cpPluginsIO/ImageReader.cxx

   1 #include <cpPluginsIO/ImageReader.h>
   2 #include <cpPlugins/Image.h>
   3
   4 #include <itkImageFileReader.h>
   5 #include <itkImageSeriesReader.h>
   6 #include <itkImageFileReader.hxx>
   7 #include <itkImageSeriesReader.hxx>
   8 #include <itkImageAlgorithm.hxx>
   9
  10 // -------------------------------------------------------------------------
  11 cpPluginsIO::ImageReader::
  12 ImageReader( )
  13   : Superclass( )
  14 {
  15   this->_AddOutput< cpPlugins::Image >( "Output" );
  16   this->m_Parameters.Clear( );
  17   this->m_Parameters.ConfigureAsOpenFileNameList( "FileNames" );
  18   this->m_Parameters.SetAcceptedFileExtensions(
  19     "FileNames",
  20     "Image files (*.bmp *.png *.jpg *.jpeg *.dcm *.mhd *.nhdr *.nrrd *.tiff)"
  21     );
  22 }
  23
  24 // -------------------------------------------------------------------------
  25 cpPluginsIO::ImageReader::
  26 ~ImageReader( )
  27 {
  28 }
  29
  30 // -------------------------------------------------------------------------
  31 std::string cpPluginsIO::ImageReader::
  32 _GenerateData( )
  33 {
  34   // Get filenames
  35   auto fnames = this->m_Parameters.GetOpenFileNameList( "FileNames" );
  36   std::string r = "";
  37   if( fnames.size( ) >= 1 )
  38   {
  39     // Guess image properties
  40     itk::ImageIOBase::Pointer io =
  41       itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(
  42         fnames[ 0 ].c_str( ),
  43         itk::ImageIOFactory::ReadMode
  44         );
  45     if( io.IsNotNull( ) )
  46     {
  47       io->SetFileName( fnames[ 0 ] );
  48       io->ReadImageInformation( );
  49       if( fnames.size( ) >= 1 )
  50       {
  51         switch( io->GetNumberOfDimensions( ) )
  52         {
  53         case 1: r = this->_GD0< 1 >( io ); break;
  54         case 2: r = this->_GD0< 2 >( io ); break;
  55         case 3: r = this->_GD0< 3 >( io ); break;
  56         case 4: r = this->_GD0< 4 >( io ); break;
  57         default:
  58           r = "IO::ImageReader: Image dimension not supported.";
  59           break;
  60         } // hctiws
  61
  62       } // fi
  63     }
  64     else
  65       r =
  66         "IO::ImageReader: Could not CreateImageIO for \"" +
  67         fnames[ 0 ] +
  68         "\"";
  69   }
  70   else
  71     r = "IO::ImageReader: No image(s) given";
  72   return( r );
  73 }
  74
  75 // -------------------------------------------------------------------------
  76 template< unsigned int _Dim >
  77 std::string cpPluginsIO::ImageReader::
  78 _GD0( itk::ImageIOBase* io )
  79 {
  80   typedef unsigned char  uchar;
  81   typedef unsigned short ushort;
  82   typedef unsigned int   uint;
  83   typedef unsigned long  ulong;
  84
  85   itk::ImageIOBase::IOComponentType ct = io->GetComponentType( );
  86   itk::ImageIOBase::IOPixelType pt = io->GetPixelType( );
  87
  88   std::string r = "";
  89   if( pt == itk::ImageIOBase::SCALAR )
  90   {
  91     switch( ct )
  92     {
  93     case itk::ImageIOBase::CHAR   : r = this->_GD1<   char, _Dim >( io ); break;
  94     case itk::ImageIOBase::SHORT  : r = this->_GD1<  short, _Dim >( io ); break;
  95     case itk::ImageIOBase::INT    : r = this->_GD1<    int, _Dim >( io ); break;
  96     case itk::ImageIOBase::LONG   : r = this->_GD1<   long, _Dim >( io ); break;
  97     case itk::ImageIOBase::FLOAT  : r = this->_GD1<  float, _Dim >( io ); break;
  98     case itk::ImageIOBase::DOUBLE : r = this->_GD1< double, _Dim >( io ); break;
  99     case itk::ImageIOBase::UCHAR  : r = this->_GD1<  uchar, _Dim >( io ); break;
 100     case itk::ImageIOBase::USHORT : r = this->_GD1< ushort, _Dim >( io ); break;
 101     case itk::ImageIOBase::UINT   : r = this->_GD1<   uint, _Dim >( io ); break;
 102     case itk::ImageIOBase::ULONG  : r = this->_GD1<  ulong, _Dim >( io ); break;
 103     default:
 104       r = "IO::ImageReader: Scalar pixel type not supported.";
 105       break;
 106     } // hctiws
 107   }
 108   else if( pt == itk::ImageIOBase::RGB )
 109   {
 110     switch( ct )
 111     {
 112     case itk::ImageIOBase::CHAR   : r = this->_GD1< itk::RGBPixel<   char >, _Dim >( io ); break;
 113     case itk::ImageIOBase::SHORT  : r = this->_GD1< itk::RGBPixel<  short >, _Dim >( io ); break;
 114     case itk::ImageIOBase::INT    : r = this->_GD1< itk::RGBPixel<    int >, _Dim >( io ); break;
 115     case itk::ImageIOBase::LONG   : r = this->_GD1< itk::RGBPixel<   long >, _Dim >( io ); break;
 116     case itk::ImageIOBase::FLOAT  : r = this->_GD1< itk::RGBPixel<  float >, _Dim >( io ); break;
