common/vvFromITK.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef VVIMAGEFROMITK_H
  19 #define VVIMAGEFROMITK_H
  20
  21 // vv
  22 #include "vvImage.h"
  23
  24 // itk
  25 #include <itkExtractImageFilter.h>
  26
  27 //------------------------------------------------------------------------------
  28 /**Converts the itk image to vv, handling the 4D problem
  29  * The time_sequence boolean specifies that the image is to be interpreted as a time sequence,
  30  * even if its dim is < 4. */
  31 template<unsigned int Dim, class PixelType> vvImage::Pointer vvImageFromITK(typename itk::Image<PixelType,Dim>::Pointer input, bool time_sequence=false)
  32 {
  33     assert(Dim < 5 && Dim > 0); // We don't handle anything higher than 4-dimensional (for the moment :-p)
  34     vvImage::Pointer vv_image=vvImage::New();
  35     vv_image->Init(); //Delete any existing images
  36     typedef itk::Image< PixelType, Dim > InputImageType;
  37
  38     if (Dim == 4 || time_sequence) //The time sequence case: create a series of VTK images
  39     {
  40         typedef itk::Image< PixelType,  Dim - 1 >    ItkImageType;
  41         typedef itk::ExtractImageFilter<InputImageType, ItkImageType> FilterType;
  42
  43         //extract the 3D slices and put them in a std::vector<vtkImageData*>
  44         typename InputImageType::RegionType inputRegion = input->GetLargestPossibleRegion();
  45         typename InputImageType::SizeType inputSize = inputRegion.GetSize();
  46         typename InputImageType::IndexType start = inputRegion.GetIndex();
  47         typename InputImageType::SizeType extractedRegionSize = inputSize;
  48         typename InputImageType::RegionType extractedRegion;
  49         extractedRegionSize[Dim - 1] = 0;
  50         extractedRegion.SetSize(extractedRegionSize);
  51
  52         for (unsigned int i = 0; i < inputSize[Dim - 1]; i++) {
  53             start[Dim - 1] = i;
  54             extractedRegion.SetIndex(start);
  55
  56             typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
  57             filter->SetExtractionRegion(extractedRegion);
  58             filter->SetInput(input);
  59             filter->ReleaseDataFlagOn();
  60
  61             try {
  62                 filter->Update();
  63             }
  64             catch ( itk::ExceptionObject & err ) {
  65                 std::cerr << "Error while setting vvImage from ITK (Dim==4) [Extract phase]"
  66                           << " " << err << std::endl;
  67                 return vv_image;
  68             }
  69             vv_image->AddItkImage<ItkImageType>(filter->GetOutput());
  70         }
  71         vv_image->SetTimeSpacing(input->GetSpacing()[Dim-1]);
  72         vv_image->SetTimeOrigin(input->GetOrigin()[Dim-1]);
  73     }
  74     else //Dim == 1,2,3 and not time_sequence
  75     {
  76         vv_image->AddItkImage<InputImageType>(input);
  77     }
  78     return vv_image;
  79 }
  80 //------------------------------------------------------------------------------
  81
  82 #endif //vvImageFromITK