]> Creatis software - clitk.git/blob - common/clitkXdrImageIOReader.cxx
Put back and refactored manual rigid registration
[clitk.git] / common / clitkXdrImageIOReader.cxx
1 /*=========================================================================
2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
3
4   Authors belong to:
5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
8
9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
12
13   It is distributed under dual licence
14
15   - BSD        See included LICENSE.txt file
16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
17 ===========================================================================**/
18 /**
19  * @file   clitkXdrImageIO.cxx
20  * @author Simon Rit <simon.rit@gmail.com>
21  * @date   Sun Jun  1 22:12:20 2008
22  *
23  * @brief
24  *
25  *
26  */
27
28 #include "clitkXdrImageIO.h"
29
30 // std include
31 #include <iostream>
32 #include <fstream>
33 #include <sstream>
34
35 //defines
36 #define MAXDIM 5
37 #ifdef _WIN32
38 #ifdef memicmp
39 #undef memicmp
40 #endif
41 #define memicmp _memicmp
42 #else
43 #define memicmp strncasecmp
44 #endif
45
46
47 // Based on a true story by the Nederlands Kanker Instituut (AVS_RXDR.CPP from the 20080414)
48 #include <stdio.h>
49 #include <string.h>
50 #include <math.h>
51 #include <stdlib.h>
52 #include <ctype.h>
53
54 /************************************************************************/
55 /*                    DEFINES, ENUMERATED TYPES AND CONSTANTS           */
56 /************************************************************************/
57 enum {
58   OK,
59   ER_ILLCOMMFUNCT,
60   ER_INARGUMENTS,
61   ER_XDR_NDIM,
62   ER_XDR_DIM,
63   ER_XDR_NSPACE,
64   ER_XDR_VECLEN,
65   ER_XDR_DATA,
66   ER_XDR_FIELD,
67   ER_XDR_OPEN,
68   ER_XDR_NOCTRLL,
69   ER_XDR_READ,
70   ER_OUTOFMEMORY,
71   ER_DECOMPRESSION,
72   ER_NOT_HANDLED
73 };
74
75 typedef struct {
76   unsigned int iOrgSize;
77   unsigned int iMode;
78   unsigned int iCompressedSize;
79   unsigned int iOrgCRC;
80   unsigned int iCompressedCRC;  /* Excluding this header */
81 } NKI_MODE2;
82
83
84 /************************************************************************/
85 /*                             GLOBAL VARIABLES                         */
86 /************************************************************************/
87 const char* gl_ErrorMsg[] = {
88   "",
89   "Command or function not supported in this way.",
90   "Error in arguments",
91   "XDR file header NDIM error",
92   "XDR file header DIMn error",
93   "XDR file header NSPACE error",
94   "XDR file header VECLEN error",
95   "XDR file header DATA(type) error",
96   "XDR file header FIELD(coordinate type) error",
97   "XDR file could not be opened",
98   "XDR file header contains no ^L",
99   "XDR file reading error",
100   "Out of memory",
101   "Decompression failed",
102   "Format not handled by clitkXdrImageIO (RECTILINEAR or IRREGULAR field)"
103 };
104
105
106 static const unsigned long CRC32_table[256] = {
107   0x00000000, 0x77073096, 0xee0e612c, 0x990951ba, 0x076dc419, 0x706af48f,
108   0xe963a535, 0x9e6495a3, 0x0edb8832, 0x79dcb8a4, 0xe0d5e91e, 0x97d2d988,
109   0x09b64c2b, 0x7eb17cbd, 0xe7b82d07, 0x90bf1d91, 0x1db71064, 0x6ab020f2,
110   0xf3b97148, 0x84be41de, 0x1adad47d, 0x6ddde4eb, 0xf4d4b551, 0x83d385c7,
111   0x136c9856, 0x646ba8c0, 0xfd62f97a, 0x8a65c9ec, 0x14015c4f, 0x63066cd9,
112   0xfa0f3d63, 0x8d080df5, 0x3b6e20c8, 0x4c69105e, 0xd56041e4, 0xa2677172,
113   0x3c03e4d1, 0x4b04d447, 0xd20d85fd, 0xa50ab56b, 0x35b5a8fa, 0x42b2986c,
114   0xdbbbc9d6, 0xacbcf940, 0x32d86ce3, 0x45df5c75, 0xdcd60dcf, 0xabd13d59,
115   0x26d930ac, 0x51de003a, 0xc8d75180, 0xbfd06116, 0x21b4f4b5, 0x56b3c423,
116   0xcfba9599, 0xb8bda50f, 0x2802b89e, 0x5f058808, 0xc60cd9b2, 0xb10be924,
117   0x2f6f7c87, 0x58684c11, 0xc1611dab, 0xb6662d3d, 0x76dc4190, 0x01db7106,
118   0x98d220bc, 0xefd5102a, 0x71b18589, 0x06b6b51f, 0x9fbfe4a5, 0xe8b8d433,
119   0x7807c9a2, 0x0f00f934, 0x9609a88e, 0xe10e9818, 0x7f6a0dbb, 0x086d3d2d,
120   0x91646c97, 0xe6635c01, 0x6b6b51f4, 0x1c6c6162, 0x856530d8, 0xf262004e,
121   0x6c0695ed, 0x1b01a57b, 0x8208f4c1, 0xf50fc457, 0x65b0d9c6, 0x12b7e950,
122   0x8bbeb8ea, 0xfcb9887c, 0x62dd1ddf, 0x15da2d49, 0x8cd37cf3, 0xfbd44c65,
123   0x4db26158, 0x3ab551ce, 0xa3bc0074, 0xd4bb30e2, 0x4adfa541, 0x3dd895d7,
124   0xa4d1c46d, 0xd3d6f4fb, 0x4369e96a, 0x346ed9fc, 0xad678846, 0xda60b8d0,
