filters/clitkBinarizeImageGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef clitkBinarizeImageGenericFilter_txx
  19 #define clitkBinarizeImageGenericFilter_txx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkBinarizeImageGenericFilter.txx
  23  * @author Jef Vandemeulebroucke <jef@creatis.insa-lyon.fr>
  24  * @date   29 june 2009
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30 // itk include
  31 #include "itkBinaryThresholdImageFilter.h"
  32 #include "itkMaskImageFilter.h"
  33 #include "itkMaskNegatedImageFilter.h"
  34 #include <clitkCommon.h>
  35 #include <tiff.h>
  36
  37 namespace clitk
  38 {
  39
  40   //--------------------------------------------------------------------
  41   template<class args_info_type>
  42   BinarizeImageGenericFilter<args_info_type>::BinarizeImageGenericFilter():
  43     ImageToImageGenericFilter<Self>("Binarize") {
  44     InitializeImageType<2>();
  45     InitializeImageType<3>();
  46     InitializeImageType<4>();
  47   }
  48   //--------------------------------------------------------------------
  49
  50
  51   //--------------------------------------------------------------------
  52   template<class args_info_type>
  53   template<unsigned int Dim>
  54   void BinarizeImageGenericFilter<args_info_type>::InitializeImageType() {
  55     ADD_IMAGE_TYPE(Dim, char);
  56     ADD_IMAGE_TYPE(Dim, uchar);
  57     ADD_IMAGE_TYPE(Dim, short);
  58     ADD_IMAGE_TYPE(Dim, ushort);
  59     ADD_IMAGE_TYPE(Dim, int);
  60     ADD_IMAGE_TYPE(Dim, uint16);
  61     ADD_IMAGE_TYPE(Dim, float);
  62     ADD_IMAGE_TYPE(Dim, double);
  63   }
  64   //--------------------------------------------------------------------
  65
  66
  67   //--------------------------------------------------------------------
  68   template<class args_info_type>
  69   void BinarizeImageGenericFilter<args_info_type>::SetArgsInfo(const args_info_type & a) {
  70     mArgsInfo=a;
  71     SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  72     if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  73
  74     if (mArgsInfo.input_given) {
  75       SetInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  76     }
  77     if (mArgsInfo.output_given) {
  78       SetOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  79     }
  80   }
  81   //--------------------------------------------------------------------
  82
  83   //--------------------------------------------------------------------
  84   // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  85   //--------------------------------------------------------------------
  86   template<class args_info_type>
  87   template<class InputImageType>
  88   void
  89   BinarizeImageGenericFilter<args_info_type>::UpdateWithInputImageType()
  90   {
  91
  92     // Reading input
  93     typename InputImageType::Pointer input = this->template GetInput<InputImageType>(0);
  94
  95     // Main filter
  96     typedef typename InputImageType::PixelType PixelType;
  97     typedef itk::Image<char, InputImageType::ImageDimension> OutputImageType;
  98
  99     // Filter
 100     typedef itk::BinaryThresholdImageFilter<InputImageType, OutputImageType> BinaryThresholdImageFilterType;
 101     typename BinaryThresholdImageFilterType::Pointer thresholdFilter=BinaryThresholdImageFilterType::New();
 102     thresholdFilter->SetInput(input);
 103     thresholdFilter->SetInsideValue(mArgsInfo.fg_arg);
 104
 105     if (mArgsInfo.lower_given) thresholdFilter->SetLowerThreshold(static_cast<PixelType>(mArgsInfo.lower_arg));
 106     if (mArgsInfo.upper_given) thresholdFilter->SetUpperThreshold(static_cast<PixelType>(mArgsInfo.upper_arg));
 107
 108     // DD(mArgsInfo.lower_given);
 109     // DD(mArgsInfo.upper_given);
 110     // DD(mArgsInfo.lower_arg);
 111     // DD(mArgsInfo.upper_arg);
 112     // DD(mArgsInfo.fg_arg);
 113     // DD(mArgsInfo.bg_arg);
 114     // DD(mArgsInfo.fg_given);
 115     // DD(mArgsInfo.bg_given);
 116     // DD(mArgsInfo.mode_arg);
 117
 118 // <<<<<<< clitkBinarizeImageGenericFilter.txx
 119 //     DD(mArgsInfo.useFG_flag);
 120 //     DD(mArgsInfo.useBG_flag);
 121
 122 //     thresholdFilter->SetInsideValue(mArgsInfo.fg_arg);
 123
 124 //     // Keep BG value to 0 if maskFilterType is used after
 125 //     if (mArgsInfo.useBG_flag && mArgsInfo.useFG_flag) {
 126 //       thresholdFilter->SetOutsideValue(mArgsInfo.bg_arg);
 127 //     }
 128 //     else {
 129 //       DD("0");
 130 //       thresholdFilter->SetOutsideValue(0);
 131 //     }
 132
 133 //     // thresholdFilter->Update();
 134
 135 //     // If no BG or no FG : new image, copy input with MaskImageFilter
 136 //     // If setFG -> FG BG have been changed
 137 //     if (mArgsInfo.useBG_flag && mArgsInfo.useFG_flag) {
 138 // =======
 139     /* Three modes :
 140        - FG -> only use FG value for pixel in the Foreground (or Inside), keep input values for outside
 141        - BG -> only use BG value for pixel in the Background (or Outside), keep input values for inside
 142        - both -> use FG and BG (real binary image)
 143     */
 144       if (mArgsInfo.mode_arg == std::string("both")) {
 145       thresholdFilter->SetOutsideValue(mArgsInfo.bg_arg);
 146       thresholdFilter->Update();
 147       //>>>>>>> 1.5
 148       typename OutputImageType::Pointer outputImage = thresholdFilter->GetOutput();
 149       this->template SetNextOutput<OutputImageType>(outputImage);
 150     }
 151     else {
 152       typename InputImageType::Pointer outputImage;
 153       thresholdFilter->SetOutsideValue(0);
 154       if (mArgsInfo.mode_arg == std::string("BG")) {
 155         typedef itk::MaskImageFilter<InputImageType,OutputImageType> maskFilterType;
 156         typename maskFilterType::Pointer maskFilter = maskFilterType::New();
 157         maskFilter->SetInput1(input);
 158         maskFilter->SetInput2(thresholdFilter->GetOutput());
 159         maskFilter->SetOutsideValue(mArgsInfo.bg_arg);
 160         maskFilter->Update();
 161         outputImage = maskFilter->GetOutput();
 162       }
 163       else {
 164         typedef itk::MaskNegatedImageFilter<InputImageType,OutputImageType> maskFilterType;
 165         typename maskFilterType::Pointer maskFilter = maskFilterType::New();
 166         maskFilter->SetInput1(input);
 167         maskFilter->SetInput2(thresholdFilter->GetOutput());
 168         maskFilter->SetOutsideValue(mArgsInfo.fg_arg);
 169         maskFilter->Update();
 170         outputImage = maskFilter->GetOutput();
 171       }
 172       // Write/Save results
 173       this->template SetNextOutput<InputImageType>(outputImage);
 174     }
 175   }
 176   //--------------------------------------------------------------------
 177
 178
 179 }//end clitk
 180
 181 #endif //#define clitkBinarizeImageGenericFilter_txx