]> Creatis software - clitk.git/blob - common/clitkVoxImageIO.cxx
Put back and refactored manual rigid registration
[clitk.git] / common / clitkVoxImageIO.cxx
1 /*=========================================================================
2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
3
4   Authors belong to:
5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
8
9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
12
13   It is distributed under dual licence
14
15   - BSD        See included LICENSE.txt file
16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
17 ===========================================================================**/
18 #ifndef CLITKVOXIMAGEIO_CXX
19 #define CLITKVOXIMAGEIO_CXX
20 /**
21    -------------------------------------------------
22    * @file   clitkVoxImageIO.cxx
23    * @author David Sarrut <david.sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
24    * @date   17 May 2006 08:03:07
25    *
26    * @brief
27    *
28    *
29    -------------------------------------------------*/
30
31 // clitk include
32 #include "clitkVoxImageIO.h"
33 #include "clitkCommon.h"
34
35 // itk include (for itkReadRawBytesAfterSwappingMacro)
36 #include "itkRawImageIO.h"
37
38 //--------------------------------------------------------------------
39 // Read Image Information
40 void clitk::VoxImageIO::ReadImageInformation()
41 {
42   // open file
43   std::ifstream is;
44   clitk::openFileForReading(is, m_FileName);
45   // read magic number
46   std::string mn;
47   is >> mn;
48   //DD(mn);
49   if (mn != "VOX") {
50     itkExceptionMacro(<<"read magic number '" << mn << "' while expect VOX");
51   }
52   // read vox file version
53   skipComment(is);
54   is >> mn;
55   //DD(mn);
56   if (mn != "v2") {
57     itkExceptionMacro(<<"read old format '" << mn << "'. TODO");
58   }
59
60   // ONLY 3D IMAGES YET ...
61
62   // read grid size/spacing
63   itk::Vector<unsigned int,3> dim;
64   itk::Vector<double,3> spacing;
65   itk::Vector<double,3> origin;
66   origin.Fill(0.0);
67   skipComment(is);
68   is >> dim[0];
69   is >> dim[1];
70   is >> dim[2];
71   //DD(dim);
72   skipComment(is);
73   is >> spacing[0];
74   is >> spacing[1];
75   is >> spacing[2];
76   //DD(spacing);
77   skipComment(is);
78   int d;
79   is >> d;
80   if (d != 3 && d != 2) {
81     itkExceptionMacro(<<"could not read no " << d << "D image (only 2D and 3D). TODO");
82   }
83   // read data type
84   skipComment(is);
85   std::string dataTypeName;
86   is >> dataTypeName;
87   //DD(dataTypeName);
88
89   // get header size
90   m_HeaderSize = is.tellg();
91   m_HeaderSize++;
92   //DD(m_HeaderSize);
93
94   // set dimension values
95   SetNumberOfDimensions(d);
96   for(int i=0; i<d; i++) {
97     SetDimensions(i,dim[i]);
98     SetSpacing(i,spacing[i]);
99     SetOrigin(i,origin[i]);
100   }
101
102   // set other information
103   SetByteOrderToLittleEndian();
104   SetPixelType(itk::ImageIOBase::SCALAR);
105   SetNumberOfComponents(1);
106
107   if (dataTypeName == "char") SetComponentType(itk::ImageIOBase::CHAR);
108   else if (dataTypeName == "schar") SetComponentType(itk::ImageIOBase::CHAR);
109   else if (dataTypeName == "uchar" || dataTypeName == "unsigned_char") SetComponentType(itk::ImageIOBase::UCHAR);
110   else if (dataTypeName == "sshort") SetComponentType(itk::ImageIOBase::SHORT);
111   else if (dataTypeName == "ushort") SetComponentType(itk::ImageIOBase::USHORT);
112   else if (dataTypeName == "int") SetComponentType(itk::ImageIOBase::INT);
113   else if (dataTypeName == "sint") SetComponentType(itk::ImageIOBase::INT);
114   else if (dataTypeName == "uint") SetComponentType(itk::ImageIOBase::UINT);
115   else if (dataTypeName == "float") SetComponentType(itk::ImageIOBase::FLOAT);
116   else if (dataTypeName == "double") SetComponentType(itk::ImageIOBase::DOUBLE);
117   else {
118     itkExceptionMacro(<<"Read failed: Wanted pixel type "
119                       << "(char, uchar, short, ushort, int, uint, float, double)"
120                       << " but read " << dataTypeName);
121   }
122
123 } ////
124
125 //--------------------------------------------------------------------
126 // Read Image Information
127 bool clitk::VoxImageIO::CanReadFile(const char* FileNameToRead)
128 {
129   std::string filename(FileNameToRead);
130   std::string filenameext = GetExtension(filename);
131   if (filenameext != std::string("vox")) return false;
132   return true;
133 } ////
134
135 //--------------------------------------------------------------------
136 // Read Image Content
137 void clitk::VoxImageIO::Read(void * buffer)
138 {
139   // Adapted from itkRawImageIO
140
141   std::ifstream file;
142   openFileForReading(file, m_FileName);
143
144   // Offset into file
145   unsigned long streamStart = m_HeaderSize;
146   file.seekg((long)streamStart, std::ios::beg);
147   if ( file.fail() ) {
148     itkExceptionMacro(<<"File seek failed (Vox Read)");
149   }
150
