common/vvImage.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================*/
  18 #include <itkImageToVTKImageFilter.h>
  19 #include <itkPixelTraits.h>
  20
  21 //--------------------------------------------------------------------
  22 template<class TItkImageType>
  23 void vvImage::AddItkImage(TItkImageType *input)
  24 {
  25   // Update input before conversion to enable exceptions thrown by the ITK pipeline.
  26   // Otherwise, vtkImageImport catches the exception for us.
  27   input->Update();
  28
  29   // Convert from ITK object to VTK object
  30   mImageDimension = TItkImageType::ImageDimension;
  31   typedef itk::ImageToVTKImageFilter <TItkImageType> ConverterType;
  32   typename ConverterType::Pointer converter = ConverterType::New();
  33   mItkToVtkConverters.push_back(dynamic_cast< itk::ProcessObject *>(converter.GetPointer()));
  34   converter->SetInput(input);
  35   converter->Update();
  36   mVtkImages.push_back( converter->GetOutput() );
  37
  38   // Account for direction in transform. The offset is already accounted for
  39   // in the VTK image coordinates, no need to put it in the transform.
  40   vtkSmartPointer<vtkMatrix4x4> matrix = vtkSmartPointer<vtkMatrix4x4>::New();
  41   matrix->Identity();
  42   for(unsigned int i=0; i<input->GetImageDimension(); i++) {
  43     for(unsigned int j=0; j<input->GetImageDimension(); j++) {
  44 #if VTK_MAJOR_VERSION <= 6
  45       (*matrix)[i][j] = input->GetDirection()[i][j];
  46       // Direction is used around the image origin in ITK
  47       (*matrix)[i][3] -= (*matrix)[i][j] * input->GetOrigin()[j];
  48 #else
  49       (*matrix).SetElement(i, j, input->GetDirection()[i][j]);
  50       // Direction is used around the image origin in ITK
  51       (*matrix).SetElement(i, 3, (*matrix).GetElement(i,3) - (*matrix).GetElement(i,j) * input->GetOrigin()[j]);
  52 #endif
  53     }
  54 #if VTK_MAJOR_VERSION <= 6
  55     (*matrix)[i][3] += input->GetOrigin()[i];
  56 #else
  57     (*matrix).SetElement(i, 3, (*matrix).GetElement(i,3) + input->GetOrigin()[i]);
  58 #endif
  59   }
  60
  61   // GetDirection provides the forward transform, vtkImageReslice wants the inverse
  62   matrix->Invert();
  63
  64   mTransform.push_back(vtkSmartPointer<vtkTransform>::New());
  65   mTransform.back()->SetMatrix(matrix);
  66   //META DATA
  67   mDictionary.push_back(&(input->GetMetaDataDictionary()));
  68 }
  69 //--------------------------------------------------------------------
  70
  71 /** Dispatch the computation of scalar range between vector and scalar image */
  72 template<class TPixelType, unsigned int VImageDimension>
  73 void vvImage::ComputeScalarRangeBase(itk::Image<TPixelType,VImageDimension> *input)
  74 {
  75  itkStaticConstMacro(Dimension1, unsigned int, itk::PixelTraits< TPixelType >::Dimension);
  76  ComputeScalarRange(DimensionDispatch< Dimension1 >(), input);
  77 }
  78
  79 //--------------------------------------------------------------------
  80 /** Compute the scalar range for a vector pixel type */
  81 /** TO DO*/
  82 template<class TPixelType, unsigned int VImageDimension>
  83 void vvImage::ComputeScalarRange(DimensionDispatchBase, itk::Image<TPixelType,VImageDimension> *input)
  84 {
  85 }
  86
  87 //--------------------------------------------------------------------
  88 /** Compute the scalar range for a scalar pixel type */
  89 template<class TPixelType, unsigned int VImageDimension>
  90 void vvImage::ComputeScalarRange(DimensionDispatch< 1 >, itk::Image<TPixelType,VImageDimension> *input)
  91 {
  92   typedef typename itk::Image<TPixelType,VImageDimension> TItkImageType;
  93   typedef itk::MinimumMaximumImageCalculator <TItkImageType> ImageCalculatorFilterType;
  94
  95   typename ImageCalculatorFilterType::Pointer imageCalculatorFilter = ImageCalculatorFilterType::New ();
  96   TPixelType tempMin, tempMax;
  97   double tempRange[2];
  98   imageCalculatorFilter->SetImage(input);
  99   imageCalculatorFilter->Compute();
 100   tempMin= imageCalculatorFilter->GetMinimum();
 101   tempMax= imageCalculatorFilter->GetMaximum();
 102
 103   tempRange[0] = (double) tempMin;
 104   tempRange[1] = (double) tempMax;
 105
 106   if (tempRange[0] < mrange[0]) mrange[0]=tempRange[0];
 107   if (tempRange[1] > mrange[1]) mrange[1]=tempRange[1];
 108 }
 109 //--------------------------------------------------------------------
 110