125   0x44042d73, 0x33031de5, 0xaa0a4c5f, 0xdd0d7cc9, 0x5005713c, 0x270241aa,
126   0xbe0b1010, 0xc90c2086, 0x5768b525, 0x206f85b3, 0xb966d409, 0xce61e49f,
127   0x5edef90e, 0x29d9c998, 0xb0d09822, 0xc7d7a8b4, 0x59b33d17, 0x2eb40d81,
128   0xb7bd5c3b, 0xc0ba6cad, 0xedb88320, 0x9abfb3b6, 0x03b6e20c, 0x74b1d29a,
129   0xead54739, 0x9dd277af, 0x04db2615, 0x73dc1683, 0xe3630b12, 0x94643b84,
130   0x0d6d6a3e, 0x7a6a5aa8, 0xe40ecf0b, 0x9309ff9d, 0x0a00ae27, 0x7d079eb1,
131   0xf00f9344, 0x8708a3d2, 0x1e01f268, 0x6906c2fe, 0xf762575d, 0x806567cb,
132   0x196c3671, 0x6e6b06e7, 0xfed41b76, 0x89d32be0, 0x10da7a5a, 0x67dd4acc,
133   0xf9b9df6f, 0x8ebeeff9, 0x17b7be43, 0x60b08ed5, 0xd6d6a3e8, 0xa1d1937e,
134   0x38d8c2c4, 0x4fdff252, 0xd1bb67f1, 0xa6bc5767, 0x3fb506dd, 0x48b2364b,
135   0xd80d2bda, 0xaf0a1b4c, 0x36034af6, 0x41047a60, 0xdf60efc3, 0xa867df55,
136   0x316e8eef, 0x4669be79, 0xcb61b38c, 0xbc66831a, 0x256fd2a0, 0x5268e236,
137   0xcc0c7795, 0xbb0b4703, 0x220216b9, 0x5505262f, 0xc5ba3bbe, 0xb2bd0b28,
138   0x2bb45a92, 0x5cb36a04, 0xc2d7ffa7, 0xb5d0cf31, 0x2cd99e8b, 0x5bdeae1d,
139   0x9b64c2b0, 0xec63f226, 0x756aa39c, 0x026d930a, 0x9c0906a9, 0xeb0e363f,
140   0x72076785, 0x05005713, 0x95bf4a82, 0xe2b87a14, 0x7bb12bae, 0x0cb61b38,
141   0x92d28e9b, 0xe5d5be0d, 0x7cdcefb7, 0x0bdbdf21, 0x86d3d2d4, 0xf1d4e242,
142   0x68ddb3f8, 0x1fda836e, 0x81be16cd, 0xf6b9265b, 0x6fb077e1, 0x18b74777,
143   0x88085ae6, 0xff0f6a70, 0x66063bca, 0x11010b5c, 0x8f659eff, 0xf862ae69,
144   0x616bffd3, 0x166ccf45, 0xa00ae278, 0xd70dd2ee, 0x4e048354, 0x3903b3c2,
145   0xa7672661, 0xd06016f7, 0x4969474d, 0x3e6e77db, 0xaed16a4a, 0xd9d65adc,
146   0x40df0b66, 0x37d83bf0, 0xa9bcae53, 0xdebb9ec5, 0x47b2cf7f, 0x30b5ffe9,
147   0xbdbdf21c, 0xcabac28a, 0x53b39330, 0x24b4a3a6, 0xbad03605, 0xcdd70693,
148   0x54de5729, 0x23d967bf, 0xb3667a2e, 0xc4614ab8, 0x5d681b02, 0x2a6f2b94,
149   0xb40bbe37, 0xc30c8ea1, 0x5a05df1b, 0x2d02ef8d
150 };
151
152
153 /************************************************************************/
154 /*                             MODULE FUNCTIONS                         */
155 /************************************************************************/
156
157 /* simple XDR file reader */
158
159 /* help routine, scans XDR file header for keyword entry, returns NULL
160    if not found, else returns pointer to rest of line
161 */
162
163 static char *scan_header(const char *file, const char *name, int offset, int removespaces)
164 {
165   int i, j, iStringLength;
166   static char temp[512];
167   FILE *f;
168   char *p, *q;
169
170   if ((f = fopen(file, "rt")) == NULL) return NULL;
171   if (offset) fseek(f, offset, SEEK_SET);
172
173   for (i=0; i<200; ) {
174     if (fgets(temp, 500, f) == NULL      ) break;       /* end of file */
175
176     if (removespaces) {
177       temp[500] = 0;
178       p = q = temp;                     /* remove spaces */
179       iStringLength = strlen(temp);
180       for (j=0; j<iStringLength; j++)
181         if (*q!=' ' && *q!=8) *p++ = *q++;
182         else q++;
183       *p++ = 0;
184     }
185
186     if (temp[0] == 12                    ) break;       /* ^L end of header */
187     if (temp[0] != '#') i++;                            /* The first 200 non comment lines must be read before data is opened. */
188     if ((p = strchr(temp+1, '=')) == NULL) continue;    /* no '=' */
189     if (memicmp(temp, name, p-temp)      ) continue;    /* no match */
190
191     p++;                                                /* match, skip = */
192     if (p[strlen(p)-1] == '\n')                         /* remove \n */
193       p[strlen(p)-1] = 0;
194
195     fclose (f);
196     return p;
197   }
198
199   fclose(f);
200   return NULL;
201 }
202
203 static int get_nki_compressed_size(FILE *f)
204 {
205   NKI_MODE2             Header;
206   int                   iMode;
207
208   fread((void *)&Header, sizeof(Header), 1 , f);
209
210   iMode = Header.iMode;
211
212   switch (iMode) {
213   case  1:
214   case  3:
215     return 0;
216   case  2:
217   case  4:
218     return Header.iCompressedSize + sizeof(Header);
219   default:
220     return 0;
221   }
222 }
223
224 /* decoder for NKI private compressed pixel data
225    arguments: dest    = (in) points to area where destination data is written (short)
226               src     = (in) points compressed source data (byte stream)
227               size    = (in) number of bytes source data (safety)
