common/clitkVfImageIO.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef CLITKVFIMAGEIO_CXX
  19 #define CLITKVFIMAGEIO_CXX
  20
  21 /**
  22  * @file   clitkVfImageIO.cxx
  23  * @author Simon Rit <simon.rit@gmail.com>
  24  * @date   Mon Sep 18 10:14:53 2006
  25  *
  26  * @brief  VectorField .vf I/O implementation
  27  *
  28  *
  29  */
  30
  31 // clitk include
  32 #include "clitkVfImageIO.h"
  33
  34 // itk include (for itkReadRawBytesAfterSwappingMacro)
  35 #include "itkRawImageIO.h"
  36
  37 //====================================================================
  38 // Read Image Information
  39 void clitk::VfImageIO::ReadImageInformation()
  40 {
  41   // open file
  42   std::ifstream is;
  43   clitk::openFileForReading(is, m_FileName);
  44   // read magic number
  45   std::string mn;
  46   is >> mn;
  47   //DD(mn);
  48   if (mn != "IAMA3DVECTORFIELD") {
  49     itkExceptionMacro(<<"read magic number '" << mn << "' while expect IAMA3DVECTORFIELD");
  50   }
  51   // read vf file version
  52   skipComment(is);
  53   is >> mn;
  54   //DD(mn);
  55   if (mn != "V2") {
  56     itkExceptionMacro(<<"read old format '" << mn << "'. TODO");
  57   }
  58
  59   // read grid size/spacing
  60   itk::Vector<unsigned int,3> dim;
  61   itk::Vector<double,3> spacing;
  62   itk::Vector<double,3> origin;
  63   origin.Fill(0.0);
  64   skipComment(is);
  65   is >> dim[0];
  66   is >> dim[1];
  67   is >> dim[2];
  68   // DD(dim);
  69   is >> spacing[0];
  70   is >> spacing[1];
  71   is >> spacing[2];
  72   // DD(spacing);
  73
  74   // get header size
  75   m_HeaderSize = is.tellg();
  76   m_HeaderSize+=2;
  77
  78   // set dimension values
  79   SetNumberOfDimensions(3);
  80   for(unsigned int i=0; i<3; i++) {
  81     SetDimensions(i,dim[i]);
  82     SetSpacing(i,spacing[i]);
  83     SetOrigin(i,origin[i]);
  84   }
  85
  86   // set other information
  87   SetByteOrderToLittleEndian();
  88   SetPixelType(itk::ImageIOBase::VECTOR);
  89   SetNumberOfComponents(3);
  90   SetComponentType(itk::ImageIOBase::FLOAT);
  91 } ////
  92
  93 //====================================================================
  94 // Read Image Information
  95 bool clitk::VfImageIO::CanReadFile(const char* FileNameToRead)
  96 {
  97   std::string filename(FileNameToRead);
  98   std::string filenameext = GetExtension(filename);
  99   if (filenameext != std::string("vf")) return false;
 100   return true;
 101 } ////
 102
 103 //====================================================================
 104 // Read Image Content
 105 void clitk::VfImageIO::Read(void * buffer)
 106 {
 107   // Adapted from itkRawImageIO
 108
 109   std::ifstream file;
 110   openFileForReading(file, m_FileName);
 111
 112   // Offset into file
 113   unsigned long streamStart = m_HeaderSize;
 114   file.seekg((long)streamStart, std::ios::beg);
 115   if ( file.fail() ) {
 116     itkExceptionMacro(<<"File seek failed (Vf Read)");
 117   }
 118
 119   float * tmpBuff = new float[GetImageSizeInComponents()];
 120   if(!this->ReadBufferAsBinary(file, tmpBuff, GetImageSizeInBytes())) {
 121     itkExceptionMacro(<<"Read failed: Wanted "
 122                       << GetImageSizeInBytes()
 123                       << " bytes, but read "
 124                       << file.gcount() << " bytes.");
 125   }
 126   itkDebugMacro(<< "Reading Done");
 127
 128   float *pb = (float *)buffer;
 129   float *px = tmpBuff;
 130   float *py = tmpBuff + GetImageSizeInPixels();
 131   float *pz = tmpBuff + 2 * GetImageSizeInPixels();
 132   const float *pbe = (float *)buffer + GetImageSizeInComponents();
 133   while(pb != pbe) {
 134     *pb++ = (*px++)*GetSpacing(0);
 135     *pb++ = (*py++)*GetSpacing(1);
 136     *pb++ = (*pz++)*GetSpacing(2);
 137   }
 138   delete [] tmpBuff;
 139
 140   typedef itk::ByteSwapper< float > InternalByteSwapperType;
 141   InternalByteSwapperType::SwapRangeFromSystemToLittleEndian((float *)buffer, GetImageSizeInComponents());
 142 }
 143
 144 //====================================================================
 145 // Write Image Information
 146 void clitk::VfImageIO::WriteImageInformation(bool keepOfStream)
 147 {
 148   // Check dimension
 149   if (GetNumberOfDimensions() != 3) {
 150     itkExceptionMacro(<<"Write failed: only 3D image for Vf file format yet.");
 151   }
 152
 153   // Open the file
 154   clitk::openFileForWriting(file, m_FileName);
 155   file.precision(40);
 156   // write magic number
 157   file << "IAMA3DVECTORFIELD V2 " << std::endl;
 158   // write grid size/spacing
 159   file << GetDimensions(0) << ' '
 160        << GetDimensions(1) << ' '
 161        << GetDimensions(2) << ' '
 162        << GetSpacing(0) << ' '
 163        << GetSpacing(1) << ' '
 164        << GetSpacing(2) << ' ' << std::endl;
 165
 166   // close file
 167   if (!keepOfStream) file.close();
 168 }
 169
 170 //====================================================================
 171 // Write Image Information
 172 bool clitk::VfImageIO::CanWriteFile(const char* FileNameToWrite)
 173 {
 174   std::string filename(FileNameToWrite);
 175   std::string filenameext = GetExtension(filename);
 176   if (filenameext != std::string("vf")) return false;
 177   return true;
 178 }
 179
 180 //====================================================================
 181 // Write Image
 182 void clitk::VfImageIO::Write(const void * buffer)
 183 {
 184   clitk::VfImageIO::WriteImageInformation(true);
 185
 186   typedef itk::ByteSwapper< float > InternalByteSwapperType;
 187   std::cout << "GetImageSizeInBytes() " << GetImageSizeInBytes() << std::endl;
 188   float* tempBuffer = new float[ GetImageSizeInPixels() ];
 189
 190
 191   for(int i=0 ; i< 3 ; i++) {
 192     float *pb = (float *)buffer;
 193     pb+=i;
 194     float *ptb = tempBuffer;
 195     const float *pbe = (float *)buffer + GetImageSizeInComponents() + i;
 196     while(pb != pbe) {
 197       *ptb++ = (*pb)/GetSpacing(i);
 198       pb+=3;
 199     }
 200     InternalByteSwapperType::SwapRangeFromSystemToLittleEndian(tempBuffer,GetImageSizeInPixels());
 201     file.write((char*)tempBuffer, GetImageSizeInBytes()/3 );
 202   }
 203   delete [] tempBuffer;
 204
 205   file.close();
 206 } ////
 207
 208 #endif /* end #define CLITKVFIMAGEIO_CXX */
 209