common/vvFromITK.h

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   2
   3  Program:   vv
   4  Language:  C++
   5  Author :   Joel Schaerer (joel.schaerer@insa-lyon.fr)
   6
   7 Copyright (C) 2008
   8 Léon Bérard cancer center http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   9 CREATIS-LRMN http://www.creatis.insa-lyon.fr
  10
  11 This program is free software: you can redistribute it and/or modify
  12 it under the terms of the GNU General Public License as published by
  13 the Free Software Foundation, version 3 of the License.
  14
  15 This program is distributed in the hope that it will be useful,
  16 but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17 MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  18 GNU General Public License for more details.
  19
  20 You should have received a copy of the GNU General Public License
  21 along with this program.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  23 =========================================================================*/
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  25 #ifndef VVIMAGEFROMITK_H
  26 #define VVIMAGEFROMITK_H
  27
  28 #include "vvImage.h"
  29 //#include <itkImage.h>
  30 #include <itkExtractImageFilter.h>
  31 #include <itkImageToVTKImageFilter.h>
  32
  33 /**Converts the itk image to vv, handling the 4D problem
  34  * The time_sequence boolean specifies that the image is to be interpreted as a time sequence,
  35  * even if its dim is < 4. */
  36 template<unsigned int Dim, class PixelType> vvImage::Pointer vvImageFromITK(typename itk::Image<PixelType,Dim>::Pointer input, bool time_sequence=false)
  37 {
  38     assert(Dim < 5 && Dim > 0); // We don't handle anything higher than 4-dimensional (for the moment :-p)
  39     vvImage::Pointer vv_image=vvImage::New();
  40     vv_image->Init(); //Delete any existing images
  41     typedef itk::Image< PixelType, Dim > InputImageType;
  42
  43     if (Dim == 4 || time_sequence) //The time sequence case: create a series of VTK images
  44     {
  45         typedef itk::Image< PixelType,  Dim - 1 >    ConnectorImageType;
  46         typedef itk::ImageToVTKImageFilter <ConnectorImageType> ConnectorType;
  47         typedef itk::ExtractImageFilter<InputImageType,ConnectorImageType> FilterType;
  48
  49         typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
  50         typename ConnectorType::Pointer connector = ConnectorType::New();
  51
  52         //extract the 3D slices and put them in a std::vector<vtkImageData*>
  53         typename InputImageType::RegionType inputRegion = input->GetLargestPossibleRegion();
  54         typename InputImageType::SizeType inputSize = inputRegion.GetSize();
  55
  56         typename InputImageType::SizeType extractedRegionSize = inputSize;
  57         typename InputImageType::RegionType extractedRegion;
  58         extractedRegionSize[Dim - 1] = 0;
  59         extractedRegion.SetSize(extractedRegionSize);
  60
  61         filter->SetInput(input);
  62         connector->SetInput(filter->GetOutput());
  63
  64         typename InputImageType::IndexType start = inputRegion.GetIndex();
  65
  66         for (unsigned int i = 0; i < inputSize[Dim - 1]; i++) {
  67             start[Dim - 1] = i;
  68             extractedRegion.SetIndex(start);
  69             filter->SetExtractionRegion(extractedRegion);
  70             try {
  71                 filter->Update();
  72             }
  73             catch ( itk::ExceptionObject & err ) {
  74                 std::cerr << "Error while setting vvImage from ITK (Dim==4) [Extract phase]"
  75                           << " " << err << std::endl;
  76                 return vv_image;
  77             }
  78             try {
  79                 connector->Update();
  80             }
  81             catch ( itk::ExceptionObject & err ) {
  82                 std::cerr << "Error while setting vvImage from ITK (Dim==4) [Connect phase]"
  83                           << " " << err << std::endl;
  84                 return vv_image;
  85             }
  86             vtkImageData *image = vtkImageData::New();
  87             image->DeepCopy(connector->GetOutput());
  88             vv_image->AddImage(image);
  89         }
  90     }
  91     else //Dim == 1,2,3 and not time_sequence
  92     {
  93         typedef itk::Image< PixelType,  Dim >    ConnectorImageType;
  94         typedef itk::ImageToVTKImageFilter <ConnectorImageType> ConnectorType;
  95         typename ConnectorType::Pointer connector = ConnectorType::New();
  96         connector->SetInput(input);
  97
  98         try {
  99             connector->Update();
 100         }
 101         catch ( itk::ExceptionObject & err ) {
 102             std::cerr << "Error while setting vvImage from ITK (Dim==3)"
 103                       << " " << err << std::endl;
 104             return vv_image;
 105         }
 106         vtkImageData *image = vtkImageData::New();
 107         image->DeepCopy(connector->GetOutput());
 108         vv_image->AddImage(image);
 109     }
 110     return vv_image;
 111 }
 112
 113 #endif //vvImageFromITK