228
229    The return value is the number of pixels that have been processed.
230
231    The compressed data looks like:
232    (number of pixels)-1 times:
233      OR 1 byte   = LL     7  bits signed (difference pixel[1] - pixel[0]);
234      OR 2 bytes  = HHLL   15 bits signed (difference pixel[1] - pixel[0]) xored with 0x4000;
235      OR 3 bytes  = 7FHHLL 16 bits absolute pixel data if 15 bits difference is exceeded
236      OR 2 bytes  = 80NN   run length encode NN zero differences (max 255)
237 for mode 3 and 4 added:
238      OR 2 bytes  = CONN   encode NN 4 bit differences (max 255)
239
240    Performance on typical CT or MRI is >2x compression and a very good speed
241
242    This code is not valid on HIGHENDIAN (high byte first) machines
243 */
244
245 static int global_len;
246
247 static int nki_private_decompress(short int *dest, signed char *src, int size)
248 {
249   int                   npixels, retvalue, mode, iMode, val, j;
250   NKI_MODE2*            pHeader = (NKI_MODE2*)src;
251   unsigned long         iCRC=0, iCRC2=0;
252   //unsigned char*      pDestStart = (unsigned char*)dest;
253   signed char           *save, *end;
254
255   retvalue = npixels = pHeader->iOrgSize;
256   iMode = pHeader->iMode;               // safety: this value is checked in case statement
257
258   if (npixels<1) return 0;              // safety: check for invalid npixels value
259
260   /* Up till now only Mode=1, 2, 3, and 4 are supported */
261
262   switch (iMode) {
263   case 1:
264     save = src;
265
266     src += 8;                           // mode 1 only has 8 bytes header: iOrgSize and iMode
267     end  = src + size - 3;              // for overflow check if we are close to end of input buffer
268
269     *dest = *(short int *)src;
270     src += 2;
271     npixels--;
272
273     do {
274       if (src > end) {          // check whether the last few messages fit in input buffer
275         if (src<end+3) val = *src;
276         else           val = 0;
277
278         if (val >= -64 && val <= 63)      mode = 1;     // 7 bit difference
279         else if (val==0x7f)                 mode = 3;   // 16 bit value
280         else if ((val&0xff)==0x80)          mode = 2;   // run length encoding
281         else                                mode = 2;
282
283         if (src+mode > end+3)
284           return 0;                     // safety: overflow input data
285       }
286
287       val = *src;
288
289       if (val >= -64 && val <= 63) {    // 7 bit difference
290         dest[1] = dest[0] + val;
291         dest++;
292         src++;
293       } else if (val==0x7f) {   // 16 bit value
294         dest[1] = val = ((int)(((unsigned char *)src)[1])<<8) + ((unsigned char*)src)[2];
295         dest++;
296         src+=3;
297       } else if ((val&0xff)==0x80) {    // run length encoding
298         mode = ((unsigned char *)src)[1];
299         npixels -= mode-1;
300         if (npixels<=0) return 0;       // safety: overflow output data
301         do {
302           dest[1] = dest[0];
303           dest++;
304         } while (--mode);
305         src+=2;
306       } else {
307         signed short diff = ((val^0x40)<<8) + (unsigned char)(src[1]);
308         dest[1] = dest[0] + diff;       // 15 bit difference
309         dest++;
310         src+=2;
311       }
312     } while (--npixels);
313
314     global_len = src-save;
315
316     break;
317
318   case 2:
319     src += sizeof(NKI_MODE2);
320     save = src;
321     end  = src + pHeader->iCompressedSize - 3;
322
323     if (end > src + size - 3)
324       end = src + size - 3;             // may occur if pHeader is corrupted
325
326     *dest = val = *(short int *)src;
327     iCRC2 = CRC32_table[(unsigned char)iCRC2 ^ (unsigned char)val] ^ ((iCRC2 >> 8));
328     iCRC2 = CRC32_table[(unsigned char)iCRC2 ^ (unsigned char)(val>>8)] ^ ((iCRC2 >> 8));
329     src+=2;
330
331     npixels--;
332
333     do {
334       if (src > end) {          // check whether the last few messages fit in input buffer
335         if (src<end+3) val = *src;
336         else           val = 0;
337
338         if (val >= -64 && val <= 63)      mode = 1;     // 7 bit difference
339         else if (val==0x7f)                 mode = 3;   // 16 bit value
340         else if ((val&0xff)==0x80)          mode = 2;   // run length encoding
341         else                                mode = 2;
