common/vvImageWriter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef vvImageWriter_TXX
  19 #define vvImageWriter_TXX
  20
  21 #include <itkImageFileWriter.h>
  22 #include <itkChangeInformationImageFilter.h>
  23 #include "vvToITK.h"
  24
  25 //====================================================================
  26 template<unsigned int VImageDimension>
  27 void vvImageWriter::UpdateWithDim(std::string OutputPixelType)
  28 {
  29   if (OutputPixelType == "short") {
  30     UpdateWithDimAndOutputPixelType<short,VImageDimension>();
  31   } else if (OutputPixelType == "unsigned short") {
  32     UpdateWithDimAndOutputPixelType<unsigned short,VImageDimension>();
  33   } else if (OutputPixelType == "unsigned_short") {
  34     UpdateWithDimAndOutputPixelType<unsigned short,VImageDimension>();
  35   } else if (OutputPixelType == "char") {
  36     UpdateWithDimAndOutputPixelType<char,VImageDimension>();
  37   } else if (OutputPixelType == "unsigned_char") {
  38     UpdateWithDimAndOutputPixelType<unsigned char,VImageDimension>();
  39   } else if (OutputPixelType == "int") {
  40     UpdateWithDimAndOutputPixelType<int,VImageDimension>();
  41   } else if (OutputPixelType == "double") {
  42     UpdateWithDimAndOutputPixelType<double,VImageDimension>();
  43   } else if (OutputPixelType == "float") {
  44     UpdateWithDimAndOutputPixelType<float,VImageDimension>();
  45   } else {
  46     std::cerr << "Error, output pixel type : \"" << OutputPixelType << "\" unknown !" << std::endl;
  47   }
  48 }
  49 //====================================================================
  50
  51 //====================================================================
  52 template<class OutputPixelType, unsigned int VImageDimension>
  53 void vvImageWriter::UpdateWithDimAndOutputPixelType()
  54 {
  55   // The ITK image
  56   typedef itk::Image< OutputPixelType, VImageDimension > OutputImageType;
  57   typename OutputImageType::ConstPointer itkimg = vvImageToITK<OutputImageType>(mImage);
  58
  59   //Create the writer
  60   typedef itk::ImageFileWriter<OutputImageType> WriterType;
  61   typename WriterType::Pointer writer = WriterType::New();
  62   writer->SetFileName(mOutputFilename);
  63
  64   //Change information if it must transformation must be saved
  65   typedef itk::ChangeInformationImageFilter<OutputImageType> ChangeInfoType;
  66   typename ChangeInfoType::Pointer info = ChangeInfoType::New();
  67   if(mSaveTransform) {
  68     // Set pipeline
  69     info->SetInput(itkimg);
  70     writer->SetInput(info->GetOutput());
  71
  72     // Inverse vv matrix
  73     itk::Matrix<double, 4, 4> trans;
  74     for(int i=0; i<4; i++)
  75       for(int j=0; j<4; j++)
  76         // TODO SR and BP: check on the list of transforms and not the first only
  77         trans[i][j] = mImage->GetTransform()[0]->GetMatrix()->GetElement(i,j);
  78     trans = trans.GetInverse();
  79
  80     // Direction
  81     typename ChangeInfoType::DirectionType direction;
  82     for(unsigned int i=0; i<VImageDimension; i++)
  83       for(unsigned int j=0; j<VImageDimension; j++)
  84         direction[i][j] = trans[i][j];
  85     info->SetOutputDirection(direction);
  86     info->ChangeDirectionOn();
  87
  88     // Origin
  89     typename ChangeInfoType::PointType origin = itkimg->GetOrigin();
  90     origin = direction * origin;
  91     for(unsigned int i=0; i<VImageDimension; i++)
  92       origin[i] += trans[i][3];
  93     info->SetOutputOrigin(origin);
  94     info->ChangeOriginOn();
  95   }
  96   else
  97     writer->SetInput(itkimg);
  98
  99
 100   if (mUseAnObserver) {
 101     writer->AddObserver(itk::ProgressEvent(), mObserver);
 102   }
 103   try {
 104     writer->Update();
 105   } catch ( itk::ExceptionObject & err ) {
 106     std::cerr << "Error while reading " << mOutputFilename.c_str()
 107               << " " << err << std::endl;
 108     std::stringstream error;
 109     error << err;
 110     mLastError = error.str();
 111     return;
 112   }
 113 }
 114 //====================================================================
 115
 116 #endif /* end #define vvImageWriter_TXX */
 117