151   unsigned long numberOfBytesToBeRead = GetComponentSize();
152   for(unsigned int i=0; i<GetNumberOfDimensions(); i++) numberOfBytesToBeRead *= GetDimensions(i);
153
154   //DD(numberOfBytesToBeRead);
155
156   if(!this->ReadBufferAsBinary(file, buffer, numberOfBytesToBeRead)) {
157     itkExceptionMacro(<<"Read failed: Wanted "
158                       << numberOfBytesToBeRead
159                       << " bytes, but read "
160                       << file.gcount() << " bytes.");
161   }
162   itkDebugMacro(<< "Reading Done");
163
164   {
165     using namespace itk;
166     // Swap bytes if necessary
167     if itkReadRawBytesAfterSwappingMacro( unsigned short, USHORT )
168       else if itkReadRawBytesAfterSwappingMacro( short, SHORT )
169         else if itkReadRawBytesAfterSwappingMacro( char, CHAR )
170           else if itkReadRawBytesAfterSwappingMacro( unsigned char, UCHAR )
171             else if itkReadRawBytesAfterSwappingMacro( unsigned int, UINT )
172               else if itkReadRawBytesAfterSwappingMacro( int, INT )
173                 else if itkReadRawBytesAfterSwappingMacro( float, FLOAT )
174                   else if itkReadRawBytesAfterSwappingMacro( double, DOUBLE );
175   }
176 }
177
178 //--------------------------------------------------------------------
179 // Write Image Information
180 void clitk::VoxImageIO::WriteImageInformation(bool keepOfStream)
181 {
182   // Check dimension
183   if (GetNumberOfDimensions() != 3 &&  GetNumberOfDimensions() != 2) {
184     itkExceptionMacro(<<"Write failed: only 3D and 2D image for Vox file format yet.");
185   }
186
187   // Open the file
188   clitk::openFileForWriting(file, m_FileName);
189   // write magic number
190   file << "VOX v2" << std::endl;
191   // write grid size/spacing
192   file << "# Size" << std::endl;
193   file << GetDimensions(0) << " "
194        << GetDimensions(1) << " "
195        << GetDimensions(2) << std::endl;
196   file << "# Spacing" << std::endl;
197   file.precision(40);
198   file << GetSpacing(0) << " "
199        << GetSpacing(1) << " "
200        << GetSpacing(2) << std::endl;
201   file << "# Image dim" << std::endl << "3" << std::endl;
202   file << "# Image type" << std::endl;
203
204   std::string dataTypeName;
205   if (GetComponentType() == itk::ImageIOBase::CHAR) dataTypeName = "schar";
206   else if (GetComponentType() == itk::ImageIOBase::UCHAR) dataTypeName = "uchar";
207   else if (GetComponentType() == itk::ImageIOBase::SHORT) dataTypeName = "sshort";
208   else if (GetComponentType() == itk::ImageIOBase::USHORT) dataTypeName = "ushort";
209   else if (GetComponentType() == itk::ImageIOBase::INT) dataTypeName = "int";
210   else if (GetComponentType() == itk::ImageIOBase::UINT) dataTypeName = "uint";
211   else if (GetComponentType() == itk::ImageIOBase::FLOAT) dataTypeName = "float";
212   else if (GetComponentType() == itk::ImageIOBase::DOUBLE) dataTypeName = "double";
213   else {
214     itkExceptionMacro(<<"Write failed: Wanted pixel type "
215                       << "(char, uchar, short, ushort, int, uint, float, double)"
216                       << " but Vox is : " << dataTypeName);
217   }
218   file << dataTypeName << std::endl;
219
220   // close file
221   if (!keepOfStream) file.close();
222 }
223
224 //--------------------------------------------------------------------
225 // Write Image Information
226 bool clitk::VoxImageIO::CanWriteFile(const char* FileNameToWrite)
227 {
228   std::string filename(FileNameToWrite);
229   std::string filenameext = GetExtension(filename);
230   if (filenameext != std::string("vox")) return false;
231   return true;
232 }
233
234 //--------------------------------------------------------------------
235 // Write Image
236 void clitk::VoxImageIO::Write(const void * buffer)
237 {
238   clitk::VoxImageIO::WriteImageInformation(true);
239   SetByteOrderToLittleEndian();
240
241   //-------------------------------------------
242   // Cut & Paste from itkRawImageIO
243   // (warning BigEndian / LittleEndian)
244   const unsigned long numberOfBytes      = this->GetImageSizeInBytes();
245   const unsigned long numberOfComponents = this->GetImageSizeInComponents();
246   // Swap bytes if necessary
247   using namespace itk;
248   if itkWriteRawBytesAfterSwappingMacro( unsigned short, USHORT )
249     else if itkWriteRawBytesAfterSwappingMacro( short, SHORT )
250       else if itkWriteRawBytesAfterSwappingMacro( char, CHAR )
251         else if itkWriteRawBytesAfterSwappingMacro( unsigned char, UCHAR )
252           else if itkWriteRawBytesAfterSwappingMacro( unsigned int, UINT )
253             else if itkWriteRawBytesAfterSwappingMacro( int, INT )
254               else if itkWriteRawBytesAfterSwappingMacro( float, FLOAT )
255                 else if itkWriteRawBytesAfterSwappingMacro( double, DOUBLE ) ;
256   //-------------------------------------------
257
258   file.close();
259 } ////
260
261 #endif /* end #define CLITKVOXIMAGEIO_CXX */
262