342
343         if (src+mode > end+3)
344           break;                        // safety: overflow input data
345       }
346
347       val = *src;
348
349       if (val >= -64 && val <= 63) {    // 7 bits difference
350         dest[1] = val = dest[0] + val;
351         iCRC2 = CRC32_table[(unsigned char)iCRC2 ^ (unsigned char)val] ^ ((iCRC2 >> 8));
352         iCRC2 = CRC32_table[(unsigned char)iCRC2 ^ (unsigned char)(val>>8)] ^ ((iCRC2 >> 8));
353         dest++;
354         src++;
355       } else if (val==0x7f) {   // 16 bit value
356         dest[1] = val = ((int)(((unsigned char *)src)[1])<<8) + ((unsigned char*)src)[2];
357
358         iCRC2 = CRC32_table[(unsigned char)iCRC2 ^ (unsigned char)val] ^ ((iCRC2 >> 8));
359         iCRC2 = CRC32_table[(unsigned char)iCRC2 ^ (unsigned char)(val>>8)] ^ ((iCRC2 >> 8));
360         dest++;
361         src+=3;
362       } else if ((val&0xff)==0x80) {    // run length encoding
363         mode = ((unsigned char *)src)[1];
364         npixels -= mode-1;
365         if (npixels<=0) break;  // safety: overflow output data
366         do {
367           dest[1] = val = dest[0];
368           iCRC2 = CRC32_table[(unsigned char)iCRC2 ^ (unsigned char)val] ^ ((iCRC2 >> 8));
369           iCRC2 = CRC32_table[(unsigned char)iCRC2 ^ (unsigned char)(val>>8)] ^ ((iCRC2 >> 8));
370           dest++;
371         } while (--mode);
372         src+=2;
373       } else {
374         signed short diff = ((val^0x40)<<8) + ((unsigned char *)src)[1];
375         dest[1] = val = dest[0] + diff; // 15 bit difference
376         iCRC2 = CRC32_table[(unsigned char)iCRC2 ^ (unsigned char)val] ^ ((iCRC2 >> 8));
377         iCRC2 = CRC32_table[(unsigned char)iCRC2 ^ (unsigned char)(val>>8)] ^ ((iCRC2 >> 8));
378         dest++;
379         src+=2;
380       }
381     } while (--npixels);
382
383     if (iCRC2 != pHeader->iOrgCRC) {    // if error in output CRC:
384       src = save;                       // check input CRC
385       while (src < end) {
386         iCRC = CRC32_table[(unsigned char)iCRC ^ (unsigned char)src[0]] ^ ((iCRC >> 8));
387         src++;
388       }
389
390       if (iCRC != pHeader->iCompressedCRC) {
391         AVSerror("XDR decompression: the file is corrupted");
392         retvalue=0;
393       } else {
394         AVSerror("XDR decompression: internal error");
395         retvalue=0;
396       }
397     }
398
399     global_len = sizeof(NKI_MODE2) + pHeader->iCompressedSize;
400
401     break;
402
403   case 3:
404     save = src;
405
406     src += 8;                           // mode 3 only has 8 bytes header: iOrgSize and iMode
407     end  = src + size - 3;              // for overflow check if we are close to end of input buffer
408
409     *dest = *(short int *)src;
410     src += 2;
411     npixels--;
412
413     do {
414       if (src > end) {          // check whether the last few messages fit in input buffer
415         if (src<end+3) val = *src;
416         else           val = 0;
417
418         if (val >= -63 && val <= 63)      mode = 1;     // 7 bit difference
419         else if (val==0x7f)                 mode = 3;   // 16 bit value
420         else if ((val&0xff)==0x80)          mode = 2;   // run length encoding
421         else if ((val&0xff)==0xC0)          mode = 2;   // 4 bit encoding
422         else                                mode = 2;
423
424         if (src+mode > end+3)
425           return 0;                     // safety: overflow input data
426       }
427
428       val = *src;
429
430       if (val >= -63 && val <= 63) {    // 7 bit difference
431         dest[1] = dest[0] + val;
432         dest++;
433         src++;
434       } else if (val==0x7f) {   // 16 bit value
435         dest[1] = val = ((int)(((unsigned char *)src)[1])<<8) + ((unsigned char*)src)[2];
436         dest++;
437         src+=3;
438       } else if ((val&0xff)==0x80) {    // run length encoding
439         mode = ((unsigned char *)src)[1];
440         npixels -= mode-1;
441         if (npixels<=0) return 0;       // safety: overflow output data
442         do {
443           dest[1] = dest[0];
444           dest++;
445         } while (--mode);
446         src+=2;
447       } else if ((val&0xff)==0xC0) {    // 4 bit run
448         mode = ((unsigned char *)src)[1];
449         npixels -= mode-1;
450         mode/=2;
451         src+=2;
452         if (npixels<=0) return 0;       // safety: overflow output data
