filters/clitkBinarizeImageGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKBINARIZEIMAGEGENERICFILTER_TXX
  20 #define CLITKBINARIZEIMAGEGENERICFILTER_TXX
  21
  22 // itk include
  23 #include "itkBinaryThresholdImageFilter.h"
  24 #include "itkMaskImageFilter.h"
  25 #include "itkMaskNegatedImageFilter.h"
  26 #include <clitkCommon.h>
  27 // #include <tiff.h>
  28
  29 namespace clitk
  30 {
  31
  32   //--------------------------------------------------------------------
  33   template<class args_info_type>
  34   BinarizeImageGenericFilter<args_info_type>::BinarizeImageGenericFilter():
  35     ImageToImageGenericFilter<Self>("Binarize") {
  36     InitializeImageType<2>();
  37     InitializeImageType<3>();
  38     InitializeImageType<4>();
  39   }
  40   //--------------------------------------------------------------------
  41
  42
  43   //--------------------------------------------------------------------
  44   template<class args_info_type>
  45   template<unsigned int Dim>
  46   void BinarizeImageGenericFilter<args_info_type>::InitializeImageType() {
  47     ADD_IMAGE_TYPE(Dim, char);
  48     ADD_IMAGE_TYPE(Dim, uchar);
  49     ADD_IMAGE_TYPE(Dim, short);
  50     ADD_IMAGE_TYPE(Dim, ushort);
  51     ADD_IMAGE_TYPE(Dim, int);
  52     // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, uint16);
  53     ADD_IMAGE_TYPE(Dim, float);
  54     ADD_IMAGE_TYPE(Dim, double);
  55   }
  56   //--------------------------------------------------------------------
  57
  58
  59   //--------------------------------------------------------------------
  60   template<class args_info_type>
  61   void BinarizeImageGenericFilter<args_info_type>::SetArgsInfo(const args_info_type & a) {
  62     mArgsInfo=a;
  63     SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  64     if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  65
  66     if (mArgsInfo.input_given) {
  67       SetInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  68     }
  69     if (mArgsInfo.output_given) {
  70       SetOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  71     }
  72   }
  73   //--------------------------------------------------------------------
  74
  75   //--------------------------------------------------------------------
  76   // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  77   //--------------------------------------------------------------------
  78   template<class args_info_type>
  79   template<class InputImageType>
  80   void
  81   BinarizeImageGenericFilter<args_info_type>::UpdateWithInputImageType()
  82   {
  83
  84     // Reading input
  85     typename InputImageType::Pointer input = this->template GetInput<InputImageType>(0);
  86
  87     // Main filter
  88     typedef typename InputImageType::PixelType PixelType;
  89     typedef itk::Image<char, InputImageType::ImageDimension> OutputImageType;
  90
  91     // Filter
  92     typedef itk::BinaryThresholdImageFilter<InputImageType, OutputImageType> BinaryThresholdImageFilterType;
  93     typename BinaryThresholdImageFilterType::Pointer thresholdFilter=BinaryThresholdImageFilterType::New();
  94     thresholdFilter->SetInput(input);
  95     thresholdFilter->SetInsideValue(mArgsInfo.fg_arg);
  96
  97     if (mArgsInfo.lower_given) thresholdFilter->SetLowerThreshold(static_cast<PixelType>(mArgsInfo.lower_arg));
  98     if (mArgsInfo.upper_given) thresholdFilter->SetUpperThreshold(static_cast<PixelType>(mArgsInfo.upper_arg));
  99
 100     // DD(mArgsInfo.lower_given);
 101     // DD(mArgsInfo.upper_given);
 102     // DD(mArgsInfo.lower_arg);
 103     // DD(mArgsInfo.upper_arg);
 104     // DD(mArgsInfo.fg_arg);
 105     // DD(mArgsInfo.bg_arg);
 106     // DD(mArgsInfo.fg_given);
 107     // DD(mArgsInfo.bg_given);
 108     // DD(mArgsInfo.mode_arg);
 109
 110 // <<<<<<< clitkBinarizeImageGenericFilter.txx
 111 //     DD(mArgsInfo.useFG_flag);
 112 //     DD(mArgsInfo.useBG_flag);
 113
 114 //     thresholdFilter->SetInsideValue(mArgsInfo.fg_arg);
 115
 116 //     // Keep BG value to 0 if maskFilterType is used after
 117 //     if (mArgsInfo.useBG_flag && mArgsInfo.useFG_flag) {
 118 //       thresholdFilter->SetOutsideValue(mArgsInfo.bg_arg);
 119 //     }
 120 //     else {
 121 //       DD("0");
 122 //       thresholdFilter->SetOutsideValue(0);
 123 //     }
 124
 125 //     // thresholdFilter->Update();
 126
 127 //     // If no BG or no FG : new image, copy input with MaskImageFilter
 128 //     // If setFG -> FG BG have been changed
 129 //     if (mArgsInfo.useBG_flag && mArgsInfo.useFG_flag) {
 130 // =======
 131     /* Three modes :
 132        - FG -> only use FG value for pixel in the Foreground (or Inside), keep input values for outside
 133        - BG -> only use BG value for pixel in the Background (or Outside), keep input values for inside
 134        - both -> use FG and BG (real binary image)
 135     */
 136       if (mArgsInfo.mode_arg == std::string("both")) {
 137       thresholdFilter->SetOutsideValue(mArgsInfo.bg_arg);
 138       thresholdFilter->Update();
 139       //>>>>>>> 1.5
 140       typename OutputImageType::Pointer outputImage = thresholdFilter->GetOutput();
 141       this->template SetNextOutput<OutputImageType>(outputImage);
 142     }
 143     else {
 144       typename InputImageType::Pointer outputImage;
 145       thresholdFilter->SetOutsideValue(0);
 146       if (mArgsInfo.mode_arg == std::string("BG")) {
 147         typedef itk::MaskImageFilter<InputImageType,OutputImageType> maskFilterType;
 148         typename maskFilterType::Pointer maskFilter = maskFilterType::New();
 149         maskFilter->SetInput1(input);
 150         maskFilter->SetInput2(thresholdFilter->GetOutput());
 151         maskFilter->SetOutsideValue(mArgsInfo.bg_arg);
 152         maskFilter->Update();
 153         outputImage = maskFilter->GetOutput();
 154       }
 155       else {
 156         typedef itk::MaskNegatedImageFilter<InputImageType,OutputImageType> maskFilterType;
 157         typename maskFilterType::Pointer maskFilter = maskFilterType::New();
 158         maskFilter->SetInput1(input);
 159         maskFilter->SetInput2(thresholdFilter->GetOutput());
 160         maskFilter->SetOutsideValue(mArgsInfo.fg_arg);
 161         maskFilter->Update();
 162         outputImage = maskFilter->GetOutput();
 163       }
 164       // Write/Save results
 165       this->template SetNextOutput<InputImageType>(outputImage);
 166     }
 167   }
 168   //--------------------------------------------------------------------
 169
 170
 171 }//end clitk
 172
 173 #endif //#define clitkBinarizeImageGenericFilter_txx