 117     case itk::ImageIOBase::DOUBLE : r = this->_GD1< itk::RGBPixel< double >, _Dim >( io ); break;
 118     case itk::ImageIOBase::UCHAR  : r = this->_GD1< itk::RGBPixel<  uchar >, _Dim >( io ); break;
 119     case itk::ImageIOBase::USHORT : r = this->_GD1< itk::RGBPixel< ushort >, _Dim >( io ); break;
 120     case itk::ImageIOBase::UINT   : r = this->_GD1< itk::RGBPixel<   uint >, _Dim >( io ); break;
 121     case itk::ImageIOBase::ULONG  : r = this->_GD1< itk::RGBPixel<  ulong >, _Dim >( io ); break;
 122     default:
 123       r = "IO::ImageReader: RGB pixel type not supported.";
 124       break;
 125     } // hctiws
 126   }
 127   else if( pt == itk::ImageIOBase::RGBA )
 128   {
 129     switch( ct )
 130     {
 131     case itk::ImageIOBase::CHAR   : r = this->_GD1< itk::RGBAPixel<   char >, _Dim >( io ); break;
 132     case itk::ImageIOBase::SHORT  : r = this->_GD1< itk::RGBAPixel<  short >, _Dim >( io ); break;
 133     case itk::ImageIOBase::INT    : r = this->_GD1< itk::RGBAPixel<    int >, _Dim >( io ); break;
 134     case itk::ImageIOBase::LONG   : r = this->_GD1< itk::RGBAPixel<   long >, _Dim >( io ); break;
 135     case itk::ImageIOBase::FLOAT  : r = this->_GD1< itk::RGBAPixel<  float >, _Dim >( io ); break;
 136     case itk::ImageIOBase::DOUBLE : r = this->_GD1< itk::RGBAPixel< double >, _Dim >( io ); break;
 137     case itk::ImageIOBase::UCHAR  : r = this->_GD1< itk::RGBAPixel<  uchar >, _Dim >( io ); break;
 138     case itk::ImageIOBase::USHORT : r = this->_GD1< itk::RGBAPixel< ushort >, _Dim >( io ); break;
 139     case itk::ImageIOBase::UINT   : r = this->_GD1< itk::RGBAPixel<   uint >, _Dim >( io ); break;
 140     case itk::ImageIOBase::ULONG  : r = this->_GD1< itk::RGBAPixel<  ulong >, _Dim >( io ); break;
 141     default:
 142       r = "IO::ImageReader: RGBA pixel type not supported.";
 143       break;
 144     } // hctiws
 145   }
 146   else if( pt == itk::ImageIOBase::COMPLEX )
 147   {
 148     switch( ct )
 149     {
 150     case itk::ImageIOBase::FLOAT  : r = this->_GD1< std::complex<  float >, _Dim >( io ); break;
 151     case itk::ImageIOBase::DOUBLE : r = this->_GD1< std::complex< double >, _Dim >( io ); break;
 152     default:
 153       r = "IO::ImageReader: complex pixel type not supported.";
 154       break;
 155     } // hctiws
 156   }
 157   /* TODO
 158      else if( pt == itk::ImageIOBase::VECTOR )
 159      {
 160      }
 161      else if( pt == itk::ImageIOBase::POINT )
 162      {
 163      }
 164      else if( pt == itk::ImageIOBase::COVARIANTVECTOR )
 165      {
 166      }
 167      else if( pt == itk::ImageIOBase::SYMMETRICSECONDRANKTENSOR )
 168      {
 169      }
 170      else if( pt == itk::ImageIOBase::DIFFUSIONTENSOR3D )
 171      {
 172      }
 173      else if( pt == itk::ImageIOBase::OFFSET )
 174      {
 175      }
 176      else if( pt == itk::ImageIOBase::FIXEDARRAY )
 177      {
 178      }
 179      else if( pt == itk::ImageIOBase::MATRIX )
 180      {
 181      }
 182   */
 183   else
 184     r = "IO::ImageReader: Image pixel type not yet supported.";
 185   return( r );
 186 }
 187
 188 // -------------------------------------------------------------------------
 189 template< class _TPixel, unsigned int _Dim >
 190 std::string cpPluginsIO::ImageReader::
 191 _GD1( itk::ImageIOBase* io )
 192 {
 193   typedef itk::Image< _TPixel, _Dim > _TImage;
 194
 195   // Get filenames
 196   std::string r = "";
 197   auto fnames = this->m_Parameters.GetOpenFileNameList( "FileNames" );
 198   if( fnames.size( ) == 1 )
 199   {
 200     auto f = this->_CreateITK< itk::ImageFileReader< _TImage > >( );
 201     f->SetFileName( fnames[ 0 ] );
 202     f->SetImageIO( io );
 203     try
 204     {
 205       f->Update( );
 206       this->GetOutput( "Output" )->SetITK( f->GetOutput( ) );
 207     }
 208     catch( itk::ExceptionObject& err )
 209     {
 210       r = "IO::ImageReader: " + std::string( err.GetDescription( ) );
 211     }
 212   }
 213   else // if( fnames.size( ) > 1 )
 214   {
 215     auto f = this->_CreateITK< itk::ImageSeriesReader< _TImage > >( );
 216     for( auto i = fnames.begin( ); i != fnames.end( ); ++i )
 217       f->AddFileName( *i );
 218     f->SetImageIO( io );
 219     try
 220     {
 221       f->Update( );
 222       this->GetOutput( "Output" )->SetITK( f->GetOutput( ) );
 223     }
 224     catch( itk::ExceptionObject& err )
 225     {
 226       r = "IO::ImageReader: " + std::string( err.GetDescription( ) );
 227     }
 228
 229   } // fi
 230   return( r );
 231 }
 232
 233 // eof - $RCSfile$