453         do {
454           val = *src++;
455           dest[1] = dest[0] + (val>>4);
456           dest++;
457           if (val&8) val |= 0xfffffff0;
458           else val &= 0x0f;
459           dest[1] = dest[0] + val;
460           dest++;
461         } while (--mode);
462       } else {
463         signed short diff = ((val^0x40)<<8) + (unsigned char)(src[1]);
464         dest[1] = dest[0] + diff;       // 15 bit difference
465         dest++;
466         src+=2;
467       }
468     } while (--npixels);
469
470     global_len = src-save;
471
472     break;
473
474   case 4:
475     src += sizeof(NKI_MODE2);
476     save = src;
477     end  = src + pHeader->iCompressedSize - 3;
478
479     if (end > src + size - 3)
480       end = src + size - 3;             // may occur if pHeader is corrupted
481
482     *dest = val = *(short int *)src;
483     iCRC2 = CRC32_table[(unsigned char)iCRC2 ^ (unsigned char)val] ^ ((iCRC2 >> 8));
484     iCRC2 = CRC32_table[(unsigned char)iCRC2 ^ (unsigned char)(val>>8)] ^ ((iCRC2 >> 8));
485     src += 2;
486     npixels--;
487
488     do {
489       if (src > end) {          // check whether the last few messages fit in input buffer
490         if (src<end+3) val = *src;
491         else           val = 0;
492
493         if (val >= -63 && val <= 63)      mode = 1;     // 7 bit difference
494         else if (val==0x7f)                 mode = 3;   // 16 bit value
495         else if ((val&0xff)==0x80)          mode = 2;   // run length encoding
496         else if ((val&0xff)==0xC0)          mode = 2;   // 4 bit encoding
497         else                                mode = 2;
498
499         if (src+mode > end+3)
500           return 0;                     // safety: overflow input data
501       }
502
503       val = *src;
504
505       if (val >= -63 && val <= 63) {    // 7 bit difference
506         dest[1] = val = dest[0] + val;
507         iCRC2 = CRC32_table[(unsigned char)iCRC2 ^ (unsigned char)val] ^ ((iCRC2 >> 8));
508         iCRC2 = CRC32_table[(unsigned char)iCRC2 ^ (unsigned char)(val>>8)] ^ ((iCRC2 >> 8));
509         dest++;
510         src++;
511       } else if (val==0x7f) {   // 16 bit value
512         dest[1] = val = ((int)(((unsigned char *)src)[1])<<8) + ((unsigned char*)src)[2];
513         iCRC2 = CRC32_table[(unsigned char)iCRC2 ^ (unsigned char)val] ^ ((iCRC2 >> 8));
514         iCRC2 = CRC32_table[(unsigned char)iCRC2 ^ (unsigned char)(val>>8)] ^ ((iCRC2 >> 8));
515         dest++;
516         src+=3;
517       } else if ((val&0xff)==0x80) {    // run length encoding
518         mode = ((unsigned char *)src)[1];
519         npixels -= mode-1;
520         if (npixels<=0) return 0;       // safety: overflow output data
521         do {
522           dest[1] = val = dest[0];
523           iCRC2 = CRC32_table[(unsigned char)iCRC2 ^ (unsigned char)val] ^ ((iCRC2 >> 8));
524           iCRC2 = CRC32_table[(unsigned char)iCRC2 ^ (unsigned char)(val>>8)] ^ ((iCRC2 >> 8));
525           dest++;
526         } while (--mode);
527         src+=2;
528       } else if ((val&0xff)==0xC0) {    // 4 bit run
529         mode = ((unsigned char *)src)[1];
530         npixels -= mode-1;
531         mode/=2;
532         src+=2;
533         if (npixels<=0) return 0;       // safety: overflow output data
534         do {
535           val = *src++;
536           dest[1] = j = dest[0] + (val>>4);
537           iCRC2 = CRC32_table[(unsigned char)iCRC2 ^ (unsigned char)j] ^ ((iCRC2 >> 8));
538           iCRC2 = CRC32_table[(unsigned char)iCRC2 ^ (unsigned char)(j>>8)] ^ ((iCRC2 >> 8));
539           dest++;
540           if (val&8) val |= 0xfffffff0;
541           else val &= 0x0f;
542           dest[1] = j = dest[0] + val;
543           iCRC2 = CRC32_table[(unsigned char)iCRC2 ^ (unsigned char)j] ^ ((iCRC2 >> 8));
544           iCRC2 = CRC32_table[(unsigned char)iCRC2 ^ (unsigned char)(j>>8)] ^ ((iCRC2 >> 8));
545           dest++;
546         } while (--mode);
547       } else {
548         signed short diff = ((val^0x40)<<8) + (unsigned char)(src[1]);
549         dest[1] = val = dest[0] + diff; // 15 bit difference
550         iCRC2 = CRC32_table[(unsigned char)iCRC2 ^ (unsigned char)val] ^ ((iCRC2 >> 8));
551         iCRC2 = CRC32_table[(unsigned char)iCRC2 ^ (unsigned char)(val>>8)] ^ ((iCRC2 >> 8));
552         dest++;
553         src+=2;
554       }
