common/clitkVfImageIO.cxx

   1 #ifndef CLITKVFIMAGEIO_CXX
   2 #define CLITKVFIMAGEIO_CXX
   3
   4 /**
   5  * @file   clitkVfImageIO.cxx
   6  * @author Simon Rit <simon.rit@gmail.com>
   7  * @date   Mon Sep 18 10:14:53 2006
   8  *
   9  * @brief  VectorField .vf I/O implementation
  10  *
  11  *
  12  */
  13
  14 // clitk include
  15 #include "clitkVfImageIO.h"
  16
  17 // itk include (for itkReadRawBytesAfterSwappingMacro)
  18 #include "itkRawImageIO.h"
  19
  20 //====================================================================
  21 // Read Image Information
  22 void clitk::VfImageIO::ReadImageInformation()
  23 {
  24   // open file
  25   std::ifstream is;
  26   clitk::openFileForReading(is, m_FileName);
  27   // read magic number
  28   std::string mn;
  29   is >> mn;
  30   //DD(mn);
  31   if (mn != "IAMA3DVECTORFIELD") {
  32         itkExceptionMacro(<<"read magic number '" << mn << "' while expect IAMA3DVECTORFIELD");
  33   }
  34   // read vf file version
  35   skipComment(is);
  36   is >> mn;
  37   //DD(mn);
  38   if (mn != "V2") {
  39         itkExceptionMacro(<<"read old format '" << mn << "'. TODO");
  40   }
  41
  42   // read grid size/spacing
  43   itk::Vector<unsigned int,3> dim;
  44   itk::Vector<double,3> spacing;
  45   itk::Vector<double,3> origin;
  46   origin.Fill(0.0);
  47   skipComment(is);
  48   is >> dim[0];
  49   is >> dim[1];
  50   is >> dim[2];
  51   // DD(dim);
  52   is >> spacing[0];
  53   is >> spacing[1];
  54   is >> spacing[2];
  55   // DD(spacing);
  56
  57   // get header size
  58   m_HeaderSize = is.tellg();
  59   m_HeaderSize+=2;
  60
  61   // set dimension values
  62   SetNumberOfDimensions(3);
  63   for(unsigned int i=0; i<3; i++) {
  64         SetDimensions(i,dim[i]);
  65         SetSpacing(i,spacing[i]);
  66         SetOrigin(i,origin[i]);
  67   }
  68
  69   // set other information
  70   SetByteOrderToLittleEndian();
  71   SetPixelType(itk::ImageIOBase::VECTOR);
  72   SetNumberOfComponents(3);
  73   SetComponentType(itk::ImageIOBase::FLOAT);
  74 } ////
  75
  76 //====================================================================
  77 // Read Image Information
  78 bool clitk::VfImageIO::CanReadFile(const char* FileNameToRead)
  79 {
  80   std::string filename(FileNameToRead);
  81   std::string filenameext = GetExtension(filename);
  82   if (filenameext != std::string("vf")) return false;
  83   return true;
  84 } ////
  85
  86 //====================================================================
  87 // Read Image Content
  88 void clitk::VfImageIO::Read(void * buffer)
  89 {
  90   // Adapted from itkRawImageIO
  91
  92   std::ifstream file;
  93   openFileForReading(file, m_FileName);
  94
  95   // Offset into file
  96   unsigned long streamStart = m_HeaderSize;
  97   file.seekg((long)streamStart, std::ios::beg);
  98   if ( file.fail() ) {
  99         itkExceptionMacro(<<"File seek failed (Vf Read)");
 100   }
 101
 102   float * tmpBuff = new float[GetImageSizeInComponents()];
 103   if(!this->ReadBufferAsBinary(file, tmpBuff, GetImageSizeInBytes())) {
 104         itkExceptionMacro(<<"Read failed: Wanted "
 105                                           << GetImageSizeInBytes()
 106                                           << " bytes, but read "
 107                                           << file.gcount() << " bytes.");
 108   }
 109   itkDebugMacro(<< "Reading Done");
 110
 111   float *pb = (float *)buffer;
 112   float *px = tmpBuff;
 113   float *py = tmpBuff + GetImageSizeInPixels();
 114   float *pz = tmpBuff + 2 * GetImageSizeInPixels();
 115   const float *pbe = (float *)buffer + GetImageSizeInComponents();
 116   while(pb != pbe){
 117     *pb++ = (*px++)*GetSpacing(0);
 118     *pb++ = (*py++)*GetSpacing(1);
 119     *pb++ = (*pz++)*GetSpacing(2);
 120   }
 121   delete [] tmpBuff;
 122
 123   typedef itk::ByteSwapper< float > InternalByteSwapperType;
 124   InternalByteSwapperType::SwapRangeFromSystemToLittleEndian((float *)buffer, GetImageSizeInComponents());
 125 }
 126
 127 //====================================================================
 128 // Write Image Information
 129 void clitk::VfImageIO::WriteImageInformation(bool keepOfStream)
 130 {
 131   // Check dimension
 132   if (GetNumberOfDimensions() != 3) {
 133         itkExceptionMacro(<<"Write failed: only 3D image for Vf file format yet.");
 134   }
 135
 136   // Open the file
 137   clitk::openFileForWriting(file, m_FileName);
 138   // write magic number
 139   file << "IAMA3DVECTORFIELD V2 " << std::endl;
 140   // write grid size/spacing
 141   file << GetDimensions(0) << ' '
 142            << GetDimensions(1) << ' '
 143            << GetDimensions(2) << ' '
 144            << GetSpacing(0) << ' '
 145            << GetSpacing(1) << ' '
 146            << GetSpacing(2) << ' ' << std::endl;
 147
 148   // close file
 149   if (!keepOfStream) file.close();
 150 }
 151
 152 //====================================================================
 153 // Write Image Information
 154 bool clitk::VfImageIO::CanWriteFile(const char* FileNameToWrite)
 155 {
 156   std::string filename(FileNameToWrite);
 157   std::string filenameext = GetExtension(filename);
 158   if (filenameext != std::string("vf")) return false;
 159   return true;
 160 }
 161
 162 //====================================================================
 163 // Write Image
 164 void clitk::VfImageIO::Write(const void * buffer)
 165 {
 166   clitk::VfImageIO::WriteImageInformation(true);
 167
 168   typedef itk::ByteSwapper< float > InternalByteSwapperType;
 169   std::cout << "GetImageSizeInBytes() " << GetImageSizeInBytes() << std::endl;
 170   float* tempBuffer = new float[ GetImageSizeInPixels() ];
 171
 172
 173   for(int i=0 ; i< 3 ; i++){
 174         float *pb = (float *)buffer;
 175         pb+=i;
 176         float *ptb = tempBuffer;
 177         const float *pbe = (float *)buffer + GetImageSizeInComponents() + i;
 178         while(pb != pbe){
 179           *ptb++ = (*pb)/GetSpacing(i);
 180           pb+=3;
 181         }
 182         InternalByteSwapperType::SwapRangeFromSystemToLittleEndian(tempBuffer,GetImageSizeInPixels());
 183         file.write((char*)tempBuffer, GetImageSizeInBytes()/3 );
 184   }
 185   delete [] tempBuffer;
 186
 187   file.close();
 188 } ////
 189
 190 #endif /* end #define CLITKVFIMAGEIO_CXX */
 191