exOverlaysACR.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: exOverlaysACR.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/07/07 17:31:54 $
   7   Version:   $Revision: 1.4 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmFileHelper.h"
  20 #include "gdcmCommon.h"
  21 #include "gdcmDebug.h"
  22 #include "gdcmDocEntry.h"
  23
  24 #include <iostream>
  25  #include <stdio.h>
  26
  27  // WARNING :
  28  // unfinished : DO NOT to be used as is !
  29
  30  /*
  31  // Example (sorry, we've got no more than this one ...)
  32
  33 V 0028|0010[US] [Rows] [256] x(100)
  34 V 0028|0011[US] [Columns] [256] x(100)
  35 V 0028|0030[DS] [Pixel Spacing] [01.56\1.56]
  36 V 0028|0100[US] [Bits Allocated] [16] x(10)
  37 V 0028|0101[US] [Bits Stored] [12] x(c)
  38 V 0028|0102[US] [High Bit] [11] x(b)
  39 V 0028|0103[US] [Pixel Representation] [0] x(0)
  40
  41 V 6000|0000[UL] [Group Length] [96] x(60)
  42 V 6000|0010[US] [Rows] [256] x(100)
  43 V 6000|0011[US] [Columns] [256] x(100)
  44 V 6000|0040[CS] [Overlay Type] [R ]
  45 V 6000|0050[SS] [Overlay Origin] [23601\8241] x(5c31)
  46 V 6000|0100[US] [Overlay Bits Allocated] [16] x(10)
  47 V 6000|0102[US] [Overlay Bit Position] [12] x(c)
  48 ...
  49 ...
  50 V 6006|0000[UL] [Group Length] [96] x(60)
  51 V 6006|0010[US] [Rows] [256] x(100)
  52 V 6006|0011[US] [Columns] [256] x(100)
  53 V 6006|0040[CS] [Overlay Type] [R ]
  54 V 6006|0050[SS] [Overlay Origin] [23601\8241] x(5c31)
  55 V 6006|0100[US] [Overlay Bits Allocated] [16] x(10)
  56 V 6006|0102[US] [Overlay Bit Position] [15] x(f)
  57  */
  58
  59 int main(int argc, char *argv[])
  60 {
  61    gdcm::File *f;
  62
  63    //gdcm::Debug::DebugOn();
  64
  65    std::cout << "------------------------------------------------" << std::endl;
  66    std::cout << "Gets the 'Overlays' from a full gdcm-readable ACR-NEMA "
  67              << "uncompressed image" << std::endl;
  68    std::cout << "Writes them in DicomV3 files named 'gdcmOverlay-xxx.dcm'"
  69              << std::endl;
  70    std::cout << "(Note :  we just have ONE image : "
  71              << "SIEMENS_GBS_III-16-ACR_NEMA_1.acr)"
  72              << std::endl;
  73    std::cout << "------------------------------------------------" << std::endl;
  74
  75    std::string fileName;
  76    if( argc > 1 )
  77       fileName = argv[1];
  78    else
  79       fileName = "SIEMENS_GBS_III-16-ACR_NEMA_1.acr";
  80
  81    std::cout << fileName << std::endl;
  82 // ============================================================
  83 //   Read the input image.
  84 // ============================================================
  85
  86    //std::cout << argv[1] << std::endl;
  87
  88    f = new gdcm::File( );
  89
  90    f->SetLoadMode(NO_SEQ | NO_SHADOW);
  91    f->SetFileName( fileName );
  92    bool res = f->Load();
  93
  94    if( gdcm::Debug::GetDebugFlag() )
  95    {
  96       std::cout << "---------------------------------------------" << std::endl;
  97       f->Print();
  98       std::cout << "---------------------------------------------" << std::endl;
  99    }
 100    if (!res) {
 101        std::cout << "Sorry, " << fileName <<"  not a gdcm-readable "
 102            << "DICOM / ACR File"
 103            <<std::endl;
 104       delete f;
 105       return 0;
 106    }
 107    std::cout << " ... is readable " << std::endl;
 108
 109 // ============================================================
 110 //   Check whether image contains Overlays ACR-NEMA style.
 111 // ============================================================
 112
 113    int bitsAllocated = f->GetBitsAllocated();
 114    if ( bitsAllocated <= 8 )
 115    {
 116       std::cout << " 8 bits pixel image cannot contain Overlays " << std::endl;
 117       delete f;
 118       return 0;
 119    }
 120    std::string s1 = f->GetEntryValue(0x6000, 0x0102);
 121    if (s1 == gdcm::GDCM_UNFOUND)
 122    {
 123       std::cout << " Image doesn't contain any Overlay " << std::endl;
 124       delete f;
 125       return 0;
 126    }
 127    std::cout << " File is read! " << std::endl;
 128
 129
 130 // ============================================================
 131 //   Load the pixels in memory.
 132 // ============================================================
 133
 134    // We don't use a gdcm::FileHelper, since it rubs out
 135    // the 'non image' bits of the pixels...