555     } while (--npixels);
556
557     if (iCRC2 != pHeader->iOrgCRC)      // if error in output CRC:
558       retvalue=0;
559
560     global_len = sizeof(NKI_MODE2) + pHeader->iCompressedSize;
561
562     break;
563
564
565   default:
566     AVSerror("XDR decompression: unsupported mode");
567     return 0;
568   }
569
570   return retvalue;
571 }
572
573
574 //====================================================================
575 // Read image information (copied from XDRreader)
576 int clitk::XdrImageIO::ReadImageInformationWithError()
577 {
578   int      offset=0;
579   itk::Vector<int,MAXDIM> dim;
580   int      veclen=1;
581   int      total=1;
582   unsigned int coords=0,i,j,ndim,nspace;
583   char     temp[512];
584   FILE     *fstream;
585   char     *c;
586
587   long     swap_test = 0x1000000;      /* first byte is 1 when low-endian */
588   forcenoswap=0;
589   char     *file = const_cast<char *>(m_FileName.c_str());
590   AVSType  field=UNIFORM;
591
592
593   fstream = fopen(file, "rt");
594   if (fstream == NULL) return ER_XDR_OPEN;
595
596   fgets(temp, 500, fstream);
597   fclose(fstream);
598
599   if (memcmp(temp, "# AVS field file (produced by avs_nfwrite.c)", 44)==0) forcenoswap=1;
600
601   c      = scan_header(file, "ndim", offset, 1);
602   if (!c) return ER_XDR_NDIM;
603
604   ndim   = atoi(c);
605   if (ndim<1 || ndim>MAXDIM) return ER_XDR_NDIM;
606   SetNumberOfDimensions(ndim);
607
608   nspace = ndim;
609
610   for (i=0; i<ndim; i++) {
611     sprintf(temp, "dim%d", i+1);
612     c = scan_header(file, temp, offset, 1);
613     if (!c) return ER_XDR_DIM;
614     dim[i]=atoi(c);
615     if (dim[i]<1) return ER_XDR_DIM;
616
617     total  *= dim[i];
618     coords += dim[i];
619   }
620   for (i=0; i<ndim; i++) {
621     SetDimensions(i,dim[i]);
622     SetSpacing(i,1.);
623     SetOrigin(i,0.);
624   }
625
626   c = scan_header(file, "nspace", offset, 1);
627   if (c) nspace = atoi(c);
628   if (nspace<1 || ndim > MAXDIM) return ER_XDR_NSPACE;
629   if (nspace != ndim) return ER_NOT_HANDLED;
630
631   c = scan_header(file, "veclen", offset, 1);
632   if (c) veclen = atoi(c);
633   if (veclen<0 /*|| veclen>1000*/) return ER_XDR_VECLEN;
634   SetNumberOfComponents(veclen);
635   if (veclen==1) SetPixelType(itk::ImageIOBase::SCALAR);
636   else          SetPixelType(itk::ImageIOBase::VECTOR);
637
638   c = scan_header(file, "data", offset, 1);
639   if (c) {
640     if (memicmp(c, "byte",  4) == 0 || memicmp(c, "xdr_byte",  8) == 0) SetComponentType(itk::ImageIOBase::CHAR);
641     else if (memicmp(c, "short", 5) == 0 || memicmp(c, "xdr_short", 9) == 0) SetComponentType(itk::ImageIOBase::SHORT);
642     else if (memicmp(c, "int" ,  3) == 0 || memicmp(c, "xdr_int" ,  7) == 0) SetComponentType(itk::ImageIOBase::INT);
643     else if (memicmp(c, "real",  4) == 0 || memicmp(c, "xdr_real",  8) == 0) SetComponentType(itk::ImageIOBase::FLOAT);
644     else if (memicmp(c, "float", 5) == 0 || memicmp(c, "xdr_float", 9) == 0) SetComponentType(itk::ImageIOBase::FLOAT);
645     else if (memicmp(c, "double",6) == 0 || memicmp(c, "xdr_double",10)== 0) SetComponentType(itk::ImageIOBase::DOUBLE);
646     else return ER_XDR_DATA;
647
648     if (memicmp(c, "xdr_",  4) == 0) forcenoswap=0;
649   }
650
651   //Read coords here
652   c = scan_header(file, "field", offset, 1);
653   if (c) {
654     if (memicmp(c, "unifo", 5) == 0) field=UNIFORM, coords=nspace *2;
655     else if (memicmp(c, "recti", 5) == 0) field=RECTILINEAR;
656     else if (memicmp(c, "irreg", 5) == 0) field=IRREGULAR, coords=total*nspace;
657     else return ER_XDR_FIELD;
658   } else
659     coords=0;
660
661   if (coords) {                      /* expect AVS coordinates ? */
662     coords *= sizeof(float);
663     fstream = fopen(m_FileName.c_str(), "rb");
664     if (fstream == NULL) return ER_XDR_OPEN;
665
666     float *points = (float *)malloc(coords);
667     if (points == NULL) return ER_OUTOFMEMORY;
668
669     //Seek to coordinates position in file
670     if (fseek(fstream,-static_cast<int>(coords),SEEK_END)) return ER_XDR_READ;
671     if (fread( /*(*output)->*/points, 1, coords, fstream ) == coords) {
672       /* swap data if read-ok and required (xdr is low-endian) */
673       if (!(*(char *)(&swap_test)) && !forcenoswap) {
674         c = (char *)/*(*output)->*/points;
675         for (i=0; i<coords; i+=4) {
676           j = c[i];
677           c[i]   = c[i+3];
