common/old/clitkIOCommon.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef CLITKIOCOMMON_CXX
  19 #define CLITKIOCOMMON_CXX
  20 /**
  21    =================================================
  22    * @file   clitkIOCommon.cxx
  23    * @author David Sarrut <david.sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
  24    * @date   18 May 2006 11:42:37
  25    *
  26    * @brief
  27    *
  28    *
  29    =================================================*/
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  31 // clitk include
  32 #include "clitkImageCommon.h"
  33 #include <cstdlib>
  34
  35 //====================================================================
  36 // Open a file for reading
  37 void clitk::openFileForReading(std::ifstream & is, const std::string & filename) {
  38   is.open(filename.c_str(), std::ios::in);
  39   if ( is.fail() ) {
  40     itkGenericExceptionMacro(<< "Could not open file (for reading): " << filename);
  41   }
  42 }
  43 //====================================================================
  44
  45 //====================================================================
  46 // Open a file for writing
  47 void clitk::openFileForWriting(std::ofstream & os, const std::string & filename)  {
  48   os.open(filename.c_str(), std::ios::out);
  49   if ( os.fail() ) {
  50     itkGenericExceptionMacro(<< "Could not open file (for writing): " << filename);
  51   }
  52 }
  53 //====================================================================
  54
  55 //====================================================================
  56 // Read a dicom header
  57 gdcm::File * clitk::readDicomHeader(const std::string & filename,
  58                                     const bool verbose) {
  59   if (verbose) {
  60     std::cout << "Reading DICOM <" << filename << ">" << std::endl;
  61   }
  62   gdcm::File *header = new gdcm::File();
  63   header->SetFileName(filename);
  64   header->SetMaxSizeLoadEntry(16384); // required ?
  65   header->Load();
  66   return header;
  67 }
  68 //====================================================================
  69
  70 //====================================================================
  71 itk::ImageIOBase::Pointer clitk::readImageHeader(const std::string & filename, bool exit_on_error) {
  72   itk::ImageIOBase::Pointer reader =
  73     itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(filename.c_str(), itk::ImageIOFactory::ReadMode);
  74   if (!reader)
  75       if (exit_on_error) //default behavior for tools who don't handle the problem
  76       {
  77           std::cerr "Error reading file " << filename << ", exiting immediately" << std::endl;
  78           std::exit(-1);
  79       }
  80       else
  81           return NULL;
  82   reader->SetFileName(filename);
  83   reader->ReadImageInformation();
  84   return reader;
  85 }
  86 //====================================================================
  87
  88 //====================================================================
  89 void clitk::printImageHeader(itk::ImageIOBase::Pointer header, std::ostream & os, const int level) {
  90   unsigned int dim = header->GetNumberOfDimensions();
  91   std::string pixelTypeName = header->GetComponentTypeAsString(header->GetComponentType());
  92   std::vector<int> inputSize;
  93   std::vector<double> inputSpacing;
  94   inputSize.resize(dim);
  95   inputSpacing.resize(dim);
  96   for(unsigned int i=0; i<dim; i++) {
  97     inputSpacing[i] = header->GetSpacing(i);
  98     inputSize[i] = header->GetDimensions(i);
  99   }
 100   int pixelSize =
 101     clitk::GetTypeSizeFromString(header->GetComponentTypeAsString(header->GetComponentType()));
 102   unsigned int nbOfComponents = header->GetNumberOfComponents();
 103   if (level == 0) {
 104     os << dim << "D ";
 105     if (nbOfComponents !=1) os << nbOfComponents << "x" << pixelTypeName;
 106     else os << pixelTypeName;
 107     os << " ";
 108     for(unsigned int i=0; i< dim-1; i++)
 109       os << inputSize[i] << "x";
 110     os << inputSize[dim-1]
 111        << "  ";
 112     for(unsigned int i=0; i< dim-1; i++)
 113       os << inputSpacing[i] << "x";
 114     os << inputSpacing[dim-1];
 115   }
 116   else {
 117     os << "Dim       = " << dim << "D" << std::endl;
 118     os << "PixelType = " << pixelTypeName << std::endl;
 119     if (nbOfComponents > 1)
 120       os << "Vector    = " << nbOfComponents << std::endl;
 121     os << "Size      = ";
 122     for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
 123       os << inputSize[i] << " ";
 124     }
 125     os << std::endl;
 126     os << "Spacing   = ";
 127     for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
 128       os << inputSpacing[i] << " ";
 129     }
 130     os << std::endl;
 131     if (level > 1) {
 132       os << "# voxels  = " << header->GetImageSizeInPixels() << std::endl;
 133       os << "Size (mm) = ";
 134       for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
 135         os << inputSize[i]*inputSpacing[i] << " ";
 136       }
 137       os << "mm" << std::endl;
 138       os << "Volume    = ";
 139       double vol=1.0;
 140       for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
 141         vol *= inputSize[i]*inputSpacing[i]/10.0;
 142       }
 143       os << vol << " cc" << std::endl;
 144       int mem = header->GetImageSizeInPixels()*pixelSize*nbOfComponents;
 145       double memKb = (double)mem/1024.0;
 146       double memMb = (double)mem/1024.0/1024.0;
 147       double memGb = (double)mem/1024.0/1024.0/1024.0;
 148       if (lrint(memKb) <= 0)
 149         os << "Memory    = " << mem << " bytes" << std::endl;
 150       else {
 151         if (lrint(memMb) <= 0)
 152           os << "Memory    = " << memKb << " Kb (" << mem << " bytes)" << std::endl;
 153         else {
 154           if (lrint(memGb) <= 0)
 155             os << "Memory    = " << memMb << " Mb (" << mem << " bytes)" << std::endl;
 156           else
 157             os << "Memory     = " << memGb << " Gb (" << mem << " bytes)" << std::endl;
 158         }
 159       }
 160     }
 161   }
 162 }
 163 //====================================================================
 164
 165 #endif /* end #define CLITKIO_CXX */
 166