 136
 137    int nx = f->GetXSize();
 138    int ny = f->GetYSize();
 139
 140    std::cout << "Dimensions " << ny << "  " <<ny << std::endl;
 141
 142    gdcm::DocEntry *p = f->GetDocEntry(f->GetGrPixel(), f->GetNumPixel());
 143    if (p == 0)
 144       std::cout << "Pixels element  not found" << std::endl;
 145    else
 146       std::cout << "Pixels element FOUND" << std::endl;
 147
 148    int offset = (int)(p->GetOffset());
 149
 150    std::cout << "Offset " << offset << std::endl;
 151
 152    FILE *fp = fopen(fileName.c_str(), "r");
 153
 154    if (fp == 0)
 155    {
 156       std::cout << "Unable to open File" << std::endl;
 157       delete f;
 158       return 0;
 159    }
 160    else
 161       std::cout << "File open successfully" << std::endl;
 162
 163    fseek(fp, (long) offset,SEEK_SET);
 164    uint16_t *pixels = new uint16_t[nx*ny];
 165    size_t lgt = fread(pixels, 1,  nx*ny*sizeof( uint16_t) , fp );
 166
 167    if ( lgt != (size_t)nx*ny*sizeof( uint16_t) )
 168    {
 169        std::cout << "Sorry, Pixels of" << fileName << "  are not "
 170                  << "readable. expected length :" << nx*ny
 171                  << "  " << "read length : " << lgt
 172                  << std::endl;
 173        delete f;
 174        delete pixels;
 175        return 0;
 176    }
 177    else
 178    {
 179       std::cout << "Pixels read as expected : length = " << lgt << std::endl;
 180    }
 181
 182
 183 // ============================================================
 184 //   Get each overlay Bit into an image
 185 // ============================================================
 186
 187    uint8_t *tabPixels = new uint8_t[nx*ny]; // uint8 is enought to hold 1 bit !
 188
 189    uint16_t currentOvlGroup = 0x6000;
 190    std::string strOvlBitPosition;
 191    int ovlBitPosition;
 192    uint16_t mask;
 193    int i = 0;
 194    uint16_t overlayLocation;
 195    std::ostringstream str;
 196    std::string strOverlayLocation;
 197    gdcm::File *fileToBuild = 0;
 198    gdcm::FileHelper *fh = 0;
 199
 200
 201 while ( (strOvlBitPosition = f->GetEntryValue(currentOvlGroup, 0x0102))
 202           != gdcm::GDCM_UNFOUND )
 203 {
 204
 205       strOverlayLocation = f->GetEntryValue(currentOvlGroup, 0x0200);
 206       if ( strOverlayLocation != gdcm::GDCM_UNFOUND )
 207       {
 208          overlayLocation = atoi(strOverlayLocation.c_str());
 209          if ( overlayLocation != f->GetGrPixel() )
 210          {
 211             std::cout << "Big Trouble : Overlays are NOT in the Pixels Group "
 212                       << std::hex << "(" << overlayLocation << " vs "
 213                       << f->GetGrPixel() << std::endl;
 214             // Actually, here, we should (try to) read the overlay location
 215             // and go on the job.
 216             continue;
 217          }
 218       }
 219       ovlBitPosition = atoi(strOvlBitPosition.c_str());
 220       mask = 1 << ovlBitPosition;
 221       std::cout << "Mask :[" <<std::hex << mask << "]" << std::endl;
 222       for (int j=0; j<nx*ny ; j++)
 223       {
 224          if( gdcm::Debug::GetDebugFlag() )
 225             if (pixels[j] >= 0x1000)// if it contains at least one overlay bit
 226                printf("%d : %04x\n",j, pixels[j]);
 227
 228          if ( (pixels[j] & mask) == 0 )
 229             tabPixels[j] = 0;
 230          else
 231             tabPixels[j] = 128;
 232       }
 233       if( gdcm::Debug::GetDebugFlag() )
 234          std::cout << "About to built empty file"  << std::endl;
 235
 236       fileToBuild = new gdcm::File();
 237
 238       if( gdcm::Debug::GetDebugFlag() )
 239          std::cout << "Finish to built empty file"  << std::endl;
 240
 241       str.str("");
 242       str << nx;
 243       fileToBuild->InsertValEntry(str.str(),0x0028,0x0011); // Columns
 244       str.str("");
 245       str << ny;
 246       fileToBuild->InsertValEntry(str.str(),0x0028,0x0010); // Rows
 247
 248       fileToBuild->InsertValEntry("8",0x0028,0x0100); // Bits Allocated
 249       fileToBuild->InsertValEntry("8",0x0028,0x0101); // Bits Stored
 250       fileToBuild->InsertValEntry("7",0x0028,0x0102); // High Bit
 251       fileToBuild->InsertValEntry("0",0x0028,0x0103); // Pixel Representation
 252       fileToBuild->InsertValEntry("1",0x0028,0x0002); // Samples per Pixel
 253
 254       fileToBuild->InsertValEntry("MONOCHROME2 ",0x0028,0x0004);
 255       // Other mandatory fields will be set automatically,
 256       // just before Write(), by FileHelper::CheckMandatoryElements()
 257
 258       if( gdcm::Debug::GetDebugFlag() )
 259          std::cout << "-------------About to built FileHelper"  << std::endl;
 260
 261       fh = new gdcm::FileHelper(fileToBuild);
 262
 263       if( gdcm::Debug::GetDebugFlag() )
 264          std::cout << "-------------Finish to built FileHelper"  << std::endl;
 265
 266       fh->SetImageData(tabPixels,nx*ny);
 267       fh->SetWriteTypeToDcmExplVR();
 268
 269       str.str("");
 270       str<<"gdcmOverlay-"<<i << ".dcm";
 271       //   Write the current 'overlay' file
 272
 273       if( !fh->Write(str.str()) )
 274       {
 275          std::cout << "Failed\n"
 276                    << "File in unwrittable\n";
 277          delete fh;
 278          if (fileToBuild)
 279             delete fileToBuild;
 280          delete pixels;
 281          delete tabPixels;
 282          return 0;
 283       }
 284       else
 285       {
 286          std::cout << "File written successfully" << std::endl;
 287       }
 288       currentOvlGroup += 2;
 289       i++;
 290    }
 291
 292    delete f;
 293    if (f)
 294       delete fh;
 295    if (fileToBuild)
 296       delete fileToBuild;
 297    delete pixels;
 298    delete tabPixels;
 299    return 0;
 300 }
 301