678           c[i+3] = j;
679           j = c[i+1];
680           c[i+1] = c[i+2];
681           c[i+2] = j;
682         }
683       }
684     }
685
686     float *p = points;
687     switch (field) {
688     case UNIFORM:
689       for (i=0; i<GetNumberOfDimensions(); i++) {
690         SetSpacing(i,10.*(points[i*2+1]-points[i*2])/(GetDimensions(i)-1));
691         SetOrigin(i,10.*points[i*2]);
692       }
693       break;
694     case RECTILINEAR:
695       //Rectilinear is reinterpreted as uniform because ITK does not know rectilinear
696       //Error if fails
697       for (i=0; i<GetNumberOfDimensions(); i++) {
698         //Compute mean spacing
699         SetSpacing(i,10*(p[GetDimensions(i)-1]-p[0])/(GetDimensions(i)-1));
700         SetOrigin(i,10*p[0]);
701
702         //Test if rectilinear image is actually uniform (tolerance 0.1 mm)
703         if(i<3) { // Only for first 3 dimensions because spacing is barely used in other dims
704           for (j=0; j<GetDimensions(i)-1; j++) {
705             if (fabs((p[j+1]-p[j])*10-GetSpacing(i))>0.1) {
706               free(points);
707               fclose(fstream);
708               return ER_NOT_HANDLED;
709             }
710           }
711         }
712         p += (int)GetDimensions(i);
713       }
714       break;
715     case IRREGULAR:
716       free(points);
717       fclose(fstream);
718       return ER_NOT_HANDLED;
719     }
720     free(points);
721     fclose(fstream);
722   }
723   return OK;
724 }
725
726 //====================================================================
727 // Read image information (copied from XDRreader)
728 void clitk::XdrImageIO::ReadImageInformation()
729 {
730   int result = ReadImageInformationWithError();
731   if (result) ITKError("clitk::XdrImageIO::ReadImageInformation",result);
732 }
733
734
735 //====================================================================
736 // Read Image Content (copied from Xdr reader)
737 int clitk::XdrImageIO::ReadWithError(void * buffer)
738 {
739   //AVSINT   dim[5];
740   int      /*ndim,*/ nspace/*, veclen=1, data=AVS_TYPE_BYTE, field=UNIFORM*/;
741   int      iNkiCompression = 0;
742   int      j, coords=0,  datasize=0, HeaderSize;
743   unsigned int i,iNumRead,total=1;
744   char     temp[512];
745   FILE     *fstream;
746   char     *c;
747   char     *buff;
748   //AVSfield FieldTemplate;
749   long     swap_test = 0x1000000;      /* first byte is 1 when low-endian */
750   //int      forcenoswap=0;
751   char     *file = const_cast<char *>(m_FileName.c_str());
752   int      offset=0;
753   // AVSType  field=UNIFORM;
754
755   for (i=0; i<GetNumberOfDimensions(); i++) coords += GetDimensions(i);
756
757   total = GetImageSizeInPixels();
758   nspace = GetNumberOfDimensions();
759
760   c = scan_header(file, "field", offset, 1);
761   if (c) {
762     if (memicmp(c, "unifo", 5) == 0) /*field=UNIFORM,*/ coords=nspace*2;
763     else if (memicmp(c, "recti", 5) == 0) /*field=RECTILINEAR*/;
764     else if (memicmp(c, "irreg", 5) == 0) /*field=IRREGULAR,*/ coords=total*nspace;
765     else return ER_XDR_FIELD;
766   } else
767     coords=0;
768
769   c = scan_header(file, "nki_compression", offset, 1);
770   if (c) iNkiCompression = atoi(c);
771
772   c = scan_header(file, "coord1[0]", offset, 1);
773   if (c) HeaderSize = 32768;
774   else HeaderSize = 2048;
775
776   fstream = fopen(file, "rb");
777   if (fstream == NULL)
778     return ER_XDR_OPEN;
779
780   if (offset) fseek(fstream, offset, SEEK_SET);
781
782   while (1) {
783     if (fgets(temp, 500, fstream) == NULL )
784       return ER_XDR_NOCTRLL; /* end of file */
785
786     if (temp[0] == 10) continue;
787
788     if (temp[0] == 12) {
789       fseek(fstream, -2, SEEK_CUR);
790       break;
791     } /* ^L end of header */
792
793     if (temp[0] != '#') break;
794   }
795
796   buff = (char*)malloc(HeaderSize);
797   if (buff == NULL) {
798     return ER_OUTOFMEMORY;
799   }
800   memset(buff, 0, HeaderSize);
801   iNumRead = fread(buff, 1, HeaderSize, fstream);
802   if (iNumRead < 1) {
803     free(buff);
804     fclose(fstream);
805     return ER_XDR_READ;
806   }
807
808   for (i=0; i<iNumRead; i++) {
809     if (buff[i] == 12) break;
810   }
811
812   free(buff);
813
814   if (i==iNumRead) return ER_XDR_NOCTRLL;
815
816   total = GetImageSizeInBytes();
817
818   //We add casts because the resulting quantity can be negative.
