common/rtkHisImageIO.cxx

   1 /*=========================================================================
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  16  *
  17  *=========================================================================*/
  18
  19 #define HEADER_INFO_SIZE 68
  20
  21 // Based on a true story by the Nederlands Kanker Instituut (AVS_HEIMANN.CPP
  22 // from the 20090608)
  23
  24 // Includes
  25 #include <fstream>
  26 #include "rtkHisImageIO.h"
  27
  28 //--------------------------------------------------------------------
  29 // Read Image Information
  30 void rtk::HisImageIO::ReadImageInformation()
  31 {
  32   // open file
  33   std::ifstream file(m_FileName.c_str(), std::ios::in | std::ios::binary);
  34
  35   if ( file.fail() )
  36     itkGenericExceptionMacro(<< "Could not open file (for reading): "
  37                              << m_FileName);
  38
  39   // read header
  40   char header[HEADER_INFO_SIZE];
  41   file.read(header, HEADER_INFO_SIZE);
  42
  43   if (header[0]!=0 || header[1]!=112 || header[2]!=68 || header[3]!=0) {
  44     itkExceptionMacro(<< "rtk::HisImageIO::ReadImageInformation: file "
  45                       << m_FileName
  46                       << " not in Heimann HIS format version 100");
  47     return;
  48     }
  49
  50   int nrframes, type, ulx, uly, brx, bry;
  51   m_HeaderSize  = header[10] + (header[11]<<8);
  52   ulx           = header[12] + (header[13]<<8);
  53   uly           = header[14] + (header[15]<<8);
  54   brx           = header[16] + (header[17]<<8);
  55   bry           = header[18] + (header[19]<<8);
  56   nrframes      = header[20] + (header[21]<<8);
  57   type          = header[32] + (header[34]<<8);
  58
  59   switch(type)
  60     {
  61     case  4:
  62       SetComponentType(itk::ImageIOBase::USHORT);
  63       break;
  64 //    case  8: SetComponentType(itk::ImageIOBase::INT);   break;
  65 //    case 16: SetComponentType(itk::ImageIOBase::FLOAT); break;
  66 //    case 32: SetComponentType(itk::ImageIOBase::INT);   break;
  67     default:
  68       SetComponentType(itk::ImageIOBase::USHORT);
  69       break;
  70     }
  71
  72   switch(nrframes)
  73     {
  74     case 1:
  75       SetNumberOfDimensions(2);
  76       break;
  77     default:
  78       SetNumberOfDimensions(3);
  79       break;
  80     }
  81
  82   SetDimensions(0, bry-uly+1);
  83   SetDimensions(1, brx-ulx+1);
  84   if (nrframes>1)
  85     SetDimensions(2, nrframes);
  86
  87   SetSpacing(0, 409.6/GetDimensions(0) );
  88   SetSpacing(1, 409.6/GetDimensions(1) );
  89
  90   SetOrigin(0, -0.5*(GetDimensions(0)-1)*GetSpacing(0) );
  91   SetOrigin(1, -0.5*(GetDimensions(1)-1)*GetSpacing(1) );
  92 } ////
  93
  94 //--------------------------------------------------------------------
  95 // Read Image Information
  96 bool rtk::HisImageIO::CanReadFile(const char* FileNameToRead)
  97 {
  98   std::string                  filename(FileNameToRead);
  99   const std::string::size_type it = filename.find_last_of( "." );
 100   std::string                  fileExt( filename, it+1, filename.length() );
 101
 102   if (fileExt != std::string("his") )
 103     return false;
 104   return true;
 105 } ////
 106
 107 //--------------------------------------------------------------------
 108 // Read Image Content
 109 void rtk::HisImageIO::Read(void * buffer)
 110 {
 111   // open file
 112   std::ifstream file(m_FileName.c_str(), std::ios::in | std::ios::binary);
 113
 114   if ( file.fail() )
 115     itkGenericExceptionMacro(<< "Could not open file (for reading): " << m_FileName);
 116
 117   file.seekg(m_HeaderSize+HEADER_INFO_SIZE, std::ios::beg);
 118   if ( file.fail() )
 119     itkExceptionMacro(<<"File seek failed (His Read)");
 120
 121   file.read( (char*)buffer, GetImageSizeInBytes() );
 122   if ( file.fail() )
 123     itkExceptionMacro(<<"Read failed: Wanted "
 124                       << GetImageSizeInBytes()
 125                       << " bytes, but read "
 126                       << file.gcount() << " bytes. The current state is: "
 127                       << file.rdstate() );
 128 }
 129
 130 //--------------------------------------------------------------------
 131 bool rtk::HisImageIO::CanWriteFile( const char* itkNotUsed(FileNameToWrite) )
 132 {
 133   return false;
 134 }
 135
 136 //--------------------------------------------------------------------
 137 // Write Image
 138 void rtk::HisImageIO::Write( const void* itkNotUsed(buffer) )
 139 {
 140 } ////