filters/clitkBinarizeImageGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKBINARIZEIMAGEGENERICFILTER_TXX
  20 #define CLITKBINARIZEIMAGEGENERICFILTER_TXX
  21
  22 // itk include
  23 #include "itkBinaryThresholdImageFilter.h"
  24 #include "itkMaskImageFilter.h"
  25 #include "itkMaskNegatedImageFilter.h"
  26 #include <clitkCommon.h>
  27 // #include <tiff.h>
  28
  29 namespace clitk
  30 {
  31
  32   //--------------------------------------------------------------------
  33   template<class args_info_type>
  34   BinarizeImageGenericFilter<args_info_type>::BinarizeImageGenericFilter():
  35     ImageToImageGenericFilter<Self>("Binarize") {
  36     InitializeImageType<2>();
  37     InitializeImageType<3>();
  38     InitializeImageType<4>();
  39   }
  40   //--------------------------------------------------------------------
  41
  42
  43   //--------------------------------------------------------------------
  44   template<class args_info_type>
  45   template<unsigned int Dim>
  46   void BinarizeImageGenericFilter<args_info_type>::InitializeImageType() {
  47     ADD_DEFAULT_IMAGE_TYPES(Dim);
  48   }
  49   //--------------------------------------------------------------------
  50
  51
  52   //--------------------------------------------------------------------
  53   template<class args_info_type>
  54   void BinarizeImageGenericFilter<args_info_type>::SetArgsInfo(const args_info_type & a) {
  55     mArgsInfo=a;
  56     SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  57     if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  58
  59     if (mArgsInfo.input_given) {
  60       SetInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  61     }
  62     if (mArgsInfo.output_given) {
  63       SetOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  64     }
  65   }
  66   //--------------------------------------------------------------------
  67
  68   //--------------------------------------------------------------------
  69   // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  70   //--------------------------------------------------------------------
  71   template<class args_info_type>
  72   template<class InputImageType>
  73   void
  74   BinarizeImageGenericFilter<args_info_type>::UpdateWithInputImageType()
  75   {
  76
  77     // Reading input
  78     typename InputImageType::Pointer input = this->template GetInput<InputImageType>(0);
  79
  80     // Main filter
  81     typedef typename InputImageType::PixelType PixelType;
  82     typedef itk::Image<char, InputImageType::ImageDimension> OutputImageType;
  83
  84     // Filter
  85     typedef itk::BinaryThresholdImageFilter<InputImageType, OutputImageType> BinaryThresholdImageFilterType;
  86     typename BinaryThresholdImageFilterType::Pointer thresholdFilter=BinaryThresholdImageFilterType::New();
  87     thresholdFilter->SetInput(input);
  88     thresholdFilter->SetInsideValue(mArgsInfo.fg_arg);
  89
  90     if (mArgsInfo.lower_given) thresholdFilter->SetLowerThreshold(static_cast<PixelType>(mArgsInfo.lower_arg));
  91     if (mArgsInfo.upper_given) thresholdFilter->SetUpperThreshold(static_cast<PixelType>(mArgsInfo.upper_arg));
  92
  93     // DD(mArgsInfo.lower_given);
  94     // DD(mArgsInfo.upper_given);
  95     // DD(mArgsInfo.lower_arg);
  96     // DD(mArgsInfo.upper_arg);
  97     // DD(mArgsInfo.fg_arg);
  98     // DD(mArgsInfo.bg_arg);
  99     // DD(mArgsInfo.fg_given);
 100     // DD(mArgsInfo.bg_given);
 101     // DD(mArgsInfo.mode_arg);
 102
 103 // <<<<<<< clitkBinarizeImageGenericFilter.txx
 104 //     DD(mArgsInfo.useFG_flag);
 105 //     DD(mArgsInfo.useBG_flag);
 106
 107 //     thresholdFilter->SetInsideValue(mArgsInfo.fg_arg);
 108
 109 //     // Keep BG value to 0 if maskFilterType is used after
 110 //     if (mArgsInfo.useBG_flag && mArgsInfo.useFG_flag) {
 111 //       thresholdFilter->SetOutsideValue(mArgsInfo.bg_arg);
 112 //     }
 113 //     else {
 114 //       DD("0");
 115 //       thresholdFilter->SetOutsideValue(0);
 116 //     }
 117
 118 //     // thresholdFilter->Update();
 119
 120 //     // If no BG or no FG : new image, copy input with MaskImageFilter
 121 //     // If setFG -> FG BG have been changed
 122 //     if (mArgsInfo.useBG_flag && mArgsInfo.useFG_flag) {
 123 // =======
 124     /* Three modes :
 125        - FG -> only use FG value for pixel in the Foreground (or Inside), keep input values for outside
 126        - BG -> only use BG value for pixel in the Background (or Outside), keep input values for inside
 127        - both -> use FG and BG (real binary image)
 128     */
 129       if (mArgsInfo.mode_arg == std::string("both")) {
 130       thresholdFilter->SetOutsideValue(mArgsInfo.bg_arg);
 131       thresholdFilter->Update();
 132       //>>>>>>> 1.5
 133       typename OutputImageType::Pointer outputImage = thresholdFilter->GetOutput();
 134       this->template SetNextOutput<OutputImageType>(outputImage);
 135     }
 136     else {
 137       typename InputImageType::Pointer outputImage;
 138       thresholdFilter->SetOutsideValue(0);
 139       if (mArgsInfo.mode_arg == std::string("BG")) {
 140         typedef itk::MaskImageFilter<InputImageType,OutputImageType> maskFilterType;
 141         typename maskFilterType::Pointer maskFilter = maskFilterType::New();
 142         maskFilter->SetInput1(input);
 143         maskFilter->SetInput2(thresholdFilter->GetOutput());
 144         maskFilter->SetOutsideValue(mArgsInfo.bg_arg);
 145         maskFilter->Update();
 146         outputImage = maskFilter->GetOutput();
 147       }
 148       else {
 149         typedef itk::MaskNegatedImageFilter<InputImageType,OutputImageType> maskFilterType;
 150         typename maskFilterType::Pointer maskFilter = maskFilterType::New();
 151         maskFilter->SetInput1(input);
 152         maskFilter->SetInput2(thresholdFilter->GetOutput());
 153         maskFilter->SetOutsideValue(mArgsInfo.fg_arg);
 154         maskFilter->Update();
 155         outputImage = maskFilter->GetOutput();
 156       }
 157       // Write/Save results
 158       this->template SetNextOutput<InputImageType>(outputImage);
 159     }
 160   }
 161   //--------------------------------------------------------------------
 162
 163
 164 }//end clitk
 165
 166 #endif //#define clitkBinarizeImageGenericFilter_txx