819   //There is no risk of looping because i and iNumRead are about the size of the header
820   fseek(fstream, static_cast<int>(i)+2-static_cast<int>(iNumRead), SEEK_CUR);
821
822   if (total && iNkiCompression) {
823     long                iCurPos;
824     unsigned long iSize;
825     signed char*        pCompressed;
826
827     /* Read or guess the size of the compressed data */
828     iCurPos = ftell(fstream);
829     iSize = get_nki_compressed_size(fstream);
830
831     if (iSize==0) {
832       fseek(fstream, 0, SEEK_END);
833       iSize = ftell(fstream);
834       iSize = iSize - iCurPos - coords;
835
836       // Get compressed size from header if possible; else use uncompressed size as safe estimate
837       if (iSize>total && offset) iSize=total+8;
838     }
839
840     fseek(fstream, iCurPos, SEEK_SET);
841
842     /* Allocate space for the compressed pixels */
843     pCompressed = (signed char*)malloc(iSize);
844     if (!pCompressed) {
845       fclose(fstream);
846       return ER_OUTOFMEMORY;
847     }
848
849     /* Read the compressed pixels */
850     if (fread( (void *)pCompressed, 1, iSize, fstream ) != iSize) {
851       fclose(fstream);
852       return ER_XDR_READ;
853     }
854
855     if (!nki_private_decompress((short*)buffer, pCompressed, iSize)) {
856       fclose(fstream);
857       return ER_DECOMPRESSION;
858     }
859
860     // if (offset)
861     fseek(fstream, iCurPos + global_len, SEEK_SET);
862
863     free(pCompressed);
864     goto READ_COORDS;
865   }
866
867
868   if (total) {
869     if (fread( (void *)buffer, 1, total, fstream ) != total) {
870       fclose(fstream);
871       return ER_XDR_READ;
872     }
873   }
874
875   /* swap data if required (xdr is low-endian) */
876
877   datasize = GetComponentSize();
878   if (!(*(char *)(&swap_test)) && !forcenoswap) {
879     if (datasize==2) {
880       c = (char *)buffer;
881       for (i=0; i<total; i+=2) {
882         j = c[i];
883         c[i]   = c[i+1];
884         c[i+1] = j;
885       }
886     } else if (datasize==4) {
887       c = (char *)buffer;
888       for (i=0; i<total; i+=4) {
889         j = c[i];
890         c[i]   = c[i+3];
891         c[i+3] = j;
892         j = c[i+1];
893         c[i+1] = c[i+2];
894         c[i+2] = j;
895       }
896     } else if (datasize==8) {
897       c = (char *)buffer;
898       for (i=0; i<total; i+=8) {
899         j = c[i];
900         c[i]   = c[i+7];
901         c[i+7] = j;
902         j = c[i+1];
903         c[i+1] = c[i+6];
904         c[i+6] = j;
905         j = c[i+2];
906         c[i+2] = c[i+5];
907         c[i+5] = j;
908         j = c[i+3];
909         c[i+3] = c[i+4];
910         c[i+4] = j;
911       }
912     }
913   }
914
915 READ_COORDS:
916   fclose(fstream);
917   return OK;
918 }
919
920 //====================================================================
921 // Read image information (copied from Xdr reader)
922 void clitk::XdrImageIO::Read(void * buffer)
923 {
924   int result = ReadWithError(buffer);
925   if (result) ITKError("clitk::XdrImageIO::Read",result);
926 }
927
928 //====================================================================
929 // Read Image Information
930 bool clitk::XdrImageIO::CanReadFile(const char* FileNameToRead)
931 {
932   char     temp[512];
933   FILE     *fstream;
934
935   fstream = fopen(FileNameToRead, "rt");
936   if (fstream == NULL)
937 //    {
938 //        AVSerror("Couldn't open file " << FileNameToRead);
939     return false;
940 //    }
941   fgets(temp, 500, fstream);
942   fclose(fstream);
943
944   if (memcmp(temp, "# AVS", 5)==0)
945     return true;
946   else
947     return false;
948 } ////
949
950 void clitk::XdrImageIO::ITKError(std::string funcName, int msgID)
951 {
952   itkExceptionMacro(<< "Error in " << funcName << ". Message: " << gl_ErrorMsg[msgID]);
953 }
954