor)
  71                                                                                  + (f3 << itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_TertiaryMinor));
  72   }
  73   std::cerr <<"I don't know the orientation '" << a << b << c
  74             << "'. Valid letters are LR/AP/IS (or in lowercase)" << std::endl;
  75   exit(0);
  76 }
  77 //====================================================================
  78
  79 //====================================================================
  80 itk::SpatialOrientation::ValidCoordinateOrientationFlags clitk::GetOrientation(const std::string & orient)
  81 {
  82   if (orient.size() >= 3) return GetOrientation(orient[0], orient[1], orient[2]);
  83   std::cerr <<"I don't know the orientation '" << orient
  84             << "'. Valid string are three letters LR/AP/IS (or in lowercase)" << std::endl;
  85   exit(0);
  86 }
  87 //====================================================================
  88
  89 //====================================================================
  90 itk::SpatialOrientation::CoordinateTerms clitk::GetOrientation(const int i, const itk::SpatialOrientation::ValidCoordinateOrientationFlags orient)
  91 {
  92   if (i==0) return static_cast<itk::SpatialOrientation::CoordinateTerms>((orient << 24) >> 24);
  93   if (i==1) return static_cast<itk::SpatialOrientation::CoordinateTerms>((orient << 16) >> 24);
  94   if (i==2) return static_cast<itk::SpatialOrientation::CoordinateTerms>(orient >> 16);
  95   std::cerr <<"Invalid index = " << i << " in GetOrientation" << std::endl;
  96   exit(0);
  97 }
  98 //====================================================================
  99
 100 //====================================================================
 101 int clitk::WhereIsDimInThisOrientation(const int dim, const itk::SpatialOrientation::ValidCoordinateOrientationFlags flag) {
 102   if (dim ==0) {
 103     for(int i=0; i<3; i++) {
 104       int j = GetOrientation(i, flag);
 105       if ((j == itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Right) ||
 106           (j == itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Left)) return i;
 107     }
 108   }
 109   if (dim ==1) {
 110     for(int i=0; i<3; i++) {
 111       int j = GetOrientation(i, flag);
 112       if ((j == itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Anterior) ||
 113           (j == itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Posterior)) return i;
 114     }
 115   }
 116   if (dim ==2) {
 117     for(int i=0; i<3; i++) {
 118       int j = GetOrientation(i, flag);
 119       if ((j == itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Superior) ||
 120           (j == itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Inferior)) return i;
 121     }
 122   }
 123   return 0; // just to avoid warning
 124 }
 125 //====================================================================
 126
 127 //====================================================================
 128 int clitk::GetDim(const itk::SpatialOrientation::CoordinateTerms t)
 129 {
 130   if ((t == itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Right) ||
 131       (t == itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Left)) return 0;
 132   if ((t == itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Anterior) ||
 133       (t == itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Posterior)) return 1;
 134   if ((t == itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Inferior) ||
 135       (t == itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Superior)) return 2;
 136   std::cerr <<"Invalid CoordinateTerms = " << t << std::endl;
 137   exit(0);
 138 }
 139 //====================================================================
 140
 141 //====================================================================
 142 void clitk::FlipPoint(const itk::Point<double, 3> in,
 143                       const itk::SpatialOrientation::ValidCoordinateOrientationFlags inFlag,
 144                       const itk::SpatialOrientation::ValidCoordinateOrientationFlags outFlag,
 145                       const itk::Point<double, 3> & imageSize,
 146                       itk::Point<double, 3> & out)
 147 {
 148   for(int i=0; i<3; i++) {
 149     // DD(i);
 150     itk::SpatialOrientation::CoordinateTerms inT = GetOrientation(i, inFlag);
 151     // DD(inT);
 152     int inDim = GetDim(inT);
 153     // DD(inDim);
 154     int outDim = WhereIsDimInThisOrientation(inDim, outFlag);
 155     // DD(outDim);
 156     //  DD(in[i]);
 157     if (inT == GetOrientation(outDim, outFlag)) out[outDim] = in[i];
 158     else out[outDim] = imageSize[i]-in[i];
 159     // DD(out[outDim]);
 160   }
 161 }
 162 //====================================================================
 163
 164 #endif /* end #define CLITKORIENTATION_CXX */
 165