common/old/clitkIOCommon.cxx

   1 /*=========================================================================
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   3 Program:   clitk
   4 Language:  C++
   5
   6 Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
   7 l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
   8 http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
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  10 This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  11 the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  12 PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
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  14 =========================================================================*/
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  16 #ifndef CLITKIOCOMMON_CXX
  17 #define CLITKIOCOMMON_CXX
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  19 /**
  20    =================================================
  21    * @file   clitkIOCommon.cxx
  22    * @author David Sarrut <david.sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
  23    * @date   18 May 2006 11:42:37
  24    *
  25    * @brief
  26    *
  27    *
  28    =================================================*/
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  30 // clitk include
  31 #include "clitkImageCommon.h"
  32 #include <cstdlib>
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  34 //====================================================================
  35 // Open a file for reading
  36 void clitk::openFileForReading(std::ifstream & is, const std::string & filename) {
  37   is.open(filename.c_str(), std::ios::in);
  38   if ( is.fail() ) {
  39     itkGenericExceptionMacro(<< "Could not open file (for reading): " << filename);
  40   }
  41 }
  42 //====================================================================
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  44 //====================================================================
  45 // Open a file for writing
  46 void clitk::openFileForWriting(std::ofstream & os, const std::string & filename)  {
  47   os.open(filename.c_str(), std::ios::out);
  48   if ( os.fail() ) {
  49     itkGenericExceptionMacro(<< "Could not open file (for writing): " << filename);
  50   }
  51 }
  52 //====================================================================
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  54 //====================================================================
  55 // Read a dicom header
  56 gdcm::File * clitk::readDicomHeader(const std::string & filename,
  57                                     const bool verbose) {
  58   if (verbose) {
  59     std::cout << "Reading DICOM <" << filename << ">" << std::endl;
  60   }
  61   gdcm::File *header = new gdcm::File();
  62   header->SetFileName(filename);
  63   header->SetMaxSizeLoadEntry(16384); // required ?
  64   header->Load();
  65   return header;
  66 }
  67 //====================================================================
  68
  69 //====================================================================
  70 itk::ImageIOBase::Pointer clitk::readImageHeader(const std::string & filename, bool exit_on_error) {
  71   itk::ImageIOBase::Pointer reader =
  72     itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(filename.c_str(), itk::ImageIOFactory::ReadMode);
  73   if (!reader)
  74       if (exit_on_error) //default behavior for tools who don't handle the problem
  75       {
  76           std::cerr "Error reading file " << filename << ", exiting immediately" << std::endl;
  77           std::exit(-1);
  78       }
  79       else
  80           return NULL;
  81   reader->SetFileName(filename);
  82   reader->ReadImageInformation();
  83   return reader;
  84 }
  85 //====================================================================
  86
  87 //====================================================================
  88 void clitk::printImageHeader(itk::ImageIOBase::Pointer header, std::ostream & os, const int level) {
  89   unsigned int dim = header->GetNumberOfDimensions();
  90   std::string pixelTypeName = header->GetComponentTypeAsString(header->GetComponentType());
  91   std::vector<int> inputSize;
  92   std::vector<double> inputSpacing;
  93   inputSize.resize(dim);
  94   inputSpacing.resize(dim);
  95   for(unsigned int i=0; i<dim; i++) {
  96     inputSpacing[i] = header->GetSpacing(i);
  97     inputSize[i] = header->GetDimensions(i);
  98   }
  99   int pixelSize =
 100     clitk::GetTypeSizeFromString(header->GetComponentTypeAsString(header->GetComponentType()));
 101   unsigned int nbOfComponents = header->GetNumberOfComponents();
 102   if (level == 0) {
 103     os << dim << "D ";
 104     if (nbOfComponents !=1) os << nbOfComponents << "x" << pixelTypeName;
 105     else os << pixelTypeName;
 106     os << " ";
 107     for(unsigned int i=0; i< dim-1; i++)
 108       os << inputSize[i] << "x";
 109     os << inputSize[dim-1]
 110        << "  ";
 111     for(unsigned int i=0; i< dim-1; i++)
 112       os << inputSpacing[i] << "x";
 113     os << inputSpacing[dim-1];
 114   }
 115   else {
 116     os << "Dim       = " << dim << "D" << std::endl;
 117     os << "PixelType = " << pixelTypeName << std::endl;
 118     if (nbOfComponents > 1)
 119       os << "Vector    = " << nbOfComponents << std::endl;
 120     os << "Size      = ";
 121     for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
 122       os << inputSize[i] << " ";
 123     }
 124     os << std::endl;
 125     os << "Spacing   = ";
 126     for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
 127       os << inputSpacing[i] << " ";
 128     }
 129     os << std::endl;
 130     if (level > 1) {
 131       os << "# voxels  = " << header->GetImageSizeInPixels() << std::endl;
 132       os << "Size (mm) = ";
 133       for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
 134         os << inputSize[i]*inputSpacing[i] << " ";
 135       }
 136       os << "mm" << std::endl;
 137       os << "Volume    = ";
 138       double vol=1.0;
 139       for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
 140         vol *= inputSize[i]*inputSpacing[i]/10.0;
 141       }
 142       os << vol << " cc" << std::endl;
 143       int mem = header->GetImageSizeInPixels()*pixelSize*nbOfComponents;
 144       double memKb = (double)mem/1024.0;
 145       double memMb = (double)mem/1024.0/1024.0;
 146       double memGb = (double)mem/1024.0/1024.0/1024.0;
 147       if (lrint(memKb) <= 0)
 148         os << "Memory    = " << mem << " bytes" << std::endl;
 149       else {
 150         if (lrint(memMb) <= 0)
 151           os << "Memory    = " << memKb << " Kb (" << mem << " bytes)" << std::endl;
 152         else {
 153           if (lrint(memGb) <= 0)
 154             os << "Memory    = " << memMb << " Mb (" << mem << " bytes)" << std::endl;
 155           else
 156             os << "Memory     = " << memGb << " Gb (" << mem << " bytes)" << std::endl;
 157         }
 158       }
 159     }
 160   }
 161 }
 162 //====================================================================
 163
 164 #endif /* end #define CLITKIO_CXX */
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