common/vvImageWriter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef vvImageWriter_TXX
  19 #define vvImageWriter_TXX
  20
  21 #include <itkImageFileWriter.h>
  22 #include <itkChangeInformationImageFilter.h>
  23 #include "vvToITK.h"
  24
  25 //====================================================================
  26 template<unsigned int VImageDimension>
  27 void vvImageWriter::UpdateWithDim(std::string OutputPixelType)
  28 {
  29   if (OutputPixelType == "short") {
  30     UpdateWithDimAndOutputPixelType<short,VImageDimension>();
  31   } else if (OutputPixelType == "unsigned short") {
  32     UpdateWithDimAndOutputPixelType<unsigned short,VImageDimension>();
  33   } else if (OutputPixelType == "unsigned_short") {
  34     UpdateWithDimAndOutputPixelType<unsigned short,VImageDimension>();
  35   } else if (OutputPixelType == "char") {
  36     UpdateWithDimAndOutputPixelType<char,VImageDimension>();
  37   } else if (OutputPixelType == "unsigned_char") {
  38     UpdateWithDimAndOutputPixelType<unsigned char,VImageDimension>();
  39   } else if (OutputPixelType == "int") {
  40     UpdateWithDimAndOutputPixelType<int,VImageDimension>();
  41   } else if (OutputPixelType == "unsigned_int") {
  42     UpdateWithDimAndOutputPixelType<unsigned int,VImageDimension>();
  43   } else if (OutputPixelType == "double") {
  44     UpdateWithDimAndOutputPixelType<double,VImageDimension>();
  45   } else if (OutputPixelType == "float") {
  46     UpdateWithDimAndOutputPixelType<float,VImageDimension>();
  47   } else {
  48     std::cerr << "Error, output pixel type : \"" << OutputPixelType << "\" unknown !" << std::endl;
  49   }
  50 }
  51 //====================================================================
  52
  53 //====================================================================
  54 template<class OutputPixelType, unsigned int VImageDimension>
  55 void vvImageWriter::UpdateWithDimAndOutputPixelType()
  56 {
  57   // The ITK image
  58   typedef itk::Image< OutputPixelType, VImageDimension > OutputImageType;
  59   typename OutputImageType::ConstPointer itkimg = vvImageToITK<OutputImageType>(mImage);
  60
  61   //Create the writer
  62   typedef itk::ImageFileWriter<OutputImageType> WriterType;
  63   typename WriterType::Pointer writer = WriterType::New();
  64   writer->SetFileName(mOutputFilename);
  65
  66   //Change information if it must transformation must be saved
  67   typedef itk::ChangeInformationImageFilter<OutputImageType> ChangeInfoType;
  68   typename ChangeInfoType::Pointer info = ChangeInfoType::New();
  69   if(mSaveTransform) {
  70     // Set pipeline
  71     info->SetInput(itkimg);
  72     writer->SetInput(info->GetOutput());
  73
  74     // Inverse vv matrix
  75     itk::Matrix<double, 4, 4> trans;
  76     for(int i=0; i<4; i++)
  77       for(int j=0; j<4; j++)
  78         // TODO SR and BP: check on the list of transforms and not the first only
  79         trans[i][j] = mImage->GetTransform()[0]->GetMatrix()->GetElement(i,j);
  80     trans = trans.GetInverse();
  81
  82     // Direction
  83     typename ChangeInfoType::DirectionType direction;
  84     for(unsigned int i=0; i<VImageDimension; i++)
  85       for(unsigned int j=0; j<VImageDimension; j++)
  86         direction[i][j] = trans[i][j];
  87     info->SetOutputDirection(direction);
  88     info->ChangeDirectionOn();
  89
  90     // Origin
  91     typename ChangeInfoType::PointType origin = itkimg->GetOrigin();
  92     origin = direction * origin;
  93     for(unsigned int i=0; i<VImageDimension; i++)
  94       origin[i] += trans[i][3];
  95     info->SetOutputOrigin(origin);
  96     info->ChangeOriginOn();
  97   }
  98   else
  99     writer->SetInput(itkimg);
 100
 101
 102   if (mUseAnObserver) {
 103     writer->AddObserver(itk::ProgressEvent(), mObserver);
 104   }
 105   try {
 106     writer->Update();
 107   } catch ( itk::ExceptionObject & err ) {
 108     std::cerr << "Error while reading " << mOutputFilename.c_str()
 109               << " " << err << std::endl;
 110     std::stringstream error;
 111     error << err;
 112     mLastError = error.str();
 113     return;
 114   }
 115 }
 116 //====================================================================
 117
 118 #endif /* end #define vvImageWriter_TXX */
 119